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- EMDB-50998: Cryo-EM structure of SbmA in the inward-facing-occluded conformat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50998
タイトルCryo-EM structure of SbmA in the inward-facing-occluded conformation in lipid nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Peptide antibiotic transporter SbmA
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
キーワードPeptide antibiotic transporter SbmA / Peptide uptake permease (PUP) family / transmembrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein transport / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SbmA/BacA-like / SbmA/BacA-like family / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide antibiotic transporter SbmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Thangaratnarajah C / Ettema TW / Slotboom DJ
資金援助 オランダ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)714.018.003 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.003.019 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
European Union (EU)847675European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the SbmA in the inward-facing closed conformation in lipid nanodiscs
著者: Thangaratnarajah C / Ettema TW / Slotboom DJ
履歴
登録2024年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.632 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.632 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.632 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.022 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-5.4136124 - 8.989001999999999
平均 (標準偏差)-0.00036203055 (±0.14407998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 261.632 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50998_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_50998_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 used during refinement and FSC...

ファイルemd_50998_half_map_1.map
注釈Half map 2 used during refinement and FSC gold-standard resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 used during refinement and FSC...

ファイルemd_50998_half_map_2.map
注釈Half map 1 used during refinement and FSC gold-standard resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs

全体名称: Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs
要素
  • 複合体: Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Peptide antibiotic transporter SbmA
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE

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超分子 #1: Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs

超分子名称: Peptide antibiotic transporter SbmA in lipid nanodiscs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Peptide antibiotic transporter SbmA

分子名称: Peptide antibiotic transporter SbmA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Protomer A / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 48.919664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: MSFKSFFPKP GTFFLSAFVW ALIAVIFWQA GGGDWVARIT GASGQIPISA ARFWSLDFLI FYAYYIVCVG LFALFWFIYS PHRWQYWSI LGTALIIFVT WFLVEVGVAV NAWYAPFYDL IQTALSSPHK VTIEQFYREV GVFLGIALIA VVISVLNNFF V SHYVFRWR ...文字列:
MSFKSFFPKP GTFFLSAFVW ALIAVIFWQA GGGDWVARIT GASGQIPISA ARFWSLDFLI FYAYYIVCVG LFALFWFIYS PHRWQYWSI LGTALIIFVT WFLVEVGVAV NAWYAPFYDL IQTALSSPHK VTIEQFYREV GVFLGIALIA VVISVLNNFF V SHYVFRWR TAMNEYYMAN WQQLRHIEGA AQRVQEDTMR FASTLENMGV SFINAIMTLI AFLPVLVTLS AHVPELPIIG HI PYGLVIA AIVWSLMGTG LLAVVGIKLP GLEFKNQRVE AAYRKELVYG EDDATRATPP TVRELFSAVR KNYFRLYFHY MYF NIARIL YLQVDNVFGL FLLFPSIVAG TITLGLMTQI TNVFGQVRGA FQYLINSWTT LVELMSIYKR LRSFEHELDG DKIQ EVTHT LSALEVLFQG PHHHHHHHHH H

UniProtKB: Peptide antibiotic transporter SbmA

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分子 #2: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.7 mg/mL
緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 20 mM MES, pH 5.5, 120 mM NaCl, 0.05 % (w/v) DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1933 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 48924 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 804212
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated by the stochastic gradient decent (SGD) method.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 146295
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9g3g:
Cryo-EM structure of SbmA in the inward-facing-occluded conformation in lipid nanodiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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