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- EMDB-51276: Cryo-EM structure of Vibrio cholerae RNA polymerase Transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51276
タイトルCryo-EM structure of Vibrio cholerae RNA polymerase Transcription Activation Complex with TcpP transcription factor and a toxT promoter DNA fragment
マップデータTAC_toxT_S MAP H composite map.
試料
  • 複合体: Virulent transcription complex #4
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: toxT promoter non-template DNA strand
      • DNA: toxT promoter template DNA strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA polymerase / Transcription Activation Complex / toxT / TcpP / Vibrio cholerae / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Alcaide-Jimenez A / Baudin F / Canals A / Machon C / Murciano B / Fabrega-Ferrer M / Bantysh O / Perez-Luque R / Krukonis ES / Muller CW / Coll M
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-12141GB-100 スペイン
Generalitat de Catalunya2021SGR00423 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Structures of transcription complexes reveal how ToxR and TcpP recruit the RNA polymerase and activate virulence genes.
著者: Adrià Alcaide-Jiménez / Albert Canals / Florence Baudin / Cristina Machón / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Olga Bantysh / Rosa Pérez-Luque / Brice Murciano / Ali A Mohammad / Michael J ...著者: Adrià Alcaide-Jiménez / Albert Canals / Florence Baudin / Cristina Machón / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Olga Bantysh / Rosa Pérez-Luque / Brice Murciano / Ali A Mohammad / Michael J Rowse / Joseph M Ferracciolo / Eric S Krukonis / Christoph W Müller / Miquel Coll /
要旨: Activation of virulence in , the etiological agent of cholera disease, is mediated by two transmembrane one-component signal-transduction proteins, ToxR and TcpP, which are also transcription factors. ...Activation of virulence in , the etiological agent of cholera disease, is mediated by two transmembrane one-component signal-transduction proteins, ToxR and TcpP, which are also transcription factors. Using cryo-electron microscopy, we have solved five structures of the and transcription activation complexes, including the RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, promoter DNAs, transcribed RNA, and their corresponding transcription factors, ToxR or TcpP and ToxR-TcpP, respectively. Activation is achieved through the interaction of ToxR or TcpP with the α-C-terminal repeat domain of RNAP where a single residue of the activator, a phenylalanine, appears to be the most critical contact, as confirmed by mutagenesis. No interactions of the transcription factors were observed with other subunits of the RNAP, i.e., the σ subunit as it occurs in the structurally related PhoB family of two-component transcription factors. The structures, and their comparison with our previously solved DNA promoter-ToxR x-ray structures, unveil the molecular mechanism of cholera virulence gene activation.
履歴
登録2024年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TAC_toxT_S MAP H composite map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5
最小 - 最大-3.8376539 - 115.692179999999993
平均 (標準偏差)0.006548265 (±1.0791951)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 374.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virulent transcription complex #4

全体名称: Virulent transcription complex #4
要素
  • 複合体: Virulent transcription complex #4
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: toxT promoter non-template DNA strand
      • DNA: toxT promoter template DNA strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Virulent transcription complex #4

超分子名称: Virulent transcription complex #4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#8
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

+
超分子 #3: Double stranded DNA

超分子名称: Double stranded DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

+
分子 #1: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P

分子名称: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 13.447507 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGYVRVIYQF PDNLWWNEAS NQVYYAQDPM KPERLIGTPS IMQAKLLKIL CEYHPSPCPN DQIIKALWPH GFISSESLTQ AIKRTRDFL NDEHKTLIEN VKLQGYRINI IQVIVS

