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万見
- EMDB-51141: Focused map 'CIV-D' from the alphaproteobacterial respiratory sup... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51141
タイトルFocused map 'CIV-D' from the alphaproteobacterial respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2
マップデータThis postprocessed .mrc file has been trimmed to a smaller box size of 375 pixels) from the larger box of 600 pixels (i.e., original map which is obtained from 3D-refinement). This is a focused map.
試料
  • 複合体: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
    • 複合体: Transmembrane anchored cytochrome c (c552)
キーワードSupercomplex / multi-subunit membrane protein complex / electron transport chain / native purification / ELECTRON TRANSPORT
生物種Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Yaikhomba M / Hirst J / Croll TI / Spikes TE / Agip ANA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 and MC_UU_00028/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Entire structure of ancestral alphaproteobacterial complex I reveals the mechanism to prevent deactivation
著者: Yaikhomba M / Hirst J / Croll TI / Spikes TE
履歴
登録2024年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 201.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This postprocessed .mrc file has been trimmed to a smaller box size of 375 pixels) from the larger box of 600 pixels (i.e., original map which is obtained from 3D-refinement). This is a focused map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å		1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å		1.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 393. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.042
最小 - 最大-0.11925302 - 0.19494961
平均 (標準偏差)-0.0005457514 (±0.0036117572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ375375375
Spacing375375375
セルA=B=C: 393.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51141_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_51141_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the 2 half maps obtained from...

ファイルemd_51141_half_map_1.map
注釈One of the 2 half maps obtained from the 3D refinement procedure. The pixel size (1.07) here is the nominal one. The box size of this half map, 600 pixels, is not trimmed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the 2 half maps obtained from...

ファイルemd_51141_half_map_2.map
注釈One of the 2 half maps obtained from the 3D refinement procedure. The pixel size (1.07) here is the nominal one. The box size of this half map, 600 pixels, is not trimmed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium

全体名称: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
要素
  • 複合体: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
    • 複合体: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
    • 複合体: Transmembrane anchored cytochrome c (c552)

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超分子 #1: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium

超分子名称: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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超分子 #2: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxido...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#18, #30
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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超分子 #3: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochro...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#23
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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超分子 #4: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase...

超分子名称: Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #24-#27
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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超分子 #5: Transmembrane anchored cytochrome c (c552)

超分子名称: Transmembrane anchored cytochrome c (c552) / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #28-#29
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99946
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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