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万見
- EMDB-51499: CryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51499
タイトルCryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B.
マップデータComposite map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Map combined by masked maximum intensity processing over six individual sub-maps
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella Membrane Glycoprotein 1B
    • タンパク質・ペプチド: Flagella Membrane Glycoprotein 1B
キーワードMucin / Glycoprotein / Glycocalyx / MEMBRANE PROTEIN
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nievergelt AP / Hoepfner LM / Matrino F / Scholz M / Foster HE / Rodenfels J / von Appen A / Hippler M / Pigino G
資金援助 フランス, European Union, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000515/2019 フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 891-2018European Union
European Research Council (ERC)819826European Union
German Research Foundation (DFG)HI 739/12-4 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B.
著者: Nievergelt AP / Hoepfner LM / Matrino F / Scholz M / Foster HE / Rodenfels J / von Appen A / Hippler M / Pigino G
履歴
登録2024年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Map combined by masked maximum intensity processing over six individual sub-maps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 488.96 Å		0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 488.96 Å		0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 488.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.955 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大0.0 - 2.2082534
平均 (標準偏差)0.0006573865 (±0.017540714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 488.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_1.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 2/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_2.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 6/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_3.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 3/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_4.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 1/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_5.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 5/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella...

ファイルemd_51499_additional_6.map
注釈Local refinement map of the Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B (FMG1B), deepEMhancer post-processing. Part 4/6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagella Membrane Glycoprotein 1B

全体名称: Flagella Membrane Glycoprotein 1B
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella Membrane Glycoprotein 1B
    • タンパク質・ペプチド: Flagella Membrane Glycoprotein 1B

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超分子 #1: Flagella Membrane Glycoprotein 1B

超分子名称: Flagella Membrane Glycoprotein 1B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Material purified from endogenous Chlamydomonas cilia by lectin affinity chromatography.
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-124 32M fmg1a / Organelle: Cilia / 細胞中の位置: Ciliary membrane
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: Flagella Membrane Glycoprotein 1B

分子名称: Flagella Membrane Glycoprotein 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-124 32M fmg1a
分子量理論値: 448.226625 KDa
配列文字列: MAASSPLVRL RRLALPLALV VLCAAAAHGQ TLSSAVLTAS NTIMATLSNV TTSTDCRAAF AYFDSNNATK AASPFANCTV SGTTSVTLI LASGVSYAAG DQLNIKVNQT TLNTTAGVPF VPAAAAAAVQ PVLGAATLTT ASSLVVKLPL SSGNTMPDGY A TNMTICGA ...文字列:
MAASSPLVRL RRLALPLALV VLCAAAAHGQ TLSSAVLTAS NTIMATLSNV TTSTDCRAAF AYFDSNNATK AASPFANCTV SGTTSVTLI LASGVSYAAG DQLNIKVNQT TLNTTAGVPF VPAAAAAAVQ PVLGAATLTT ASSLVVKLPL SSGNTMPDGY A TNMTICGA AVQLLSAAGA VKASPFSACL LAADTLTLTL TSSGTYAPGD VVNVVAGQST LKNGATSYTK SAAGSVIRPT LT TVSLATT TTILIGASAP VSLPANASAD VCNSIFTVAL KSGTALPTAL SACMAGPAVT AITATFANGT TYSDGLTVTI KAN QTLLRT GDQSASSPLF LPPASALVIA PTVLSASLTS ATSITVQLPV SSTASGTLDA AGCNGAFELR AAGSSASKSS PFSA CALAS NNTALVLTLA SASTYTAGDI FNVKSGQSLL QVGSTAYVPQ AVSVLPTLST AILVAASVVR VGLPVVSSIP APYSA DDCA RSVIIAAANS TAAKAISGCV LSADGKALLV TLGAAYAAGD TVNVRTGQWQ LRAGASVTLG PNYIAASTPV AIVPGF SSA VLTSATQVTV QLPLASALPA TISASECGDA FDLLDASGTT SRVSPWTGCS IGSNNTLVLN MTAGIYVVGD QVTPKSG QT KLTFANTTAY GVLLTPINPI LTAATTAMLT ASSTIVVALP YAANLPASTN NGTVCNAAFD LVSAAGASRT APFSACSI S GGTTLTLTIA STASYTAGDR INVKSGNSAF LGSLSASGPA FVHAGTAIVI TPTVVSTALI SNTNVFVSLS APTSASAFN QSICNGAFDV SGLATPFTNC TLSADGTGIS FLLASAGSVT SGVTTINVKS SQLFLLAAGS GSSDSPAFVP RGSALTISEA KLAGAYLTA ANTIIVKLSV 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ILTA PTTVL VTMAAVTTVS FTSKADCDAV FVFSGAGNTT KTTSPIASCA LAPDGLSVTI TLSSADAYVP GDAINVVKDQ TSAKV GGVG GTNLVPYPTA TTISPRPFGA KATLVAPTSV AFSLPAVSSL PAATAAADCN AAVRYTDVAG VDAVNPFTSC ALTPDT KGV VLNTASPIYK AGDVMNIKSG NAAVRWGPQA SGAAYYPAAA DVPVFATVAT ATLVDPSTVV LNLPTVSAIP DNFTVPD CL RAIEFKTAAG VTKNGTVASC MLMPDRLGLQ VKLLSAGNFS AGDTVNIKPE QAELRSSALA TGPSYVPKLA AQVVNPAL F ANANLTSATA ITVRLPFASA LATGADCKAV LALLGAGGVA KNVSSCSLGA DGVTLAVTIP AASFVGGDVL NIVPGQRAL TLADGTTAYV PSKAGVLVTP NIVSATLTNA TIVTVALPTA SVLTSTAAAD CNAAVVIARN GSAVASPLSA CAVSADGLSL TLTAAATYK PMAGDTVDVA VSQTVLRAGS ATGPAYVPRP SPALITVPSP PPSPPPSPAP SPPPSPPLST ANYSARGLAT G PLSCNVLI GDLTVTTTAG NFTTIGMASY AGKDASYKGS CKDAVTGAVY TDDTVASTLP AGLTGLVLSP VTALASVWDL KS VADLANT NKDYLRLFGV PVNASAYGTA VQLLAYDYYV KGFVALETPA VAVLNVEGMV AANLLMYTKF FDGLNTSVAG RDI TAAQAL AAGQYALAAV LEDSIAPINT TDPASILALL NVTYSVLTAN ATSAAGRRLL QTAPAPFTQL QAQATALAAA AAGS NALVA AQQARLITAI NAGTSISAAE LTNIINEASK VIVAQSTVIA TAATGLGSGA ISPASFTSSY TGSALSTLVA QQQLA ATPG SDVTAGPAPS PPSDKKKSNT GLIVGLVVGL VGGAIVITLI VVFIVMRRRK QNVAAAGQAT A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
300.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Grids were washed in chloroform before discharge.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: LEICA EM GP
詳細The is sample lightly clusters but can be separated due to the large size

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8100 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.75 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6500000
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 10 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 583765
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 26 / 平均メンバー数/クラス: 63200
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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