+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CLC7/OSTM1 complex with bound PIP2 lipid | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Lysosomal transporter / pH Regulation / Membrane Complex / Transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transepithelial chloride transport / chloride:proton antiporter activity / response to pH / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride channel complex / osteoclast differentiation / Stimuli-sensing channels / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle ...transepithelial chloride transport / chloride:proton antiporter activity / response to pH / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride channel complex / osteoclast differentiation / Stimuli-sensing channels / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
![]() | Lin Y / Deme JC / Lea SM / Newstead S | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of phosphoinositide regulation of lysosomal pH via inhibition of CLC7 著者: Hilton J / Lin Y / Sefah E / Deme JC / Parker J / Langton MJ / Grabe M / Lea S / Newstead S / Mindell JA | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 257.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 182.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 512 MB 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 483.9 MB 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 833.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 833.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.693 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_51097_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_51097_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_51097_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Hetero-tetrameric Complex of WTCLC7/OSTM1 with PIP2 Bound
全体 | 名称: Hetero-tetrameric Complex of WTCLC7/OSTM1 with PIP2 Bound |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Hetero-tetrameric Complex of WTCLC7/OSTM1 with PIP2 Bound
超分子 | 名称: Hetero-tetrameric Complex of WTCLC7/OSTM1 with PIP2 Bound タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7
分子 | 名称: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 88.773875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MANVSKKVSW SGRDRDDEEA APLLRRTARP GGGTPLLNGA GPGAARQSPR SALFRVGHMS SVELDDELLD PDMDPPHPFP KEIPHNEKL LSLKYESLDY DNSENQLFLE EERRINHTAF RTVEIKRWVI CALIGILTGL VACFIDIVVE NLAGLKYRVI K GNIDKFTE ...文字列: MANVSKKVSW SGRDRDDEEA APLLRRTARP GGGTPLLNGA GPGAARQSPR SALFRVGHMS SVELDDELLD PDMDPPHPFP KEIPHNEKL LSLKYESLDY DNSENQLFLE EERRINHTAF RTVEIKRWVI CALIGILTGL VACFIDIVVE NLAGLKYRVI K GNIDKFTE KGGLSFSLLL WATLNAAFVL VGSVIVAFIE PVAAGSGIPQ IKCFLNGVKI PHVVRLKTLV IKVSGVILSV VG GLAVGKE GPMIHSGSVI AAGISQGRST SLKRDFKIFE YFRRDTEKRD FVSAGAAAGV SAAFGAPVGG VLFSLEEGAS FWN QFLTWR IFFASMISTF TLNFVLSIYH GNMWDLSSPG LINFGRFDSE KMAYTIHEIP VFIAMGVVGG VLGAVFNALN YWLT MFRIR YIHRPCLQVI EAVLVAAVTA TVAFVLIYSS RDCQPLQGGS MSYPLQLFCA DGEYNSMAAA FFNTPEKSVV SLFHD PPGS YNPLTLGLFT LVYFFLACWT YGLTVSAGVF IPSLLIGAAW GRLFGISLSY LTGAAIWADP GKYALMGAAA QLGGIV RMT LSLTVIMMEA TSNVTYGFPI MLVLMTAKIV GDVFIEGLYD MHIQLQSVPF LHWEAPVTSH SLTAREVMST PVTCLRR RE KVGVIVDVLS DTASNHNGFP VVEHADDTQP ARLQGLILRS QLIVLLKHKV FVERSNLGLV QRRLRLKDFR DAYPRFPP I QSIHVSQDER ECTMDLSEFM NPSPYTVPQE ASLPRVFKLF RALGLRHLVV VDNRNQVVGL VTRKDLARYR LGKRGLEEL SLAQT UniProtKB: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7 |
-分子 #2: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1
分子 | 名称: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.29057 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEPGPTAAQR RCSLPPWLPL GLLLWSGLAL GALPFGSSPH RVFHDLLSEQ QLLEVEDLSL SLLQGGGLGP LSLPPDLPDL DPECRELLL DFANSSAELT GCLVRSARPV RLCQTCYPLF QQVVSKMDNI SRAAGNTSES QSCARSLLMA DRMQIVVILS E FFNTTWQE ...文字列: MEPGPTAAQR RCSLPPWLPL GLLLWSGLAL GALPFGSSPH RVFHDLLSEQ QLLEVEDLSL SLLQGGGLGP LSLPPDLPDL DPECRELLL DFANSSAELT GCLVRSARPV RLCQTCYPLF QQVVSKMDNI SRAAGNTSES QSCARSLLMA DRMQIVVILS E FFNTTWQE ANCANCLTNN SEELSNSTVY FLNLFNHTLT CFEHNLQGNA HSLLQTKNYS EVCKNCREAY KTLSSLYSEM QK MNELENK AEPGTHLCID VEDAMNITRK LWSRTFNCSV PCSDTVPVIA VSVFILFLPV VFYLSSFLHS EQKKRKLILP KRL KSSTSF ANIQENSN UniProtKB: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: CL |
---|---|
分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #6: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1S,2R,3S,4R,5R,6R)-2,4,5-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1S,2R,3S,4R,5R,6R)-2,4,5-tris(oxidanyl)-3,6-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: A1IIT |
---|---|
分子量 | 理論値: 746.566 Da |
-分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: Y01 |
---|---|
分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 376 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 55.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |