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- EMDB-51376: BCL7A and BAF47 in a nucleosome bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51376
タイトルBCL7A and BAF47 in a nucleosome bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: nucleosome-bound human BCL7A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: BAF47
    • タンパク質・ペプチド: BCL7A
キーワードNucleosome / acidic patch / BCL7A / arginine anchor / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Martin F / Bergamin E
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
ATIP-Avenir フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM) フランス
Fondation ARC フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structure of the nucleosome-bound human BCL7A.
著者: Franck Martin / Asgar Abbas Kazrani / Julie Lafouge / Dana Mariel Diaz-Jimenez / Stéphanie Siebert / Leonie Fabbro-Burtschell / Emma Maillard / Karine Lapouge / Haydyn David Thomas Mertens / ...著者: Franck Martin / Asgar Abbas Kazrani / Julie Lafouge / Dana Mariel Diaz-Jimenez / Stéphanie Siebert / Leonie Fabbro-Burtschell / Emma Maillard / Karine Lapouge / Haydyn David Thomas Mertens / Claude Sauter / Alexander Leitner / Françoise Ochsenbein / Alexandre Blais / Elisa Bergamin /
要旨: Proteins of the BCL7 family (BCL7A, BCL7B, and BCL7C) are among the most recently identified subunits of the mammalian SWI/SNF chromatin remodeler complex and are absent from the unicellular version ...Proteins of the BCL7 family (BCL7A, BCL7B, and BCL7C) are among the most recently identified subunits of the mammalian SWI/SNF chromatin remodeler complex and are absent from the unicellular version of this complex. Their function in the complex is unknown, and very limited structural information is available, despite the fact that they are mutated in several cancer types, most notably blood malignancies and hence medically relevant. Here, using cryo-electron microscopy in combination with biophysical and biochemical approaches, we show that BCL7A forms a stable, high-affinity complex with the nucleosome core particle (NCP) through binding of BCL7A with the acidic patch of the nucleosome via an arginine anchor motif. This interaction is impaired by BCL7A mutations found in cancer. Further, we determined that BCL7A contributes to the remodeling activity of the mSWI/SNF complex and we examined its function at the genomic level. Our findings reveal how BCL7 proteins interact with the NCP and help rationalize the impact of cancer-associated mutations. By providing structural information on the positioning of BCL7 on the NCP, our results broaden the understanding of the mechanism by which SWI/SNF recognizes the chromatin fiber.
履歴
登録2024年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51376.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 330 pix.
= 240.57 Å		0.73 Å/pix.
x 330 pix.
= 240.57 Å		0.73 Å/pix.
x 330 pix.
= 240.57 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.18917416 - 0.38155073
平均 (標準偏差)0.00006710466 (±0.013394038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 240.56999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51376_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51376_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51376_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nucleosome-bound human BCL7A

全体名称: nucleosome-bound human BCL7A
要素
  • 複合体: nucleosome-bound human BCL7A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: BAF47
    • タンパク質・ペプチド: BCL7A

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超分子 #1: nucleosome-bound human BCL7A

超分子名称: nucleosome-bound human BCL7A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4, #3, #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAVM ALQEASEAYL VALFEDTNLC AIHAKRVTIM PKDIQLARRI RGERA

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKK

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVTK YTSAK

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分子 #5: BAF47

分子名称: BAF47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHG KKTKPNTKDH GYTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISTEPPTY L REQKAKRN SQWVPTLPNS SHHLDAVPCS TTINRNRMGR DKKRTFPLCF ...文字列:
MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHG KKTKPNTKDH GYTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISTEPPTY L REQKAKRN SQWVPTLPNS SHHLDAVPCS TTINRNRMGR DKKRTFPLCF DDHDPAVIHE NA SQPEVLV PIRLDMEIDG QKLRDAFTWN MNEKLMTPEM FSEILCDDLD LNPLTFVPAI ASA IRQQIE SYPTDSILED QSDQRVIIKL NIHVGNISLV DQFEWDMSEK ENSPEKFALK LCSE LGLGG EFVTTIAYSI RGQLSWHQKT YAFSENPLPT VEIAIRNTGD ADQWCPLLET LTDAE MEKK IRDQDRNTRR MRRLANTAPA W

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分子 #6: BCL7A

分子名称: BCL7A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGRSVRAET RSRAKDDIKR VMAAIEKVRK WEKKWVTVGD TSLRIYKWVP VTEPKVDDKN KNKKKGKDE KCGSEVTTPE NSSSPGMMDM HDDNSNQSSI ADASPIKQEN SSNSSPAPEP N SAVPSDGT EAKVDEAQAD GKEHPGAEDA SDEQNSQSSM EHSMNSSEKV ...文字列:
MSGRSVRAET RSRAKDDIKR VMAAIEKVRK WEKKWVTVGD TSLRIYKWVP VTEPKVDDKN KNKKKGKDE KCGSEVTTPE NSSSPGMMDM HDDNSNQSSI ADASPIKQEN SSNSSPAPEP N SAVPSDGT EAKVDEAQAD GKEHPGAEDA SDEQNSQSSM EHSMNSSEKV DRQPSGDSGL AA ETSAISQ VPRSRSQRGS QIGREPIGLS GDLEGVPPSK KMKLEASQQN SEEM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.93 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3lz1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111045
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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