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- EMDB-51292: Structure of E. coli YbbAP with bound ATP analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51292
タイトルStructure of E. coli YbbAP with bound ATP analogue
マップデータYbbAP with bound ATP analogue Full map
試料
  • 複合体: YbbAP with bound ATP analogue
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter permease YbbP
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードType VII ABC transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane component of ABC transporter, predicted / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Membrane component of ABC transporter, predicted / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA / Uncharacterized ABC transporter permease YbbP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者McAndrew MBL / Crow A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N014294/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Structure of YbbAP-TesA: a Type VII ABC transporter lipid-hydrolase complex
著者: McAndrew MB / Cook J / Gill A / Sahoo K / Thomas C / Stansfeld PJ / Crow A
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈YbbAP with bound ATP analogue Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 252 pix.
= 210.42 Å		0.84 Å/pix.
x 252 pix.
= 210.42 Å		0.84 Å/pix.
x 252 pix.
= 210.42 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0065
最小 - 最大-0.006616012 - 0.021656485
平均 (標準偏差)0.000083074876 (±0.00096621603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ252252252
Spacing252252252
セルA=B=C: 210.42 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map from PHENIX

ファイルemd_51292_additional_1.map
注釈Sharpened map from PHENIX
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: YbbAP with bound ATP analogue Half map 1

ファイルemd_51292_half_map_1.map
注釈YbbAP with bound ATP analogue Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: YbbAP with bound ATP analogue Half map 2

ファイルemd_51292_half_map_2.map
注釈YbbAP with bound ATP analogue Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : YbbAP with bound ATP analogue

全体名称: YbbAP with bound ATP analogue
要素
  • 複合体: YbbAP with bound ATP analogue
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter permease YbbP
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: YbbAP with bound ATP analogue

超分子名称: YbbAP with bound ATP analogue / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 138.362 KDa

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分子 #1: Uncharacterized ABC transporter permease YbbP

分子名称: Uncharacterized ABC transporter permease YbbP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Type VII ABC Transporter Transmembrane Protein YbbP / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 89.413836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIARWFWREW RSPSLLIVWL ALSLAVACVL ALGNISDRME KGLSQQSREF MAGDRALRSS REVPQAWLEE AQKRGLKVGK QLTFATMTF AGDTPQLANV KAVDDIYPMY GDLQTNPPGL KPQAGSVLLA PRLMALLNLK TGDTIDVGDA TLRIAGEVIQ E PDSGFNPF ...文字列:
MIARWFWREW RSPSLLIVWL ALSLAVACVL ALGNISDRME KGLSQQSREF MAGDRALRSS REVPQAWLEE AQKRGLKVGK QLTFATMTF AGDTPQLANV KAVDDIYPMY GDLQTNPPGL KPQAGSVLLA PRLMALLNLK TGDTIDVGDA TLRIAGEVIQ E PDSGFNPF QMAPRLMMNL ADVDKTGAVQ PGSRVTWRYK FGGNENQLDG YEKWLLPQLK PEQRWYGLEQ DEGALGRSME RS QQFLLLS ALLTLLLAVA AVAVAMNHYC RSRYDLVAIL KTLGAGRAQL RKLIVGQWLM VLTLSAVTGG AIGLLFENVL MVL LKPVLP AALPPASLWP WLWALGTMTV ISLLVGLRPY RLLLATQPLR VLRNDVVANV WPLKFYLPIV SVVVVLLLAG LMGG SMLLW AVLAGAVVLA LLCGVLGWML LNVLRRMTLK SLPLRLAVSR LLRQPWSTLS QLSAFSLSFM LLALLLVLRG DLLDR WQQQ LPPESPNYFL INIATEQVAP LKAFLAEHQI VPESFYPVVR ARLTAINDKP TEGNEDEALN RELNLTWQNT RPDHNP IVA GNWPPKADEV SMEEGLAKRL NVALGDTVTF MGDTQEFRAK VTSLRKVDWE SLRPNFYFIF PEGALDGQPQ SWLTSFR WE NGNGMLTQLN RQFPTISLLD IGAILKQVGQ VLEQVSRALE VMVVLVTACG MLLLLAQVQV GMRQRHQELV VWRTLGAG K KLLRTTLWCE FAMLGFVSGL VAAIGAETAL AVLQAKVFDF PWEPDWRLWI VLPCSGALLL SLFGGWLGAR LVKGKALFR QFAG

UniProtKB: Uncharacterized ABC transporter permease YbbP

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分子 #2: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA

分子名称: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Type VII ABC Transporter ATP-Binding Protein YbbA / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 26.182629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMPAENI VEVHHLKKSV GQGEHELSIL TGVELVVKRG ETIALVGESG SGKSTLLAIL AGLDDGSSGE VSLVGQPLH NMDEEARAKL RAKHVGFVFQ SFMLIPTLNA LENVELPALL RGESSAESRN GAKALLEQLG LGKRLDHLPA Q LSGGEQQR ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMPAENI VEVHHLKKSV GQGEHELSIL TGVELVVKRG ETIALVGESG SGKSTLLAIL AGLDDGSSGE VSLVGQPLH NMDEEARAKL RAKHVGFVFQ SFMLIPTLNA LENVELPALL RGESSAESRN GAKALLEQLG LGKRLDHLPA Q LSGGEQQR VALARAFNGR PDVLFADEPT GNLDRQTGDK IADLLFSLNR EHGTTLIMVT HDLQLAARCD RCLRLVNGQL QE EA

UniProtKB: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein YbbA

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
150.0 mMsodium chloride
20.0 mMHEPES
0.005 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4093 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 50.80139123 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 677670
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: beta
詳細: Map resolution of 3.66A reported by Phenix using masked FSC (half map 1,2) = 0.143. Mask smoothing radius is 7.30 A.
使用した粒子像数: 52834
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9ge7:
Structure of E. coli YbbAP with bound ATP analogue

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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