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- EMDB-50968: snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50968
タイトルsnR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3
マップデータsnR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - local resolution filtered
試料
  • 複合体: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
キーワード90S / pre-ribosome / snoRNA / snR30 / snoRNP / ribosome biogenesis / H/ACA / 18S rRNA / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding ...snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / chromosome, centromeric region / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / microtubule / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / translation / cell division / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRR1 interacting protein 1 / Kri1-like, C-terminal / KRI1-like family / KRI1-like family C-terminal / UTP23 sensor motif / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like ...KRR1 interacting protein 1 / Kri1-like, C-terminal / KRI1-like family / KRI1-like family C-terminal / UTP23 sensor motif / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / PUA domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / PUA-like superfamily / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / KRR1 small subunit processome component / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / Protein KRI1 / rRNA-processing protein UTP23 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Thoms M / Berninghausen O / Beckmann R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: H/ACA snR30 snoRNP guides independent 18S rRNA subdomain formation.
著者: Paulina Fischer / Matthias Thoms / Benjamin Lau / Timo Denk / Maria Kuvshinova / Otto Berninghausen / Dirk Flemming / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome biogenesis follows a cascade of pre-rRNA folding and processing steps, coordinated with ribosomal protein incorporation. Nucleolar 90S pre-ribosomes are well-described stable intermediates, ...Ribosome biogenesis follows a cascade of pre-rRNA folding and processing steps, coordinated with ribosomal protein incorporation. Nucleolar 90S pre-ribosomes are well-described stable intermediates, composed of pre-18S rRNA, ribosomal S-proteins, U3 snoRNA, and ~70 assembly factors. However, how numerous snoRNAs control pre-rRNA modification and folding during early maturation events remains unclear. We identify snR30 (human U17), the only essential H/ACA snoRNA in yeast, which binds with Cbf5-Gar1-Nop10-Nhp2 to a pre-18S rRNA subdomain containing platform helices and ES6 of the 40S central domain. Integration into the 90S is blocked by RNA hybridization with snR30. The snoRNP complex coordinates the recruitment of early assembly factors Krr1-Utp23-Kri1 and ribosomal proteins uS11-uS15, enabling isolated subdomain assembly. Krr1-dependent release of snR30 culminates in integration of the platform into the 90S. Our study reveals the essential role of snR30 in chaperoning central domain formation as a discrete assembly unit externalized from the pre-ribosomal core.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Adams PD
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_50968.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - local resolution filtered
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
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x 320 pix.
= 334.4 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
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x 320 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
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表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.9878992 - 3.371605
平均 (標準偏差)0.0036462757 (±0.061085004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 334.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - sharpened

ファイルemd_50968_additional_1.map
注釈snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - sharpened
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軸ZYX

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追加マップ: snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3

ファイルemd_50968_additional_2.map
注釈snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - half map A

ファイルemd_50968_half_map_1.map
注釈snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - half map B

ファイルemd_50968_half_map_2.map
注釈snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3

全体名称: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3
要素
  • 複合体: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3
    • RNA: RDN18-1
    • RNA: snR30
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2
    • タンパク質・ペプチド: KRR1 small subunit processome component
    • タンパク質・ペプチド: Protein KRI1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14-A
    • タンパク質・ペプチド: rRNA-processing protein UTP23

