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万見
- EMDB-51418: NONO/SFPQ filament: local refinment single strand (strand 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51418
タイトルNONO/SFPQ filament: local refinment single strand (strand 2)
マップデータlocal refinement of one strand (strand 2), sharpened with Phenix-autosharpen B = 50
試料
  • 複合体: NONO/SFPQ filament
    • タンパク質・ペプチド: Non-POU domain-containing octamer-binding protein (NONO)
    • タンパク質・ペプチド: splicing factor proline/glutamine rich (SFPQ)
キーワードfilament / RNA binding / DNA binding / gene regulation / NUCLEAR PROTEIN
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rasmussen T / Bottcher B
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A filamentous scaffold for gene regulation
著者: Rasmussen T / Kuspert J / Schonemann L / Geiger D / Bottcher B
履歴
登録2024年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51418.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement of one strand (strand 2), sharpened with Phenix-autosharpen B = 50
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-72.897544999999994 - 79.721530000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000000729 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 484.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51418_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_51418_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_51418_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NONO/SFPQ filament

全体名称: NONO/SFPQ filament
要素
  • 複合体: NONO/SFPQ filament
    • タンパク質・ペプチド: Non-POU domain-containing octamer-binding protein (NONO)
    • タンパク質・ペプチド: splicing factor proline/glutamine rich (SFPQ)

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超分子 #1: NONO/SFPQ filament

超分子名称: NONO/SFPQ filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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分子 #1: Non-POU domain-containing octamer-binding protein (NONO)

分子名称: Non-POU domain-containing octamer-binding protein (NONO)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MQSNKTFNLE KQNHTPRKHH QHHHQQHHQQ QQQQQQPPPP IPANGQQASS QNEGLTIDLK NFRKPGEKTF TQRSRLFVG NLPPDITEEE MRKLFEKYGK AGEVFIHKDK GFGFIRLETR TLAEIAKVEL DNMPLRGKQL R VRFACHSA SLTVRNLPQY VSNELLEEAF ...文字列:
MQSNKTFNLE KQNHTPRKHH QHHHQQHHQQ QQQQQQPPPP IPANGQQASS QNEGLTIDLK NFRKPGEKTF TQRSRLFVG NLPPDITEEE MRKLFEKYGK AGEVFIHKDK GFGFIRLETR TLAEIAKVEL DNMPLRGKQL R VRFACHSA SLTVRNLPQY VSNELLEEAF SVFGQVERAV VIVDDRGRPS GKGIVEFSGK PAARKALDRC SE GSFLLTT FPRPVTVEPM DQLDDEEGLP EKLVIKNQQF HKEREQPPRF AQPGSFEYEY AMRWKALIEM EKQ QQDQVD RNIKEAREKL EMEMEAARHE HQVMLMRQDL MRRQEELRRM EELHNQEVQK RKQLELRQEE ERRR REEEM RRQQEEMMRR QQEGFKGTFP DAREQEIRMG QMAMGGAMGI NNRGAMPPAP VPTGTPAPPG PATMM PDGT LGLTPPTTER FGQAATMEGI GAIGGTPPAF NRPAPGADFA PNKRRRY

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分子 #2: splicing factor proline/glutamine rich (SFPQ)

分子名称: splicing factor proline/glutamine rich (SFPQ) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MSRDRFRSRG GGGGGFHRRG GGGGRGGLHD FRSPPPGMGL NQNRGPMGPG PGGPKPPIPP PPPHQQQPQQ PPPQQPPPQ QPPPHQQPPP HQPPHQQPPP PPQDSSKPVV PQGPGSAPGV SPAPPPAGSA PPANPPTTGA P PGPGPTPT PPPAVTSATP GPPPPSTPSS ...文字列:
MSRDRFRSRG GGGGGFHRRG GGGGRGGLHD FRSPPPGMGL NQNRGPMGPG PGGPKPPIPP PPPHQQQPQQ PPPQQPPPQ QPPPHQQPPP HQPPHQQPPP PPQDSSKPVV PQGPGSAPGV SPAPPPAGSA PPANPPTTGA P PGPGPTPT PPPAVTSATP GPPPPSTPSS GVSTTPPQSG GPPPPPAGGA GPGPKQGPGP GPGGPKGGKM PG GPKPGGG PGMGAPGGHP KPPHRGGGEP RGGRQHHPPY HQQHHQGPPP GGPAARTEEK ISDSEGFKAN LSL LRRPGE KTYTQRCRLF VGNLPADITE DEFKRLFAKY GEPGEVFINK GKGFGFIKLE SRALAEIAKA ELDD TPMRG RQLRVRFATH AAALSVRNLS PYVSNELLEE AFSQFGPIER AVVIVDDRGR STGKGIVEFA SKPAA RKAF ERCSEGVFLL TTTPRPVIVE PLEQLDDEDG LPEKLAQKNP MYQKERETPP RFAQHGTFEY EYSQRW KSL DEMEKQQREQ VEKNMKDAKD KLESEMEDAY HEHQANLLRQ DLMRRQEELR RMEELHSQEM QKRKEMQ LR QEEERRRREE EMMIRQREME EQMRRQREES YSRMGYMDPR ERDMRMGGGG TMNMGDPYGS GGQKFPPL G GGGGIGYEAN PGVPPATMSG SMMGSDMVRM IDVG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.03 %C24H46O11DDM
10.0 mMMgCl2magnisium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 sec blotting, +20 blot force.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17059 / 平均露光時間: 6.2 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4144650
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial helical refinement
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 2974535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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