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- EMDB-5115: West Nile virus in complex with a single-chain antibody derivativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5115
タイトルWest Nile virus in complex with a single-chain antibody derivative of the neutralizing monoclonal antibody E16
マップデータWest Nile virus in complex with a single-chain antibody derivative of the neutralizing monoclonal antibody E16.
試料
  • 試料: West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivative of neutralizing monoclonal antibody E16
  • ウイルス: West Nile Virus NY99
  • タンパク質・ペプチド: E16 scFv derivative
キーワードflavivirus / West Nile Virus / neutralizing antibody / complex / single-chain
生物種unidentified (未定義) / West Nile Virus NY99
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.75 Å
データ登録者Kaufmann B / Chipman PR / Holdaway HA / Johnson S / Kuhn RJ / Diamond MS / Rossmann MG
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2009
タイトル: Capturing a flavivirus pre-fusion intermediate.
著者: Bärbel Kaufmann / Paul R Chipman / Heather A Holdaway / Syd Johnson / Daved H Fremont / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /
要旨: During cell entry of flaviviruses, low endosomal pH triggers the rearrangement of the viral surface glycoproteins to a fusion-active state that allows the release of the infectious RNA into the ...During cell entry of flaviviruses, low endosomal pH triggers the rearrangement of the viral surface glycoproteins to a fusion-active state that allows the release of the infectious RNA into the cytoplasm. In this work, West Nile virus was complexed with Fab fragments of the neutralizing mAb E16 and was subsequently exposed to low pH, trapping the virions in a pre-fusion intermediate state. The structure of the complex was studied by cryo-electron microscopy and provides the first structural glimpse of a flavivirus fusion intermediate near physiological conditions. A radial expansion of the outer protein layer of the virion was observed compared to the structure at pH 8. The resulting approximately 60 A-wide shell of low density between lipid bilayer and outer protein layer is likely traversed by the stem region of the E glycoprotein. By using antibody fragments, we have captured a structural intermediate of a virus that likely occurs during cell entry. The trapping of structural transition states by antibody fragments will be applicable for other processes in the flavivirus life cycle and delineating other cellular events that involve conformational rearrangements.
履歴
登録2009年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月20日-
マップ公開2010年3月30日-
更新2011年9月23日-
現状2011年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5115_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈West Nile virus in complex with a single-chain antibody derivative of the neutralizing monoclonal antibody E16.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 830.76 Å		2.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 830.76 Å		2.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 830.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.967 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-1.14105 - 4.20053
平均 (標準偏差)0.00000000567642 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-140-140-140
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 830.76 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.9672.9672.967
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z830.760830.760830.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-140-140-140
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-1.1414.2010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivat...

全体名称: West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivative of neutralizing monoclonal antibody E16
要素
  • 試料: West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivative of neutralizing monoclonal antibody E16
  • ウイルス: West Nile Virus NY99
  • タンパク質・ペプチド: E16 scFv derivative

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超分子 #1000: West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivat...

超分子名称: West Nile virus NY99 complexed with single-chain antibody derivative of neutralizing monoclonal antibody E16
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: T1 icosahedron with three E monomers and two scFv molecules per asymmetric unit
Number unique components: 2
分子量理論値: 20 MDa

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超分子 #1: West Nile Virus NY99

超分子名称: West Nile Virus NY99 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: West Nile Virus
詳細: the virus is complexed with a single-chain antibody derivative of the neutralizing antibody E16 (120 scFv molecules per virion)
生物種: West Nile Virus NY99 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: West Nile Virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 17. MDa

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分子 #1: E16 scFv derivative

分子名称: E16 scFv derivative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: single-chain antibody derivative of neutralizing antibody E16
詳細: single-chain antibody derivative of the neutralizing antibody E16 complexed with West Nile virus (120 scFv molecules per virion)
コピー数: 120 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 25 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1. mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezeing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT at 200K mag
詳細low dose imaging
日付2007年7月24日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 53 / 平均電子線量: 17.22 e/Å2 / 詳細: scanned images binned 2x2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.74 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.35 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: -0

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画像解析

詳細The particles were selected interactively at the computer terminal.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFTSEARCH, PO2R, P3DR / 使用した粒子像数: 783

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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