UniProtKB: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 36.461473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQIS TTHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IEGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVAEGKDEV FITLNKSGSG PVVAGDITHD GDVEIVNPEH VICHLTSDNA AIAMRIKVER GRGYVPASAR I HTEEDERP ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQIS TTHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IEGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVAEGKDEV FITLNKSGSG PVVAGDITHD GDVEIVNPEH VICHLTSDNA AIAMRIKVER GRGYVPASAR I HTEEDERP IGRLLVDATF SPVDKIAYSV EAARVEQRTD LDKLVIDMET NGTLEPEEAI RRAATILAEQ LDAFVDLRDV RV PEEKEEK PEFDPILLRP VDDLELTVRS ANCLKAEAIH YIGDLVQRTE VELLKTPNLG KKSLTEIKDV LASRGLSLGM RLE NWPPAS IAED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 149.696531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGTRPQ VLDIPYLLSI QLDSFEKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYNGNSELQY VSYRLGEPVF DVKECQIRG VTYSKPLRVK LRLVIFDKDA PAGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTENGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGTRPQ VLDIPYLLSI QLDSFEKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYNGNSELQY VSYRLGEPVF DVKECQIRG VTYSKPLRVK LRLVIFDKDA PAGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTENGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLYVRI DRRRKLPASI ILRVLGKTSA EILDIFFEKV NFEVKDQTLM ME LVPERLR GETATFDIEA DGKVYVEKGR RVTARHIRQL EKDGVNFIEV PVEYIVGKVS AKDYVNEATG ELIITANQEI SLE ALANLS QAGYKKLEVL FTNDLDHGPF MSETLRVDST TDRISALVEI YRMMRPGEPP TKEAAESLFE SLFFSAERYD LSTV GRMKF NSSIGREDAE EQGTLDEVDI IEVMKKLISI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DNVMPQDLIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEV THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHVTH YGRLCP IET PEGPNIGLIN SLSAFARCNE YGFLETPYRR VVNGVVTDEV DYLSAIEEGQ FVIAQANAKL TEEGGFADEL VTARQKG ES GLHPREHVDY MDVATNQVVS IAASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRSEKPLVGT GIERNVAVDS GVTAVAKR G GVIQSVDASR IVVKVNEEEL IPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQRPCV MPGEPVARGD VLADGPSTDL GELALGQNM RIAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQDDRFTT IHIQELSCVA RDTKLGAEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVKGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDTSLR VPNSVAGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE QMQLKEAKKD L TEEFQILE GGLLARVRSV LLAGGYTEAK LSSIERKKWL EQTLENEELQ NQLEQLAEQY DELKADFDKK FEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPVEDMPY DENGQPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILEVHL GLA AKGIGD KINQMIKEQQ ELAKLREFLQ KVYDLGDTRQ RVDISELSDE DVRTLAHNLR AGLPVATPVF DGAPESSIKA MLEL ADLPA SGQLTLFDGR TGDAFERPVT VGYMYMLKLN HLVDDKMHAR STGSYSLVTQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW ALEAY GAAY TLQEMLTVKS DDVNGRTKMY KNIVDGNHAM EPGMPESFNV LLKEIRSLGI NIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 155.234281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDLLNFLKA QHKTEEFDAI KIGLASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR DRMGHIELAS PVAHIWFLKS LPSRIGLLMD MPLRDIERVL YFEMYVVTEP GMTDLERGQM L TEEEYLDR ...文字列:
MKDLLNFLKA QHKTEEFDAI KIGLASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR DRMGHIELAS PVAHIWFLKS LPSRIGLLMD MPLRDIERVL YFEMYVVTEP GMTDLERGQM L TEEEYLDR LEEWGDEFTA KMGAEAIKDL LASMDLPAEA EQMREELDTT NSETKRKKLT KRLKLVEAFV ASGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLELAA PDIIVRNEKR MLQESVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYSKLE TRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RTLM MSTNNILSPA SGDPIIVPSQ DVVLGLYYMT REKINAKGEG MYLTGPAEAE KAYRTKTAEL HARVKVRITE TIKHEN GKL TTETKMIDTT VGRAMLWQIV PKGLPYSLVN QKLGKKQISN LLNEAYRKLG LKDTVIFADQ IMYTGFAYAA LSGVSVG ID DMVVPAAKYT EIAEAEEEVR EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWASTNDR VAKAMMENLS SEQVINRQGE QEKQESFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMARPD GSIIETPITA NFKEGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDVVVT EHDCGTLEGV VMTPHIEGGD VKVALTELAL GRVVSEDILK PGTDEVLIPR NTLLDEKWCK VINDNSVDQI KVRSVVTCD SDFGCCAQCY GRDLARGHLV NQGEAVGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASTAAAENS IQAKNNGSVK L HNAKFVTN KDGKLVITSR ASELTIIDEF GRTKEKHKLP YGSMLSKADG DAVAAGETVA NWEAHTMPII TEVAGRVQFV DM IDGVTVS RQTDDLTGLS SSEVTEAAAR PAAGKDMRPA IKLVDANGKD VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV NLDDGAEVNV GDT LARIPQ KSGGNKDITG GLPRVADLFE ARKPKEPAIL AEHSGTVSFG KETKGKRRLI ITRDSGDTYE EMIPKHRQLN VFEG ERIER GDVIADGPES PHDILRLRGI HAVTTYIANE VQEVYRLQGV KINDKHIETI VRQMLRKCTI TFAGDSEFLP GETVE YSQV KIANRKLVEE GKEPARFERE LLGITKASLA TESFISAASF QETTRVLTEA AVSGKRDDLR GLKENVIVGR LIPAGT GFA YHQDRQAKRA QEQQGPSAEQ ATDNLAALLN AGFSSDDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 10.068355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QSGGKDALVP EENDKPTVIA LREIEEGLIT KDVLDARERQ EQQEQEAAEL AAVSSIMHN R

