EMDB-51377: Cryo-EM structure of human SLC45A4 in detergent

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-51377

タイトル

Cryo-EM structure of human SLC45A4 in detergent

マップデータ

試料

複合体: SLC45A4
- タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 45 member 4
リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
リガンド: water

キーワード

SLC / MFS / Polyamine / Spermidine / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

sucrose:proton symporter activity / sucrose transport / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / MFS transporter superfamily / membrane / Solute carrier family 45 member 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Markusson S / Deme JC / Lea SM / Newstead S

資金援助

英国,

米国, 3件

引用

ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: WITHDRAWN: SIMPLE 3.0. Stream single-particle cryo-EM analysis in real time.
著者: Joseph Caesar / Cyril F Reboul / Chiara Machello / Simon Kiesewetter / Molly L Tang / Justin C Deme / Steven Johnson / Dominika Elmlund / Susan M Lea / Hans Elmlund /

履歴

登録	2024年8月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月30日	-
マップ公開	2025年7月30日	-
更新	2025年7月30日	-
現状	2025年7月30日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_51377.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_51377.map.gz	216.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-51377-v30.xml emd-51377.xml	24.9 KB 24.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_51377_fsc.xml	14.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_51377.png	81.6 KB
マスクデータ	emd_51377_msk_1.map	229.8 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-51377.cif.gz	7.6 KB
その他	emd_51377_half_map_1.map.gz emd_51377_half_map_2.map.gz	213.2 MB 213.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51377	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_51377_validation.pdf.gz	826.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_51377_full_validation.pdf.gz	825.8 KB	表示
XML形式データ	emd_51377_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	emd_51377_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51377	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9giuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_51377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.73 Å/pix. x 392 pix. = 286.944 Å	0.73 Å/pix. x 392 pix. = 286.944 Å	0.73 Å/pix. x 392 pix. = 286.944 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.732 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.2
最小 - 最大	-1.8172057 - 2.4478252
平均 (標準偏差)	-0.00036500502 (±0.030801035)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_51377_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_51377_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_51377_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : SLC45A4

全体	名称: SLC45A4
要素	複合体: SLC45A4 タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 45 member 4 リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine リガンド: water

-
超分子 #1: SLC45A4

超分子	名称: SLC45A4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Solute carrier family 45 member 4

分子	名称: Solute carrier family 45 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 84.750562 KDa
組換発現	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列	文字列: MKMAPQNADP ESMQVQELSV PLPDPQKAGG AEAENCETIS EGSIDRIPMR LWVMHGAVMF GREFCYAMET ALVTPILLQI GLPEQYYSL TWFLSPILGL IFTPLIGSAS DRCTLSWGRR RPFILALCVG VLFGVALFLN GSAIGLALGD VPNRQPIGIV L TVLGVVVL ...文字列: MKMAPQNADP ESMQVQELSV PLPDPQKAGG AEAENCETIS EGSIDRIPMR LWVMHGAVMF GREFCYAMET ALVTPILLQI GLPEQYYSL TWFLSPILGL IFTPLIGSAS DRCTLSWGRR RPFILALCVG VLFGVALFLN GSAIGLALGD VPNRQPIGIV L TVLGVVVL DFSADATEGP IRAYLLDVVD SEEQDMALNI HAFSAGLGGA IGYVLGGLDW TQTFLGSWFR TQNQVLFFFA AI IFTVSVA LHLFSIDEEQ YSPQQERSAE EPGALDGGEP HGVPAFPDEV QSEHELALDY PDVDIMRSKS DSALHVPDTA LDL EPELLF LHDIEPSIFH DASYPATPRS TSQELAKTKL PRLATFLKEA AKEDETLLDN HLNEAKVPNG SGSPTKDALG GYTR VDTKP SATSSSMRRR RHAFRRQASS TFSYYGKLGS HCYRYRRANA VVLIKPSRSM SDLYDMQKRQ RQHRHRNQSG ATTSS GDTE SEEGEGETTV RLLWLSMLKM PRELMRLCLC HLLTWFSVIA EAVFYTDFMG QVIFEGDPKA PSNSTAWQAY NAGVKM GCW GLVIYAATGA ICSALLQKYL DNYDLSVRVI YVLGTLGFSV GTAVMAMFPN VYVAMVTIST MGIVSMSISY CPYALLG QY HDIKQYIHHS PGNSKRGFGI DCAILSCQVY ISQILVASAL GGVVDAVGTV RVIPMVASVG SFLGFLTATF LVIYPNVS E EAKEEQKGLS SPLAGEGRAG GNSEKPTVLK LTRKEGLQGP VETESVVENL YFQ UniProtKB: Solute carrier family 45 member 4

-
分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子	名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: Y01
分子量	理論値: 486.726 Da
Chemical component information	ChemComp-Y01: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

-
分子 #3: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子	名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量	理論値: 748.065 Da
Chemical component information	ChemComp-3PE: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

-
分子 #4: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 17 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.3 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 21269 / 平均電子線量: 57.6 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 700436
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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