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万見
- EMDB-51489: Sub-open structure of the mechanosensitive channel YbiO -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51489
タイトルSub-open structure of the mechanosensitive channel YbiO
マップデータ
試料
  • 複合体: MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent
    • タンパク質・ペプチド: Mechanosensitive channel protein
キーワードMechanosensitive / MscS-like / YbiO / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel, transmembrane helix 1 / Mechanosensitive ion channel YbiO / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain ...Mechanosensitive ion channel, transmembrane helix 1 / Mechanosensitive ion channel YbiO / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mechanosensitive channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Lane BJ / Pliotas C
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S018069/1 英国
Wellcome Trust219999/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Sub-open structure of the mechanosensitive channel YbiO
著者: Lane BJ / Pliotas C
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 576 pix.
= 426.24 Å		0.74 Å/pix.
x 576 pix.
= 426.24 Å		0.74 Å/pix.
x 576 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.1621696 - 0.760477
平均 (標準偏差)0.0023861746 (±0.03301004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_51489_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51489_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51489_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent

全体名称: MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent
要素
  • 複合体: MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent
    • タンパク質・ペプチド: Mechanosensitive channel protein

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超分子 #1: MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent

超分子名称: MscS-like core of YbiO in GDN/CHS detergent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Mechanosensitive channel protein

分子名称: Mechanosensitive channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 83.047555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRWILFILFC LLGAPAHAVS IPGVTTTTTT DSTTEPAPEP DIEQKKAAYG ALADVLDNDT SRKELIDQLR TVAATPPAEP VPKIVPPTL VEEQTVLQKV TEVSRHYGEA LSARFGQLYR NITGSPHKPF NPQTFSNALT HFSMLAVLVF GFYWLIRLCA L PLYRKMGQ ...文字列:
MRWILFILFC LLGAPAHAVS IPGVTTTTTT DSTTEPAPEP DIEQKKAAYG ALADVLDNDT SRKELIDQLR TVAATPPAEP VPKIVPPTL VEEQTVLQKV TEVSRHYGEA LSARFGQLYR NITGSPHKPF NPQTFSNALT HFSMLAVLVF GFYWLIRLCA L PLYRKMGQ WARQKNRERS NWLQLPAMII GAFIIDLLLL ALTLFVGQVL SDNLNAGSRT IAFQQSLFLN AFALIEFFKA VL RLIFCPN VAELRPFTIQ DESARYWSRR LSWLSSLIGY GLIVAVPIIS NQVNVQIGAL ANVIIMLCMT VWALYLIFRN KKE ITQHLL NFAEHSLAFF SLFIRAFALV WHWLASAYFI VLFFFSLFDP GNSLKFMMGA TVRSLAIIGI AAFVSGMFSR WLAK TITLS PHTQRNYPEL QKRLNGWLSA ALKTARILTV CVAVMLLLSA WGLFDFWNWL QNGAGQKTVD ILIRIALILF FSAVG WTVL ASLIENRLAS DIHGRPLPSA RTRTLLTLFR NALAVIISTI TIMIVLSEIG VNIAPLLAGA GALGLAISFG SQTLVK DII TGVFIQFENG MNTGDLVTIG PLTGTVERMS IRSVGVRQDT GAYHIIPWSS ITTFANFVRG IGSVVANYDV DRHEDAD KA NQALKDAVAE LMENEEIRGL IIGEPNFAGI VGLSNTAFTL RVSFTTLPLK QWTVRFALDS QVKKHFDLAG VRAPVQTY Q VLPAPGATPA EPLPPGEPTL LEHHHHHH

UniProtKB: Mechanosensitive channel protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 66.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 147935
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 131625 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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