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万見- EMDB-51310: CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6 -
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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Homo sapiens / ATP-dependent chromatin remodeller / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / Ino80 complex / regulation of chromosome organization / regulation of DNA replication / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes ...regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / Ino80 complex / regulation of chromosome organization / regulation of DNA replication / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Interleukin-7 signaling / telomere maintenance / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage Recognition in GG-NER / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Metalloprotease DUBs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / antibacterial humoral response / heterochromatin formation / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA recombination / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / nuclear body / cadherin binding / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma M / Aggarwal P / Hopfner KP | |||||||||
| 資金援助 | European Union, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6 著者: Sharma M / Aggarwal P / Hopfner KP | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_51310.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-51310-v30.xml emd-51310.xml | 26.3 KB 26.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_51310.png | 35.7 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-51310.cif.gz | 7.3 KB | ||
| その他 | emd_51310_half_map_1.map.gz emd_51310_half_map_2.map.gz | 226.7 MB 226.7 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51310 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_51310_validation.pdf.gz | 1020.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_51310_full_validation.pdf.gz | 1019.7 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_51310_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_51310_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51310 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9gf6MC ![]() 9gevC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_51310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.049 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_51310_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_51310_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6
+超分子 #1: CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6
+超分子 #2: Histone Octamer
+超分子 #3: Synthetic deoxyribonucleic acid
+分子 #1: Nucleosomal DNA Strand 1
+分子 #2: Nucleosomal DNA Strand 2
+分子 #3: Histone H3.1
+分子 #4: Histone H4
+分子 #5: Histone H2A type 1-B/E
+分子 #6: Histone H2B type 2-E
+分子 #7: INO80 complex subunit B
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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| グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 7 sec. | ||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.029 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES |
|---|---|
| 得られたモデル | ![]() PDB-9gf6: |
ムービー
コントローラー
万見について



キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
ドイツ, 2件
引用











Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)





































Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
FIELD EMISSION GUN

