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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-51177 | |||||||||
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タイトル | Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 3, treated | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | pre-60S / Complex / biogenesis / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Grundmann L / Haselbach D / Bergler H / Grishkovskaya I / Valentin VV | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation. 著者: Lisa Kofler / Lorenz Grundmann / Magdalena Gerhalter / Michael Prattes / Juliane Merl-Pham / Gertrude Zisser / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Martin Vareka / Rolf Breinbauer ...著者: Lisa Kofler / Lorenz Grundmann / Magdalena Gerhalter / Michael Prattes / Juliane Merl-Pham / Gertrude Zisser / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Martin Vareka / Rolf Breinbauer / Stefanie M Hauck / David Haselbach / Helmut Bergler / 要旨: The formation of new ribosomes is tightly coordinated with cell growth and proliferation. In eukaryotes, the correct assembly of all ribosomal proteins and RNAs follows an intricate scheme of ...The formation of new ribosomes is tightly coordinated with cell growth and proliferation. In eukaryotes, the correct assembly of all ribosomal proteins and RNAs follows an intricate scheme of maturation and rearrangement steps across three cellular compartments: the nucleolus, nucleoplasm, and cytoplasm. We demonstrate that usnic acid, a lichen secondary metabolite, inhibits the maturation of the large ribosomal subunit in yeast. We combine biochemical characterization of pre-ribosomal particles with a quantitative single-particle cryo-EM approach to monitor changes in nucleolar particle populations upon drug treatment. Usnic acid rapidly blocks the transition from nucleolar state B to C of Nsa1-associated pre-ribosomes, depleting key maturation factors such as Dbp10 and hindering pre-rRNA processing. This primary nucleolar block rapidly rebounds on earlier stages of the pathway which highlights the regulatory linkages between different steps. In summary, we provide an in-depth characterization of the effect of usnic acid on ribosome biogenesis, which may have implications for its reported anti-cancer activities. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_51177.map.gz | 292.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-51177-v30.xml emd-51177.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_51177_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_51177.png | 55.3 KB | ||
マスクデータ | emd_51177_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-51177.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_51177_half_map_1.map.gz emd_51177_half_map_2.map.gz | 318.2 MB 318.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51177 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51177 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_51177_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_51177_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_51177_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_51177_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51177 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51177 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_51177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_51177_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_51177_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_51177_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nucleolar pre-60S particle
全体 | 名称: Nucleolar pre-60S particle |
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要素 |
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-超分子 #1: Nucleolar pre-60S particle
超分子 | 名称: Nucleolar pre-60S particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2000 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 74 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7595 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: 3608 exposures for the usnic acid treated dataset and 3987 exposures collected for the untreated dataset. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial rigid body fitting was done using ChimeraX |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |