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万見
- EMDB-51497: Cryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51497
タイトルCryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF) from Pseudomonas aeruginosa bound to a synthetic nanobody (Sb29)
マップデータMain Map
試料
  • 複合体: Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles
    • 複合体: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
    • 複合体: Synthetic nanobody (Sybody) 29
      • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody (Sybody) 29
キーワードLipid Transport / Sybody complex / Antimicrobial Resistance / Saposin-protein Nanoparticle / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lysyltransferase / phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / phospholipid homeostasis / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysylphosphatidylglycerol synthetase/glycosyltransferase AglD / Lysylphosphatidylglycerol synthase TM region / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylglycerol lysyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Hankins MTK / Parrag M / Garaeva AA / Earp JC / Seeger MA / Stansfeld PJ / Bublitz M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust102161/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: MprF from is a promiscuous lipid scramblase with broad substrate specificity.
著者: Matthew T K Hankins / Matyas Parrag / Alisa A Garaeva / Jennifer C Earp / Markus A Seeger / Phillip J Stansfeld / Maike Bublitz /
要旨: The multiple peptide resistance factor (MprF) is a bifunctional membrane protein found in many bacteria, including and . MprF modifies inner leaflet lipid headgroups through aminoacylation and ...The multiple peptide resistance factor (MprF) is a bifunctional membrane protein found in many bacteria, including and . MprF modifies inner leaflet lipid headgroups through aminoacylation and translocates modified lipid to the outer leaflet. This activity provides increased resistance to antimicrobial agents. MprF presents a promising target in multiresistant pathogens, but structural information is limited and both substrate specificity and energization of MprF-mediated lipid transport are poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of MprF from (MprF) bound to a synthetic nanobody. MprF adopts an "open" conformation with a wide, lipid-exposed groove on the periplasmic side that induces a local membrane deformation in molecular dynamics simulations. Using an in vitro liposome transport assay, we demonstrate that MprF translocates a wide range of different lipids without an external energy source. This suggests that MprF is the first dedicated lipid scramblase to be characterized in bacteria.
履歴
登録2024年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51497.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 358.56 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 358.56 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 358.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.28383923 - 0.5904659
平均 (標準偏差)-0.00038223172 (±0.008798918)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 358.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_51497_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_51497_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles

全体名称: Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles
要素
  • 複合体: Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles
    • 複合体: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
    • 複合体: Synthetic nanobody (Sybody) 29
      • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody (Sybody) 29

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超分子 #1: Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles

超分子名称: Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 112 KDa

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超分子 #2: Phosphatidylglycerol lysyltransferase

超分子名称: Phosphatidylglycerol lysyltransferase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #3: Synthetic nanobody (Sybody) 29

超分子名称: Synthetic nanobody (Sybody) 29 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Phosphatidylglycerol lysyltransferase

分子名称: Phosphatidylglycerol lysyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysyltransferase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 96.394414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRTDAPVPEH PAPPSSPASP QRIRLIDRIT AYRQPIGLVF TLLLFGLALV ACYHLLREID PGALHDAIAD VPRPALLGAL SATALGFVI LLGYEWSASR FAGVTLPMRS LATGGFSAFA IGNAVGLSLL SGGSVRYRLY SRHGIGAAEI ARMTLFASLS L GCALPVLA ...文字列:
MRTDAPVPEH PAPPSSPASP QRIRLIDRIT AYRQPIGLVF TLLLFGLALV ACYHLLREID PGALHDAIAD VPRPALLGAL SATALGFVI LLGYEWSASR FAGVTLPMRS LATGGFSAFA IGNAVGLSLL SGGSVRYRLY SRHGIGAAEI ARMTLFASLS L GCALPVLA ALAALCDLDD AASALHLPRA LVAVIAIAVL SLAVGLVAFL ARHRLPGERP SPDSLLVRLG RRSLRLPGLR LS LLQLLIT ALDVAAAATV LYLLLPETPP FAAFLLVYLL ALAAGVLSHV PGGVGVFEAV LLAAFAGQLG AAPLAAALLL YRL IYVVLP LLLACLLLLF LEARRLWVTR QAIRVASGFA APILAILVFL SGVVLLFSGA TPAIDTRLEH LGFLIPHRLI DASH LVASL IGVLCLLLAQ GLRRRLSAAW ALTLVLLLVG ALLSLLKGFD WEEASLLSLT AALLAMFRRS FYRPSRLMEV PFSPL YVGA SICVVGASVW LLLFANQDVH YSNQLWWQFA LDADAPRALR AALGSCLLLL ALALGWLLRA APPAIREPNA EELQRA ARI IRHSDQPDGG LALTGDKALL FHESDDAFLM YARRGRSMIA LYDPIGPAMQ RAELIWQFRD LCDLHHARPV FYQVRAE NL PFYMDIGLTA LKLGEEARVD LLRFDLENKG KEMKDLRYTW NRGQRDGLAL EFHEPGQAPL DELKAISDAW LGGKQVRE K GFSLGRFTPA YLNFFRIAIV RHQGKPVAFA NLLETDSREL ASLDLMRVHP DAPKLTMEFL MLGLILHYKA QGHARFSLG MVPLAGLQPR RGAPLTQRLG ALVFRRGEQF YNFQGLRRFK DKFQPDWEPR YLAVPAGLDP LVALADTAAL IAGGLTGLVK RLEAL

UniProtKB: Phosphatidylglycerol lysyltransferase

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分子 #2: Synthetic nanobody (Sybody) 29

分子名称: Synthetic nanobody (Sybody) 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 16.498158 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
GSSSGVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVSSAWMAW YRQAPGKERE WVAAIFSAGQ KTRYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CNVKDTGHWW DIYDYWGQGT QVTVSAGRAG EQKLISEEDL NSAVDHHHHH H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
80.0 mMpotassium chlorideKCl
2.0 mMmahnesium chlorideMgCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: SWISS Model Homology model of a single chain of PDB 7DUW
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111010
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9goe:
Cryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF) from Pseudomonas aeruginosa bound to a synthetic nanobody (Sb29)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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