+
超分子 #1: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3

超分子名称: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: RDN18-1

分子名称: RDN18-1 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 579.761938 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA AUACAUGCUU AAAAUCUCGA CCCUUUGGAA GAGAUGUAUU UAUUAGAUAA AAAAUCAAUG UCUUCGGACU CU UUGAUGA UUCAUAAUAA CUUUUCGAAU CGCAUGGCCU UGUGCUGGCG AUGGUUCAUU CAAAUUUCUG CCCUAUCAAC UUU CGAUGG UAGGAUAGUG GCCUACCAUG GUUUCAACGG GUAACGGGGA AUAAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAA ACGGC UACCACAUCC AAGGAAGGCA GCAGGCGCGC AAAUUACCCA AUCCUAAUUC AGGGAGGUAG UGACAAUAAA UAACG AUAC AGGGCCCAUU CGGGUCUUGU AAUUGGAAUG AGUACAAUGU AAAUACCUUA ACGAGGAACA AUUGGAGGGC AAGUCU GGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU AGCGUAUAUU AAAGUUGUUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GAACUUU GG GCCCGGUUGG CCGGUCCGAU UUUUUCGUGU ACUGGAUUUC CAACGGGGCC UUUCCUUCUG GCUAACCUUG AGUCCUUG U GGCUCUUGGC GAACCAGGAC UUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUGUUCAAA GCAGGCGUAU UGCUCGAAUA UAUUAGCAU GGAAUAAUAG AAUAGGACGU UUGGUUCUAU UUUGUUGGUU UCUAGGACCA UCGUAAUGAU UAAUAGGGAC GGUCGGGGGC AUCAGUAUU CAAUUGUCAG AGGUGAAAUU CUUGGAUUUA UUGAAGACUA ACUACUGCGA AAGCAUUUGC CAAGGACGUU U UCAUUAAU CAAGAACGAA AGUUAGGGGA UCGAAGAUGA UCAGAUACCG UCGUAGUCUU AACCAUAAAC UAUGCCGACU AG GGAUCGG GUGGUGUUUU UUUAAUGACC CACUCGGCAC CUUACGAGAA AUCAAAGUCU UUGGGUUCUG GGGGGAGUAU GGU CGCAAG GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGA GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGG GAAAC UCACCAGGUC CAGACACAAU AAGGAUUGAC AGAUUGAGAG CUCUUUCUUG AUUUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCC GUUC UUAGUUGGUG GAGUGAUUUG UCUGCUUAAU UGCGAUAACG AACGAGACCU UAACCUACUA AAUAGUGGUG CUAGCA UUU GCUGGUUAUC CACUUCUUAG AGGGACUAUC GGUUUCAAGC CGAUGGAAGU UUGAGGCAAU AACAGGUCUG UGAUGCC CU UAGACGUUCU GGGCCGCACG CGCGCUACAC UGACGGAGCC AGCGAGUCUA ACCUUGGCCG AGAGGUCUUG GUAAUCUU G UGAAACUCCG UCGUGCUGGG GAUAGAGCAU UGUAAUUAUU GCUCUUCAAC GAGGAAUUCC UAGUAAGCGC AAGUCAUCA GCUUGCGUUG AUUACGUCCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUAGU ACCGAUUGAA UGGCUUAGUG AGGCCUCAGG AUCUGCUUA GAGAAGGGGG CAACUCCAUC UCAGAGCGGA GAAUUUGGAC AAACUUGGUC AUUUAGAGGA ACUAAAAGUC G UAACAAGG UUUCCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UA

GENBANK: GENBANK: CP011558.1

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分子 #2: snR30

分子名称: snR30 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 195.416969 KDa
配列文字列: AACCAUAGUC UCGUGCUAGU UCGGUACUAU ACAGGGAAGG GAAGUCACUC GCAUACGUGU GUGUGCAUUU CUUGCUAUUG CUGCUUAGC UUCUCUAAAA CACUGGGCUA GCGUUUUUCA ACGCUCGAGA GGCAGAGUCU CAAGGAGCCU CCAAUGGGCC U CACGUAUU ...文字列:
AACCAUAGUC UCGUGCUAGU UCGGUACUAU ACAGGGAAGG GAAGUCACUC GCAUACGUGU GUGUGCAUUU CUUGCUAUUG CUGCUUAGC UUCUCUAAAA CACUGGGCUA GCGUUUUUCA ACGCUCGAGA GGCAGAGUCU CAAGGAGCCU CCAAUGGGCC U CACGUAUU CAUCUAGAUG GCGCUUCGGA CAACGGCAUC ACAUAAGAGA UGCAGCUCCU GACUUCUCCU CUGAUCUUCG UG AUCAGAG UUUUGAGUCG UCAGACUACG AGCAGUUUCU CUUAGUCGUU GCAUCGGGUG CUGUUGCCUU AACGAUGUGU AUA UGGGGU UCGGGGGCUG UUGCCAUGAU AUAUAUGGAU GAGACAGAAG UGGCCCCGUU GACGAGUUUA ACUUAGAUUA AGUA GGACG CAUGAUCUUG AGCUCUUUUC CUAUACUUUG UCCUAUGGCC AGCUUUCUCC UUAUUACGAA GAGAUUGCGG GAUGU GGGU GCAGAGUGGG AAAAUCUGAG UUCGGUCAUC UUUGUUGUUC GUCCUACCGC AGUAUAUUCC UAAACACUAU GAAAUG ACC CUAGUUGGUC CAUGAUCAUU UGGGUAAAAC CAUACUGCAG ACAUCU

