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万見
- EMDB-51036: CryoEM structure of the proton-dependent antibacterial peptide tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51036
タイトルCryoEM structure of the proton-dependent antibacterial peptide transporter SbmA in complex with FabS11-1 in lipid nanodiscs at pH 5.5, inward-open state
マップデータ
試料
  • 複合体: A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1
    • 複合体: SbmA dimer
      • タンパク質・ペプチド: Peptide antibiotic transporter SbmA
    • 複合体: Single FabS11-1
      • タンパク質・ペプチド: 11-1 FabH
      • タンパク質・ペプチド: 11-1 FabL
キーワードSLiPT / antimicrobial peptide / microcin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein transport / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SbmA/BacA-like / SbmA/BacA-like family / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide antibiotic transporter SbmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Ghilarov D / Beis K
資金援助 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust221868/Z/20/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/H01778X/1 英国
European Regional Development FundTEAM/2016-3/23European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and mechanism of SLiPT transporters
著者: Ettema TW / Thangaratnarajah C / Inaba-Inoue S
履歴
登録2024年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.33395052 - 0.5884555
平均 (標準偏差)0.00020215512 (±0.012162688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51036_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51036_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1

全体名称: A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1
要素
  • 複合体: A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1
    • 複合体: SbmA dimer
      • タンパク質・ペプチド: Peptide antibiotic transporter SbmA
    • 複合体: Single FabS11-1
      • タンパク質・ペプチド: 11-1 FabH
      • タンパク質・ペプチド: 11-1 FabL

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超分子 #1: A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1

超分子名称: A dimer of SbmA bound to a single FabS11-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: SbmA dimer

超分子名称: SbmA dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Single FabS11-1

超分子名称: Single FabS11-1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 11-1 FabH

分子名称: 11-1 FabH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.932156 KDa
配列文字列: LKLLDSGAEL VKPGASVKLS CTASGFNIKD TYMYWVKQRP DQGLEWIGRI DPANGNSKYD PKFQGKATIT ADTSSNTAYL QVSSLTSED TAVYYCARWL VRGRRGTMDY WGQGTSVTVS SAKTTAPSVY PLAPVCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPEPVTL T WNSGSLSS ...文字列:
LKLLDSGAEL VKPGASVKLS CTASGFNIKD TYMYWVKQRP DQGLEWIGRI DPANGNSKYD PKFQGKATIT ADTSSNTAYL QVSSLTSED TAVYYCARWL VRGRRGTMDY WGQGTSVTVS SAKTTAPSVY PLAPVCGDTT GSSVTLGCLV KGYFPEPVTL T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVTSSTWPSQ SITCNVAHPA SSTKVDKKIE PRGPTIKPCP PCKCP

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分子 #2: 11-1 FabL

分子名称: 11-1 FabL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.318711 KDa
配列文字列: DIVMTQSPAI LSASPGEKVT MTCRASSSVS YMHWYQQKPG SSPKPWIYAT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WSSNPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
DIVMTQSPAI LSASPGEKVT MTCRASSSVS YMHWYQQKPG SSPKPWIYAT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WSSNPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #3: Peptide antibiotic transporter SbmA

分子名称: Peptide antibiotic transporter SbmA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655
分子量理論値: 46.496039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFKSFFPKPG TFFLSAFVWA LIAVIFWQAG GGDWVARITG ASGQIPISAA RFWSLDFLIF YAYYIVCVGL FALFWFIYSP HRWQYWSIL GTALIIFVTW FLVEVGVAVN AWYAPFYDLI QTALSSPHKV TIEQFYREVG VFLGIALIAV VISVLNNFFV S HYVFRWRT ...文字列:
MFKSFFPKPG TFFLSAFVWA LIAVIFWQAG GGDWVARITG ASGQIPISAA RFWSLDFLIF YAYYIVCVGL FALFWFIYSP HRWQYWSIL GTALIIFVTW FLVEVGVAVN AWYAPFYDLI QTALSSPHKV TIEQFYREVG VFLGIALIAV VISVLNNFFV S HYVFRWRT AMNEYYMANW QQLRHIEGAA QRVQEDTMRF ASTLENMGVS FINAIMTLIA FLPVLVTLSA HVPELPIIGH IP YGLVIAA IVWSLMGTGL LAVVGIKLPG LEFKNQRVEA AYRKELVYGE DDATRATPPT VRELFSAVRK NYFRLYFHYM YFN IARILY LQVDNVFGLF LLFPSIVAGT ITLGLMTQIT NVFGQVRGAF QYLINSWTTL VELMSIYKRL RSFEHELDGD KIQE VTHTL S

UniProtKB: Peptide antibiotic transporter SbmA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 5.5 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: MES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.39 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 56582
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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