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- EMDB-51174: MtUvrA2 bound to endogenous E. coli DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51174
タイトルMtUvrA2 bound to endogenous E. coli DNA
マップデータunsharped map
試料
  • 複合体: MtUvrA2-DNA complex
    • 複合体: MtUvrA2
      • タンパク質・ペプチド: UvrABC system protein A
    • 複合体: DNA
      • DNA: Endogenous E. coli DNA
      • DNA: Endogenous E. coli DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDNA repair / NER / UVRA / UVRB / UVR / MTB / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of strand invasion / excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide-excision repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding ...negative regulation of strand invasion / excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide-excision repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Genta M / Capelli R / Ferrara G / Rizzi M / Rossi F / Jeruzalmi D / Bolognesi M / Chaves-Sanjuan A / Miggiano R
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Ministero dell Universita e della RicercaP2022P8KMF イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanistic understanding of UvrA damage detection and lesion hand-off to UvrB in Nucleotide Excision Repair.
著者: Marianna Genta / Giulia Ferrara / Riccardo Capelli / Diego Rondelli / Sarah Sertic / Martino Bolognesi / Menico Rizzi / Franca Rossi / David Jeruzalmi / Antonio Chaves-Sanjuan / Riccardo Miggiano /
要旨: Nucleotide excision repair (NER) represents one of the major molecular machineries that control chromosome stability in all living species. In Eubacteria, the initial stages of the repair process are ...Nucleotide excision repair (NER) represents one of the major molecular machineries that control chromosome stability in all living species. In Eubacteria, the initial stages of the repair process are carried out by the UvrABC excinuclease complex. Despite the wealth of structural data available, some crucial details of the pathway remain elusive. In this study, we present a structural investigation of the Mycobacterium tuberculosis UvrAUvrB complex and of the UvrA dimer, both in complex with damaged DNA. Our analyses yield insights into the DNA binding mode of UvrA, showing an unexplored conformation of Insertion Domains (IDs), underlying the essential role of these domains in DNA coordination. Furthermore, we observe an interplay between the ID and the UvrB Binding Domain (UBD): after the recognition of the damage, the IDs repositions with the concomitant reorganization of UBD, allowing the formation of the complex between UvrA and UvrB. These events are detected along the formation of the uncharacterized UvrAUvrB-DNA and the UvrAUvrB-DNA complexes which we interpret as hierarchical steps initiating the DNA repair cascade in the NER pathway, resulting in the formation of the pre-incision complex.
履歴
登録2024年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_51174.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharped map
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.255
最小 - 最大-0.40677476 - 1.035813
平均 (標準偏差)0.0020117008 (±0.027849704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51174_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharped map

ファイルemd_51174_additional_1.map
注釈sharped map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51174_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51174_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MtUvrA2-DNA complex

全体名称: MtUvrA2-DNA complex
要素
  • 複合体: MtUvrA2-DNA complex
    • 複合体: MtUvrA2
      • タンパク質・ペプチド: UvrABC system protein A
    • 複合体: DNA
      • DNA: Endogenous E. coli DNA
      • DNA: Endogenous E. coli DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: MtUvrA2-DNA complex

超分子名称: MtUvrA2-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: MtUvrA2 dimer in complex with DNA
分子量理論値: 220 KDa

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超分子 #2: MtUvrA2

超分子名称: MtUvrA2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: UvrABC system protein A

分子名称: UvrABC system protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 106.945383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQ MDKPDVDFIE GLSPAVSIDQ KSTNRNPRST VGTITEVYDY LRLLYARAGT PHCPTCGERV ARQTPQQIVD Q VLAMPEGT ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQ MDKPDVDFIE GLSPAVSIDQ KSTNRNPRST VGTITEVYDY LRLLYARAGT PHCPTCGERV ARQTPQQIVD Q VLAMPEGT RFLVLAPVVR TRKGEFADLF DKLNAQGYSR VRVDGVVHPL TDPPKLKKQE KHDIEVVVDR LTVKAAAKRR LT DSVETAL NLADGIVVLE FVDHELGAPH REQRFSEKLA CPNGHALAVD DLEPRSFSFN SPYGACPECS GLGIRKEVDP ELV VPDPDR TLAQGAVAPW SNGHTAEYFT RMMAGLGEAL GFDVDTPWRK LPAKARKAIL EGADEQVHVR YRNRYGRTRS YYAD FEGVL AFLQRKMSQT ESEQMKERYE GFMRDVPCPV CAGTRLKPEI LAVTLAGESK GEHGAKSIAE VCELSIADCA DFLNA LTLG PREQAIAGQV LKEIRSRLGF LLDVGLEYLS LSRAAATLSG GEAQRIRLAT QIGSGLVGVL YVLDEPSIGL HQRDNR RLI ETLTRLRDLG NTLIVVEHDE DTIEHADWIV DIGPGAGEHG GRIVHSGPYD ELLRNKDSIT GAYLSGRESI EIPAIRR SV DPRRQLTVVG AREHNLRGID VSFPLGVLTS VTGVSGSGKS TLVNDILAAV LANRLNGARQ VPGRHTRVTG LDYLDKLV R VDQSPIGRTP RSNPATYTGV FDKIRTLFAA TTEAKVRGYQ PGRFSFNVKG GRCEACTGDG TIKIEMNFLP DVYVPCEVC QGARYNRETL EVHYKGKTVS EVLDMSIEEA AEFFEPIAGV HRYLRTLVDV GLGYVRLGQP APTLSGGEAQ RVKLASELQK RSTGRTVYI LDEPTTGLHF DDIRKLLNVI NGLVDKGNTV IVIEHNLDVI KTSDWIIDLG PEGGAGGGTV VAQGTPEDVA A VPASYTGK FLAEVV

UniProtKB: UvrABC system protein A

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分子 #2: Endogenous E. coli DNA

分子名称: Endogenous E. coli DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: unknown sequence / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.048851 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)

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分子 #3: Endogenous E. coli DNA

分子名称: Endogenous E. coli DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: unknown sequence / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.949698 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClNaCl
20.0 mMTris HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21232 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 666671
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 229676
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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