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万見
- EMDB-51422: BetP heterotrimeric complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51422
タイトルBetP heterotrimeric complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Glycine betaine transporter BetP
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: TRIMETHYL GLYCINE
  • リガンド: dodecyl beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water
キーワードGlycine betaine transporter BetP / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性BCCT transporter, conserved site / BCCT family of transporters signature. / BCCT transporter family / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter / symporter activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / Glycine betaine transporter BetP
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Urbansky K / Fu L / Madej MG / Ziegler C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of Glycine betaine transporter BetP heterotrimeric complex
著者: Urbansky K / Fu L / Madej MG / Ziegler C
履歴
登録2024年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51422.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.512 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.512 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.512 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7891 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.4098887 - 2.3146305
平均 (標準偏差)0.0013399369 (±0.046996847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 252.512 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51422_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51422_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer

全体名称: Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer
要素
  • 複合体: Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Glycine betaine transporter BetP
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: TRIMETHYL GLYCINE
  • リガンド: dodecyl beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer

超分子名称: Glycine Betaine Transporter BetP Heterotrimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

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分子 #1: Glycine betaine transporter BetP

分子名称: Glycine betaine transporter BetP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: >chainA: N-terminal StrepII, R584C WSHPQFEKMTTSDPNPKPIVEDAQPEQITATEELAGLLENPTNLEGKLADAEEEIILEGEDTQASLNW SVIVPALVIVLATVVWGIGFKDSFTNFASSALSAVVDNLGWAFILFGTVFVFFIVVIAAS ...詳細: >chainA: N-terminal StrepII, R584C WSHPQFEKMTTSDPNPKPIVEDAQPEQITATEELAGLLENPTNLEGKLADAEEEIILEGEDTQASLNW SVIVPALVIVLATVVWGIGFKDSFTNFASSALSAVVDNLGWAFILFGTVFVFFIVVIAAS KFGTIRLGRIDEAPEFRTVSWISMMFAAGMGIGLMFYGTTEPLTFYRNGVPGHDEHNVGV AMSTTMFHWTLHPWAIYAIVGLAIAYSTFRVGRKQLLSSAFVPLIGEKGAEGWLGKLIDI LAIIATVFGTACSLGLGALQIGAGLSAANIIEDPSDWTIVGIVSVLTLAFIFSAISGVGK GIQYLSNANMVLAALLAIFVFVVGPTVSILNLLPGSIGNYLSNFFQMAGRTAMSADGTAG EWLGSWTIFYWAWWISWSPFVGMFLARISRGRSIREFILGVLLVPAGVSTVWFSIFGGTA IVFEQNGESIWGDGAAEEQLFGLLHALPGGQIMGIIAMILLGTFFITSADSASTVMGTMS QHGQLEANKWVTAAWGVATAAIGLTLLLSGGDNALSNLQNVTIVAATPFLFVVIGLMFAL VKDLSNDVIYLEYREQQRFNARLARERRVHNEHRKRELAAKRRCERKASGAGKRR >chainB: N-terminal StrepII, delC12, C-terminal His WSHPQFEKMTTSDPNPKPIVEDAQPEQITATEELAGLLENPTNLEGKLADAEEEIILEGEDTQASLNW SVIVPALVIVLATVVWGIGFKDSFTNFASSALSAVVDNLGWAFILFGTVFVFFIVVIAAS KFGTIRLGRIDEAPEFRTVSWISMMFAAGMGIGLMFYGTTEPLTFYRNGVPGHDEHNVGV AMSTTMFHWTLHPWAIYAIVGLAIAYSTFRVGRKQLLSSAFVPLIGEKGAEGWLGKLIDI LAIIATVFGTACSLGLGALQIGAGLSAANIIEDPSDWTIVGIVSVLTLAFIFSAISGVGK GIQYLSNANMVLAALLAIFVFVVGPTVSILNLLPGSIGNYLSNFFQMAGRTAMSADGTAG EWLGSWTIFYWAWWISWSPFVGMFLARISRGRSIREFILGVLLVPAGVSTVWFSIFGGTA IVFEQNGESIWGDGAAEEQLFGLLHALPGGQIMGIIAMILLGTFFITSADSASTVMGTMS QHGQLEANKWVTAAWGVATAAIGLTLLLSGGDNALSNLQNVTIVAATPFLFVVIGLMFAL VKDLSNDVIYLEYREQQRFNARLARERRVHNEHRKRELAAKRRHHHHHH >chainC: N-terminal StrepII, E25C, delC12, C-terminal Flag WSHPQFEKMTTSDPNPKPIVEDAQPEQITATECLAGLLENPTNLEGKLADAEEEIILEGEDTQASLNW SVIVPALVIVLATVVWGIGFKDSFTNFASSALSAVVDNLGWAFILFGTVFVFFIVVIAAS KFGTIRLGRIDEAPEFRTVSWISMMFAAGMGIGLMFYGTTEPLTFYRNGVPGHDEHNVGV AMSTTMFHWTLHPWAIYAIVGLAIAYSTFRVGRKQLLSSAFVPLIGEKGAEGWLGKLIDI LAIIATVFGTACSLGLGALQIGAGLSAANIIEDPSDWTIVGIVSVLTLAFIFSAISGVGK GIQYLSNANMVLAALLAIFVFVVGPTVSILNLLPGSIGNYLSNFFQMAGRTAMSADGTAG EWLGSWTIFYWAWWISWSPFVGMFLARISRGRSIREFILGVLLVPAGVSTVWFSIFGGTA IVFEQNGESIWGDGAAEEQLFGLLHALPGGQIMGIIAMILLGTFFITSADSASTVMGTMS QHGQLEANKWVTAAWGVATAAIGLTLLLSGGDNALSNLQNVTIVAATPFLFVVIGLMFAL VKDLSNDVIYLEYREQQRFNARLARERRVHNEHRKRELAAKRRDYKDDDK
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
分子量理論値: 65.244039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: WSHPQFEKMT TSDPNPKPIV EDAQPEQITA TEELAGLLEN PTNLEGKLAD AEEEIILEGE DTQASLNWSV IVPALVIVLA TVVWGIGFK DSFTNFASSA LSAVVDNLGW AFILFGTVFV FFIVVIAASK FGTIRLGRID EAPEFRTVSW ISMMFAAGMG I GLMFYGTT ...文字列:
WSHPQFEKMT TSDPNPKPIV EDAQPEQITA TEELAGLLEN PTNLEGKLAD AEEEIILEGE DTQASLNWSV IVPALVIVLA TVVWGIGFK DSFTNFASSA LSAVVDNLGW AFILFGTVFV FFIVVIAASK FGTIRLGRID EAPEFRTVSW ISMMFAAGMG I GLMFYGTT EPLTFYRNGV PGHDEHNVGV AMSTTMFHWT LHPWAIYAIV GLAIAYSTFR VGRKQLLSSA FVPLIGEKGA EG WLGKLID ILAIIATVFG TACSLGLGAL QIGAGLSAAN IIEDPSDWTI VGIVSVLTLA FIFSAISGVG KGIQYLSNAN MVL AALLAI FVFVVGPTVS ILNLLPGSIG NYLSNFFQMA GRTAMSADGT AGEWLGSWTI FYWAWWISWS PFVGMFLARI SRGR SIREF ILGVLLVPAG VSTVWFSIFG GTAIVFEQNG ESIWGDGAAE EQLFGLLHAL PGGQIMGIIA MILLGTFFIT SADSA STVM GTMSQHGQLE ANKWVTAAWG VATAAIGLTL LLSGGDNALS NLQNVTIVAA TPFLFVVIGL MFALVKDLSN DVIYLE YRE QQRFNARLAR ERRVHNEHRK RELAAKRRCE RKASGAGKRR

UniProtKB: Glycine betaine transporter BetP

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: TRIMETHYL GLYCINE

分子名称: TRIMETHYL GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: BET
分子量理論値: 118.154 Da
Chemical component information

ChemComp-BET:
TRIMETHYL GLYCINE

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分子 #4: dodecyl beta-D-glucopyranoside

分子名称: dodecyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: XKJ
分子量理論値: 348.475 Da
Chemical component information

ChemComp-XKJ:
dodecyl beta-D-glucopyranoside

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分子 #5: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #6: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

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分子 #7: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTRIS
75.0 mMNaCl
10.0 mMtrimethyl glycine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 100 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
温度最低: 96.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 3929 / 平均露光時間: 5.88 sec. / 平均電子線量: 53.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1509120
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274359
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4c7r


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gkk:
BetP heterotrimeric complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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