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #8: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 70.749648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDQNPQSQLK QLVLRGKEQG YLTYAEVNDH LPAEIVDSEQ VEDIIQMIND MGIKVVETAP DADDLALSDD TTITDEDAAE AAAAALSSV ESEIGRTTDP VRMYMREMGT VELLTREGEI DIAKRIEDGI NQVQSAIAEY PGTIPYILEQ FDRVQAEELR L TDLISGFV ...文字列:
MDQNPQSQLK QLVLRGKEQG YLTYAEVNDH LPAEIVDSEQ VEDIIQMIND MGIKVVETAP DADDLALSDD TTITDEDAAE AAAAALSSV ESEIGRTTDP VRMYMREMGT VELLTREGEI DIAKRIEDGI NQVQSAIAEY PGTIPYILEQ FDRVQAEELR L TDLISGFV DPNDMETEAP TATHIGSELS EADLADEDDA VVEDEDEDGD GESSDSEEEV GIDPELAREK FNELRGKFQN LQ LAVNEFG RDSHQASEAS DLVLDIFREF RLTPKQFDHL VETLRTSMDR VRTQERLVMK AVVEVAKMPK KSFIALFTGN ESN EEWLDK VLASDKPYVA KVREQEEEIR RSIQKLQMIE QETSLSVERI KDISHRMSIG EAKARRAKKE MVEANLRLVI SIAK KYTNR GLQFLDLIQE GNIGLMKAVD KFEYRRGYKF STYATWWIRQ AITRSIADQA RTIRIPVHMI ETINKLNRIS RQMLQ EMGR EPLPEELAER MQMPEDKIRK VLKIAKEPIS METPIGDDED SHLGDFIEDT TLELPLDSAT ATSLKAATRD VLAGLT PRE AKVLRMRFGI DMNTDHTLEE VGKQFDVTRE RIRQIEAKAL RKLRHPSRSE VLRSFLDE

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #2: toxT promoter non-template DNA strand

分子名称: toxT promoter non-template DNA strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 21.952109 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)

+
分子 #3: toxT promoter template DNA strand

分子名称: toxT promoter template DNA strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 21.918211 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 0.1 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159379
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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