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- EMDB-51210: Bacteroides thetaiotaomicron siderophore transporter XusA in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51210
タイトルBacteroides thetaiotaomicron siderophore transporter XusA in complex with surface-exposed lipoprotein XusB
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed lipoprotein XusB from Bacteroides thetaiotaomicron
    • タンパク質・ペプチド: TonB-linked outer membrane receptor
    • タンパク質・ペプチド: DUF4374 domain-containing protein
  • リガンド: water
キーワードOuter membrane / membrane protein complex / siderophore transport / iron piracy / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4374 / Domain of unknown function (DUF4374) / CarboxypepD_reg-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TonB-linked outer membrane receptor / DUF4374 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Silale A / van den Berg B
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of iron piracy by human gut Bacteroides
著者: Silale A / Soo YL / Mark H / Basle A / van den Berg B
履歴
登録2024年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 480 pix.
= 355.2 Å		0.74 Å/pix.
x 480 pix.
= 355.2 Å		0.74 Å/pix.
x 480 pix.
= 355.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0425
最小 - 最大-0.10909388 - 0.23805225
平均 (標準偏差)0.0000049040127 (±0.004484953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51210_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_51210_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_51210_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_51210_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed li...

全体名称: Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed lipoprotein XusB from Bacteroides thetaiotaomicron
要素
  • 複合体: Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed lipoprotein XusB from Bacteroides thetaiotaomicron
    • タンパク質・ペプチド: TonB-linked outer membrane receptor
    • タンパク質・ペプチド: DUF4374 domain-containing protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed li...

超分子名称: Complex of TonB-dependent transporter XusA and surface-exposed lipoprotein XusB from Bacteroides thetaiotaomicron
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: XusB was tagged with an affinity tag on the chromosome. The tag was used to pull down the XusAB complex at native expression levels.
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: TonB-linked outer membrane receptor

分子名称: TonB-linked outer membrane receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 89.255508 KDa
配列文字列: MINKSFLVFL AFLFSVSAFS QHGRSGGMIS GRVISTVEKE VVDFATVYLK GTNRGATTDE KGLYHLKAAA GDYTLVVSAI GYTTVEKKV TLKAGERIRV NVTIAPQVTE LNEVVVSTSA VSRVNKSAFN AVAIDAKGLH NSTQNLSDAL AKVPGLKLRE A GGVGSDMI ...文字列:
MINKSFLVFL AFLFSVSAFS QHGRSGGMIS GRVISTVEKE VVDFATVYLK GTNRGATTDE KGLYHLKAAA GDYTLVVSAI GYTTVEKKV TLKAGERIRV NVTIAPQVTE LNEVVVSTSA VSRVNKSAFN AVAIDAKGLH NSTQNLSDAL AKVPGLKLRE A GGVGSDMI LSLDGFSGKH VKLFIDGVPQ EGVGSSFGLN NIPINFADRI EVYRGVVPVG FGTDALGGVI NIVTNKNRKN WF LDASYSY GSFNTHKSYV NFGQTFKNGL TYEINAFQNY SDNSYYVDTP VEEFYEGGGS AINTDKVEHV KRFHDNYHNE AVV GKVGLV DKKWADRLMI GLTYSRMYKE IQTGVVQKVV FGEKYRKGNS LMPSLEYRKR NLFVRNLDVA FTANYNRNFT NNVD TATYR FNWLGEKTSL KGRKGEQSYQ DMKSDNDNWN ATFTANYHIG TAHTFVLNHV LNTFHRENHN SVSVDESNAI AKVTR KNIT GFSYRLMPSE HWNLSVFGKY YNQYNAGPVS ASTSGTSNYV RLTNNVSSVG YGAAGTYFIL SGLQAKLSYE KAYRLP TNE ELFGDEDLEL GKIGLNPEKS DNLNFNLSYN RQLGKHGLYV ETGLIYRNTS DYIYRSIETT SNRSYGSYSN YGSVETK GY HISARYNYSC WVSIGGNFTQ MDVRDNVEKT QTGQESLTYG ARMPNLPYRF ANSDISFFWR NLWKKGNTLT VTYDNMYV H GFPLYSEALG AVETKDIVPT QFSHNLGITY SLKNGRYNVS FECKNFTDEK LYDNFSLQKA GRAFYGKVRV YFGGN

UniProtKB: TonB-linked outer membrane receptor

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分子 #2: DUF4374 domain-containing protein

分子名称: DUF4374 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: A C-terminal His6-tag coding sequence was fused to the xusB gene on the B. thetaiotaomicron chromosome.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 51.686082 KDa
組換発現生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
配列文字列: MKKNFLMWSF AMALLTGTLC TSCDETEGAV APEETQSVQK GIAITYLHVT DQIMKNRDVI RGENFLGNGE YVTFAGILEA NNKIYTAPI PMGLSVYGSA FEDGKWVKYP ELVKTEDGGS NSSSYEKGEL QWTQYPNEAW VAIYNDENFN NPTLIRTDKI S YACGRMRS ...文字列:
MKKNFLMWSF AMALLTGTLC TSCDETEGAV APEETQSVQK GIAITYLHVT DQIMKNRDVI RGENFLGNGE YVTFAGILEA NNKIYTAPI PMGLSVYGSA FEDGKWVKYP ELVKTEDGGS NSSSYEKGEL QWTQYPNEAW VAIYNDENFN NPTLIRTDKI S YACGRMRS QYYQTIWAAD NGDVYVFSPS YAKIMDADVQ KTNLPAGVVR IKAGATDFDS YYCNLEELSG GKSFLRCWHI TG DYFLLQM YTGEINSRGT GATRMAVFKA TGNGDKGELY YVDGLPEPDR ISSFSGTPFC ENGVAYVGVI PITADGETNH PAI YKIDPV THTATKGLTV NATGITAIGR LAKDSHSTYV VSATVTSANS TANYLLATST LESGSVTPGN NNGFETATGT AWIF YKDQY LYRLQYNQGN EGVTTAYELN TNGGIAKRSN EYTITRFTTY GIFGENIISS SAVDATFTDH HHHHH

UniProtKB: DUF4374 domain-containing protein

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 120 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES-NaOH
100.0 mMsodium chloride
0.03 %dodecyl maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6645 / 平均電子線量: 40.83 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1110843
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was generated from curated particle images using cryoSPARC's ab initio reconstruction job.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76969
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The final refinement step was cryoSPARC's local refinement.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: ModelAngelo
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 57.2
得られたモデル

PDB-9gbc:
Bacteroides thetaiotaomicron siderophore transporter XusA in complex with surface-exposed lipoprotein XusB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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