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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-51339 | ||||||||||||
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タイトル | E.coli gyrase holocomplex with cleaved chirally wrapped 217 bp DNA fragment and moxifloxacin | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA gyrase / type II topoisomerase / moxifloxacin / DNA crossover / ISOMERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus ...negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage Mu (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ghilarov D / Heddle JG / Pabis M | ||||||||||||
資金援助 | 英国, ポーランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Proceedings of the National Academy of Sciences USA 年: 2024 タイトル: Structural basis of chiral wrap and T-segment capture by Escherichia coli DNA gyrase 著者: Michalczyk E / Pakosz-Stepien Z / Liston JD / Gittins O / Pabis M / Heddle JG / Ghilarov D | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_51339.map.gz | 256.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-51339-v30.xml emd-51339.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_51339_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_51339.png | 113.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-51339.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_51339_half_map_1.map.gz emd_51339_half_map_2.map.gz | 475.2 MB 475.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51339 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_51339_validation.pdf.gz | 980.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_51339_full_validation.pdf.gz | 979.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_51339_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_51339_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9ggqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_51339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_51339_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_51339_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Escherichia coli DNA gyrase with 217 bp linear...
全体 | 名称: Ternary complex of Escherichia coli DNA gyrase with 217 bp linear DNA fragment and moxifloxacin |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Escherichia coli DNA gyrase with 217 bp linear...
超分子 | 名称: Ternary complex of Escherichia coli DNA gyrase with 217 bp linear DNA fragment and moxifloxacin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: DNA gyrase subunit A
分子 | 名称: DNA gyrase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 |
分子量 | 理論値: 97.854305 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTI VRMAQPFSLR YMLVDGQGNF GSIDGDSAAA MR(PTR)TEIRLAK IAHELMADLE KETVDFVDNY DGTEKIP DV ...文字列: SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTI VRMAQPFSLR YMLVDGQGNF GSIDGDSAAA MR(PTR)TEIRLAK IAHELMADLE KETVDFVDNY DGTEKIP DV MPTKIPNLLV NGSSGIAVGM ATNIPPHNLT EVINGCLAYI DDEDISIEGL MEHIPGPDFP TAAIINGRRG IEEAYRTG R GKVYIRARAE VEVDAKTGRE TIIVHEIPYQ VNKARLIEKI AELVKEKRVE GISALRDESD KDGMRIVIEV KRDAVGEVV LNNLYSQTQL QVSFGINMVA LHHGQPKIMN LKDIIAAFVR HRREVVTRRT IFELRKARDR AHILEALAVA LANIDPIIEL IRHAPTPAE AKTALVANPW QLGNVAAMLE RAGDDAARPE WLEPEFGVRD GLYYLTEQQA QAILDLRLQK LTGLEHEKLL D EYKELLDQ IAELLRILGS ADRLMEVIRE ELELVREQFG DKRRTEITAN SADINLEDLI TQEDVVVTLS HQGYVKYQPL SE YEAQRRG GKGKSAARIK EEDFIDRLLV ANTHDHILCF SSRGRVYSMK VYQLPEATRG ARGRPIVNLL PLEQDERITA ILP VTEFEE GVKVFMATAN GTVKKTVLTE FNRLRTAGKV AIKLVDGDEL IGVDLTSGED EVMLFSAEGK VVRFKESSVR AMGC NTTGV RGIRLGEGDK VVSLIVPRGD GAILTATQNG YGKRTAVAEY PTKSRATKGV ISIKVTERNG LVVGAVQVDD CDQIM MITD AGTLVRTRVS EISIVGRNTQ GVILIRTAED ENVVGLQRVA EPVDEEDLDT IDGSAAEGDD EIAPEVDVDD EPEEEL EVL FQ UniProtKB: DNA gyrase subunit A |
-分子 #2: DNA gyrase subunit B
分子 | 名称: DNA gyrase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 |
分子量 | 理論値: 90.891734 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGV SAAEVIMTVL HAGGKFDDNS YKVSGGLHGV GVSVVNALSQ KLELVIQREG KIHRQIYEHG VPQAPLAVTG E TEKTGTMV ...文字列: GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGV SAAEVIMTVL HAGGKFDDNS YKVSGGLHGV GVSVVNALSQ KLELVIQREG KIHRQIYEHG VPQAPLAVTG E TEKTGTMV RFWPSLETFT NVTEFEYEIL AKRLRELSFL NSGVSIRLRD KRDGKEDHFH YEGGIKAFVE YLNKNKTPIH PN IFYFSTE KDGIGVEVAL QWNDGFQENI YCFTNNIPQR DGGTHLAGFR AAMTRTLNAY MDKEGYSKKA KVSATGDDAR EGL IAVVSV KVPDPKFSSQ TKDKLVSSEV KSAVEQQMNE LLAEYLLENP TDAKIVVGKI IDAARAREAA RRAREMTRRK GALD LAGLP GKLADCQERD PALSELYLVE GDSAGGSAKQ GRNRKNQAIL PLKGKILNVE KARFDKMLSS QEVATLITAL GCGIG RDEY NPDKLRYHSI IIMTDADVDG SHIRTLLLTF FYRQMPEIVE RGHVYIAQPP LYKVKKGKQE QYIKDDEAMD QYQISI ALD GATLHTNASA PALAGEALEK LVSEYNATQK MINRMERRYP KAMLKELIYQ PTLTEADLSD EQTVTRWVNA LVSELND KE QHGSQWKFDV HTNAEQNLFE PIVRVRTHGV DTDYPLDHEF ITGGEYRRIC TLGEKLRGLL EEDAFIERGE RRQPVASF E QALDWLVKES RRGLSIQRYK GLGEMNPEQL WETTMDPESR RMLRVTVKDA IAADQLFTTL MGDAVEPRRA FIEENALKA ANIDIENLYF Q UniProtKB: DNA gyrase subunit B |
-分子 #3: Mu217R
分子 | 名称: Mu217R / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Mu (ファージ) |
分子量 | 理論値: 65.926109 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG) ...文字列: (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DA) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT) GENBANK: GENBANK: M74911.1 |
-分子 #4: Mu217F
分子 | 名称: Mu217F / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Mu (ファージ) |
分子量 | 理論値: 66.202258 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC) ...文字列: (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DG) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DA) GENBANK: GENBANK: M74911.1 |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrol...
分子 | 名称: 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MFX |
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分子量 | 理論値: 401.431 Da |
Chemical component information | ChemComp-MFX: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |