[日本語] English
万見
- EMDB-51195: Extended phiCD508 baseplate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51195
タイトルExtended phiCD508 baseplate
マップデータC6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate sharpened map (B-factor = -100A)
試料
  • 複合体: Extended phiCD508 baseplate
    • タンパク質・ペプチド: gp65 - Triplex 1a protein
    • タンパク質・ペプチド: gp66 - Triplex 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: gp61 - Tail tube initiator
    • タンパク質・ペプチド: gp56 - Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: gp55 - Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: gp64 - Sheath initiator
キーワードBacteriophage / virus / needle / baseplate
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriophage Mu-like, Gp48 / : / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / : / Protein of unknown function DUF2634 / Contractile injection system sheath initiator / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain ...Bacteriophage Mu-like, Gp48 / : / Bacteriophage Mu-like, Gp48 / : / Protein of unknown function DUF2634 / Contractile injection system sheath initiator / Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LysM domain/BON superfamily protein / Protein of uncharacterized function (DUF2001) / Phage tail sheath protein / XkdT-related protein / Baseplate J family protein / XkdS-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Wilson JS / Fagan RP / Bullough PA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P02002X/1 英国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of bacteriophage contraction structure of an S-layer-penetrating bacteriophage.
著者: Jason S Wilson / Louis-Charles Fortier / Robert P Fagan / Per A Bullough /
要旨: The molecular details of phage tail contraction and bacterial cell envelope penetration remain poorly understood and are completely unknown for phages infecting bacteria enveloped by proteinaceous S- ...The molecular details of phage tail contraction and bacterial cell envelope penetration remain poorly understood and are completely unknown for phages infecting bacteria enveloped by proteinaceous S-layers. Here, we reveal the extended and contracted atomic structures of an intact contractile-tailed phage (φCD508) that binds to and penetrates the protective S-layer of the Gram-positive human pathogen The tail is unusually long (225 nm), and it is also notable that the tail contracts less than those studied in related contractile injection systems such as the model phage T4 (∼20% compared with ∼50%). Surprisingly, we find no evidence of auxiliary enzymatic domains that other phages exploit in cell wall penetration, suggesting that sufficient energy is released upon tail contraction to penetrate the S-layer and the thick cell wall without enzymatic activity. Instead, the unusually long tail length, which becomes more flexible upon contraction, likely contributes toward the required free energy release for envelope penetration.
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_51195.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate sharpened map (B-factor = -100A)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.469
最小 - 最大-1.0565405 - 2.1894283
平均 (標準偏差)0.005625721 (±0.08861269)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 530.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate unsharpened map

ファイルemd_51195_additional_1.map
注釈C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate half map A

ファイルemd_51195_half_map_1.map
注釈C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate half map B

ファイルemd_51195_half_map_2.map
注釈C6 helical reconstruction extended phiCD508 baseplate half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Extended phiCD508 baseplate

全体名称: Extended phiCD508 baseplate
要素
  • 複合体: Extended phiCD508 baseplate
    • タンパク質・ペプチド: gp65 - Triplex 1a protein
    • タンパク質・ペプチド: gp66 - Triplex 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: gp61 - Tail tube initiator
    • タンパク質・ペプチド: gp56 - Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: gp55 - Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: gp64 - Sheath initiator

-
超分子 #1: Extended phiCD508 baseplate

超分子名称: Extended phiCD508 baseplate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117

-
分子 #1: gp65 - Triplex 1a protein

分子名称: gp65 - Triplex 1a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 41.502496 KDa
配列文字列: MERELPIPVF LTEDEDSVHE RMLSNFQDVS TLEGDFIYDA TRPTAEQIAE LKQLGLQNNL KIAFPQTSYG TYLEWLGECK GVFKNQPTK ATGVITFTGV QGTIITKGTI VTTIATDEKQ SIEFELLETK TIGENETVDI KAESRIVGTI GNVSKGSISV L LGSISGVK ...文字列:
MERELPIPVF LTEDEDSVHE RMLSNFQDVS TLEGDFIYDA TRPTAEQIAE LKQLGLQNNL KIAFPQTSYG TYLEWLGECK GVFKNQPTK ATGVITFTGV QGTIITKGTI VTTIATDEKQ SIEFELLETK TIGENETVDI KAESRIVGTI GNVSKGSISV L LGSISGVK SITNKEDFRG GTDIEDEEHF RERVLVAEQE DKLSGASSDY IRWAKEVDGV GYAYVVSEWA GAGTVKVLIL DK NRKAATQ ELIDKVQEYI YPLNISEGEN RDGKAPIGAL VTVVTPDTLL INVKASFIFS NGFSEETVLN NLKTKIDKYL DKI DLGGTV SYNAIQAIVG SMMLTDEGIE DFSNLTINDV KENIKLQDQV VGIGEIVNEV VG

