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- EMDB-51461: Tomogram of aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51461
タイトルTomogram of aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
マップデータTomogram of aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
試料
  • 細胞: Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
キーワードAgDD / Aggregate / PROTEIN BINDING
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schaefer T / Fernandez-Busnadiego R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Temporal control of acute protein aggregate turnover by UBE3C and NRF1-dependent proteasomal pathways.
著者: Kelsey L Hickey / Alexandra Panov / Enya Miguel Whelan / Tillman Schäfer / Arda Mizrak / Ron R Kopito / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego / J Wade Harper /
要旨: A hallmark of neurodegenerative diseases (NDs) is the progressive loss of proteostasis, leading to the accumulation of misfolded proteins or protein aggregates, with subsequent cytotoxicity. To ...A hallmark of neurodegenerative diseases (NDs) is the progressive loss of proteostasis, leading to the accumulation of misfolded proteins or protein aggregates, with subsequent cytotoxicity. To combat this toxicity, cells have evolved degradation pathways (ubiquitin-proteasome system and autophagy) that detect and degrade misfolded proteins. However, studying the underlying cellular pathways and mechanisms has remained a challenge, as formation of many types of protein aggregates is asynchronous, with individual cells displaying distinct kinetics, thereby hindering rigorous time-course studies. Here, we merge a kinetically tractable and synchronous agDD-GFP system for aggregate formation with targeted gene knockdowns, to uncover degradation mechanisms used in response to acute aggregate formation. We find that agDD-GFP forms amorphous aggregates by cryo-electron tomography at both early and late stages of aggregate formation. Aggregate turnover occurs in a proteasome-dependent mechanism in a manner that is dictated by cellular aggregate burden, with no evidence of the involvement of autophagy. Lower levels of misfolded agDD-GFP, enriched in oligomers, utilizes UBE3C-dependent proteasomal degradation in a pathway that is independent of RPN13 ubiquitylation by UBE3C. Higher aggregate burden activates the NRF1 transcription factor to increase proteasome subunit transcription and subsequent degradation capacity of cells. Loss or gain of NRF1 function alters the turnover of agDD-GFP under conditions of high aggregate burden. Together, these results define the role of UBE3C in degradation of this class of misfolded aggregation-prone proteins and reveals a role for NRF1 in proteostasis control in response to widespread protein aggregation.
履歴
登録2024年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 410.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
16.84 Å/pix.
x 250 pix.
= 4210. Å		16.84 Å/pix.
x 928 pix.
= 15627.521 Å		16.84 Å/pix.
x 928 pix.
= 15627.521 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 16.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6174.0 - 5082.0
平均 (標準偏差)150.846180000000004 (±330.728729999999985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-125
サイズ928928250
Spacing928928250
セルA: 15627.5205 Å / B: 15627.5205 Å / C: 4210.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggreg...

全体名称: Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
要素
  • 細胞: Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction

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超分子 #1: Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggreg...

超分子名称: Aggregate in AgDD-sfGFP-expressing HEK293 cell 10 min post aggregation induction
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
Cryo protectant10 % glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 77 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 250 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 55
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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