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- EMDB-51433: Cryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51433
タイトルCryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype A
マップデータ
試料
  • 複合体: Botulinum neurotoxin serotype A
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type A
キーワードBotulinum neurotoxin serotype A / Cryo-EM / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zerang Z / Liu Z / He J / Wang X / Qi F / Lei D / Zhi D / Wang D
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073825 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
Other government22ZD6FA053
Other government20JR10RA619
Other governmentlzuyxcx-2022-197
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure guided engineering of botulinum neurotoxin A with advanced receptor binding affinity and therapeutical benefits
著者: You L / Wang W / Zerang Z / Liu Z / Nie R / Zhao C / He J / Wang X / Qi F / Liu F / Wu S / Liu B / Lei D / Zhi D / Wang D
履歴
登録2024年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.104 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.104 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.24
最小 - 最大-0.12368269 - 19.834776000000002
平均 (標準偏差)-0.029371629 (±0.34805742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51433_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51433_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51433_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Botulinum neurotoxin serotype A

全体名称: Botulinum neurotoxin serotype A
要素
  • 複合体: Botulinum neurotoxin serotype A
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type A

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超分子 #1: Botulinum neurotoxin serotype A

超分子名称: Botulinum neurotoxin serotype A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

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分子 #1: Botulinum neurotoxin type A

分子名称: Botulinum neurotoxin type A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 151.022516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPFVNKQFNY KDPVNGVDIA YIKIPNAGQM QPVKAFKIHN KIWVIPERDT FTNPEEGDLN PPPEAKQVPV SYYDSTYLST DNEKDNYLK GVTKLFERIY STDLGRMLLT SIVRGIPFWG GSTIDTELKV IDTNCINVIQ PDGSYRSEEL NLVIIGPSAD I IQFECKSF ...文字列:
MPFVNKQFNY KDPVNGVDIA YIKIPNAGQM QPVKAFKIHN KIWVIPERDT FTNPEEGDLN PPPEAKQVPV SYYDSTYLST DNEKDNYLK GVTKLFERIY STDLGRMLLT SIVRGIPFWG GSTIDTELKV IDTNCINVIQ PDGSYRSEEL NLVIIGPSAD I IQFECKSF GHEVLNLTRN GYGSTQYIRF SPDFTFGFEE SLEVDTNPLL GAGKFATDPA VTLAHELIHA GHRLYGIAIN PN RVFKVNT NAYYEMSGLE VSFEELRTFG GHDAKFIDSL QENEFRLYYY NKFKDIASTL NKAKSIVGTT ASLQYMKNVF KEK YLLSED TSGKFSVDKL KFDKLYKMLT EIYTEDNFVK FFKVLNRKTY LNFDKAVFKI NIVPKVNYTI YDGFNLRNTN LAAN FNGQN TEINNMNFTK LKNFTGLFEF YKLLCVRGII TSKTKSLDKG YNKALNDLCI KVNNWDLFFS PSEDNFTNDL NKGEE ITSD TNIEAAEENI SLDLIQQYYL TFNFDNEPEN ISIENLSSDI IGQLELMPNI ERFPNGKKYE LDKYTMFHYL RAQEFE HGK SRIALTNSVN EALLNPSRVY TFFSSDYVKK VNKATEAAMF LGWVEQLVYD FTDETSEVST TDKIADITII IPYIGPA LN IGNMLYKDDF VGALIFSGAV ILLEFIPEIA IPVLGTFALV SYIANKVLTV QTIDNALSKR NEKWDEVYKY IVTNWLAK V NTQIDLIRKK MKEALENQAE ATKAIINYQY NQYTEEEKNN INFNIDDLSS KLNESINKAM ININKFLNQC SVSYLMNSM IPYGVKRLED FDASLKDALL KYIYDNRGTL IGQVDRLKDK VNNTLSTDIP FQLSKYVDNQ RLLSTFTEYI KNIINTSILN LRYESNHLI DLSRYASKIN IGSKVNFDPI DKNQIQLFNL ESSKIEVILK NAIVYNSMYE NFSTSFWIRI PKYFNSISLN N EYTIINCM ENNSGWKVSL NYGEIIWTLQ DTQEIKQRVV FKYSQMINIS DYINRWIFVT ITNNRLNNSK IYINGRLIDQ KP ISNLGNI HASNNIMFKL DGCRDTHRYI WIKYFNLFDK ELNEKEIKDL YDNQSNSGIL KDFWGDYLQY DKPYYMLNLY DPN KYVDVN NVGIRGYMYL KGPRGSVMTT NIYLNSSLYR GTKFIIKKYA SGNKDNIVRN NDRVYINVVV KNKEYRLATN ASQA GVEKI LSALEIPDVG NLSQVVVMKS KNDQGITNKC KMNLQDNNGN DIGFIGFHQF NNIAKLVASN WYNRQIERSS RTLGC SWEF IPVDDGWGER PLLVPRGSHH HHHH

UniProtKB: Botulinum neurotoxin type A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 336881
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9gkq:
Cryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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