UniProtKB: Baseplate J family protein

-
分子 #2: gp66 - Triplex 2 protein

分子名称: gp66 - Triplex 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 23.912678 KDa
配列文字列: MIASKKGKEM LLTLSPIYEQ SIIMQSLYEA IGSEFDNLEL LDEEIELQLF PQSATWGLGF WENRVGLITN LDEDMETRRR KVIAKLQSK YIMTPKRMSM ILQSYTGANI KINENISPYT FGVELTSTQG FPKDLEDLYK RVNVIKPSHL AVSYKLVSLL K SKTYFAQT ...文字列:
MIASKKGKEM LLTLSPIYEQ SIIMQSLYEA IGSEFDNLEL LDEEIELQLF PQSATWGLGF WENRVGLITN LDEDMETRRR KVIAKLQSK YIMTPKRMSM ILQSYTGANI KINENISPYT FGVELTSTQG FPKDLEDLYK RVNVIKPSHL AVSYKLVSLL K SKTYFAQT AIMSEEITIY PYTSKEVKAS VKAKFALAHN MSSETLTVYP R

UniProtKB: XkdT-related protein

-
分子 #3: gp61 - Tail tube initiator

分子名称: gp61 - Tail tube initiator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 25.89983 KDa
配列文字列: MVIDIYLKNE KEKIDFHFPV NPQDSLSIKK EKRFETVDIV NLGEFDIKKE GEKIREISFK TFLPNLYDAS YCRYSELKNP IEVVAMLEK WVDQAEPLRL IITGFGYNGL VTISSFSNTQ TAGREEDRDI EITFRTYREL KIETLKKDTK SNTKTDLKDN R PNTQTKSK ...文字列:
MVIDIYLKNE KEKIDFHFPV NPQDSLSIKK EKRFETVDIV NLGEFDIKKE GEKIREISFK TFLPNLYDAS YCRYSELKNP IEVVAMLEK WVDQAEPLRL IITGFGYNGL VTISSFSNTQ TAGREEDRDI EITFRTYREL KIETLKKDTK SNTKTDLKDN R PNTQTKSK IYTVKASDTL YKIAKNLLGK GSRWPEIYNI PENKKVIGKN PNIIKKGQKL VIPSK

UniProtKB: LysM domain/BON superfamily protein

-
分子 #4: gp56 - Tail tube protein

分子名称: gp56 - Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 15.572538 KDa
配列文字列:
MYNDDYIEEA SFLNGSDVVI LIDGVEELYM EEIKADFEQD EQSIKLLGCQ NEISRVGTTK GSFSLNGYKT DSKFAKLGFR SFEIIYNLS NSETLGYESI RLKNCRLKKL PLINSKAGEI VKIEVEGSFR GYDLLNEL

UniProtKB: Protein of uncharacterized function (DUF2001)

-
分子 #5: gp55 - Tail sheath protein

分子名称: gp55 - Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 53.016762 KDa
配列文字列: MATGTWNEKE RKEIPGFYNR FKTQAEKSTN TGLKGRLAMP IRANWGDVGK VVTIKNDLRQ LKNLFGDDMN YSAFKLGKLA LLGNVKELL LYRLVDGNQK KGTLTLKDTT ENSAKDVIKL ETKYPTARNF NVTIKSNLVD SDKKDFIFFE NTKQLFSSSI K GTIDEIVL ...文字列:
MATGTWNEKE RKEIPGFYNR FKTQAEKSTN TGLKGRLAMP IRANWGDVGK VVTIKNDLRQ LKNLFGDDMN YSAFKLGKLA LLGNVKELL LYRLVDGNQK KGTLTLKDTT ENSAKDVIKL ETKYPTARNF NVTIKSNLVD SDKKDFIFFE NTKQLFSSSI K GTIDEIVL EINSNLDNEY VIATKVADSD TILANVVNQA LEGGNDGCTS ITNESYLKAL EEFERYSFDS FVLDGVADEA LQ ETTKAWV AKNKELGKDI LLFLGGKTED NIKQINDKSK SFNDENIVNV GSSAYYENIK YTPSEVAVYI AALSVSKGIT GSI CNAKTI FEEVEPRLSQ SEVKECLKSG TLVLDFDDGD VIIVDDVNTF KKYVDDKNEA MGYISNIMFI NTINKDTSLK RKEF VGKIF NDATGQTTVI CALKKYFEEL MSQGIISEFN VDIDTELQAT AKADEFYWKW DAVKVDVMKK IYGTGYLG

UniProtKB: Phage tail sheath protein

-
分子 #6: gp64 - Sheath initiator

分子名称: gp64 - Sheath initiator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: CD117
分子量理論値: 17.676939 KDa
配列文字列:
MPNLFPQSET FETVELKNND ENELDLKGSF LFDFEKGEFV KNADGTLKKC DKVQAYKQWC QKAILTPRYK KAAYTNIYGS EIKDLIASN LSQSAKELEI TRLIKETILV HPYTKEVGEF SFNWLENSRL VEYEFDVLTI DDENIVIDGN IKR

UniProtKB: XkdS-related protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19276
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る