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分子 #3: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.804965 KDa
配列文字列: MSKEDFVIKP EAAGASTDTS EWPLLLKNFD KLLVRSGHYT PIPAGSSPLK RDLKSYISSG VINLDKPSNP SSHEVVAWIK RILRCEKTG HSGTLDPKVT GCLIVCIDRA TRLVKSQQGA GKEYVCIVRL HDALKDEKDL GRSLENLTGA LFQRPPLISA V KRQLRVRT ...文字列:
MSKEDFVIKP EAAGASTDTS EWPLLLKNFD KLLVRSGHYT PIPAGSSPLK RDLKSYISSG VINLDKPSNP SSHEVVAWIK RILRCEKTG HSGTLDPKVT GCLIVCIDRA TRLVKSQQGA GKEYVCIVRL HDALKDEKDL GRSLENLTGA LFQRPPLISA V KRQLRVRT IYESNLIEFD NKRNLGVFWA SCEAGTYMRT LCVHLGMLLG VGGHMQELRR VRSGALSEND NMVTLHDVMD AQ WVYDNTR DESYLRSIIQ PLETLLVGYK RIVVKDSAVN AVCYGAKLMI PGLLRYEEGI ELYDEIVLIT TKGEAIAVAI AQM STVDLA SCDHGVVASV KRCIMERDLY PRRWGLGPVA QKKKQMKADG KLDKYGRVNE NTPEQWKKEY VPLDNAEQST SSSQ ETKET EEEPKKAKED SLIKEVETEK EEVKEDDSKK EKKEKKDKKE KKEKKEKKDK KEKKEKKEKK RKSEDGDSEE KKSKK SKK

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5

+
分子 #4: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.649745 KDa
配列文字列:
MHLMYTLGPD GKRIYTLKKV TESGEITKSA HPARFSPDDK YSRQRVTLKK RFGLVPGQ

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10

+
分子 #5: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.520441 KDa
配列文字列: MSFRGGNRGG RGGFRGGFRG GRTGSARSFQ QGPPDTVLEM GAFLHPCEGD IVCRSINTKI PYFNAPIYLE NKTQVGKVDE ILGPLNEVF FTIKCGDGVQ ATSFKEGDKF YIAADKLLPI ERFLPKPKVV GPPKPKNKKK RSGAPGGRGG ASMGRGGSRG G FRGGRGGS ...文字列:
MSFRGGNRGG RGGFRGGFRG GRTGSARSFQ QGPPDTVLEM GAFLHPCEGD IVCRSINTKI PYFNAPIYLE NKTQVGKVDE ILGPLNEVF FTIKCGDGVQ ATSFKEGDKF YIAADKLLPI ERFLPKPKVV GPPKPKNKKK RSGAPGGRGG ASMGRGGSRG G FRGGRGGS SFRGGRGGSS FRGGSRGGSF RGGSRGGSRG GFRGGRR

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1

+
分子 #6: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.158062 KDa
配列文字列:
MGKDNKEHKE SKESKTVDNY EARMPAVLPF AKPLASKKLN KKVLKTVKKA SKAKNVKRGV KEVVKALRKG EKGLVVIAGD ISPADVISH IPVLCEDHSV PYIFIPSKQD LGAAGATKRP TSVVFIVPGS NKKKDGKNKE EEYKESFNEV VKEVQAL

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2

+
分子 #7: KRR1 small subunit processome component

分子名称: KRR1 small subunit processome component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.226254 KDa
配列文字列: MVSTHNRDKP WDTDDIDKWK IEEFKEEDNA SGQPFAEESS FMTLFPKYRE SYLKTIWNDV TRALDKHNIA CVLDLVEGSM TVKTTRKTY DPAIILKARD LIKLLARSVP FPQAVKILQD DMACDVIKIG NFVTNKERFV KRRQRLVGPN GNTLKALELL T KCYILVQG ...文字列:
MVSTHNRDKP WDTDDIDKWK IEEFKEEDNA SGQPFAEESS FMTLFPKYRE SYLKTIWNDV TRALDKHNIA CVLDLVEGSM TVKTTRKTY DPAIILKARD LIKLLARSVP FPQAVKILQD DMACDVIKIG NFVTNKERFV KRRQRLVGPN GNTLKALELL T KCYILVQG NTVSAMGPFK GLKEVRRVVE DCMKNIHPIY HIKELMIKRE LAKRPELANE DWSRFLPMFK KRNVARKKPK KI RNVEKKV YTPFPPAQLP RKVDLEIESG EYFLSKREKQ MKKLNEQKEK QMEREIERQE ERAKDFIAPE EEAYKPNQN

UniProtKB: KRR1 small subunit processome component

+
分子 #8: Protein KRI1

分子名称: Protein KRI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.778961 KDa
配列文字列: MPRKKSAAKR AREQAKKEAA VPATDTATIK TSETSATTVK PAIEASKSYV PSEDEEEDEE EEEEEDDYGE LITDEVENGI NQVLDAIKN NKTDKLLDPK VKFFEDPESA AAKLANREGK HKPIYLKDYH RMNILSGDAL KEDDEEYEHA TVDGKQSFVS Q QREEKTQL ...文字列:
MPRKKSAAKR AREQAKKEAA VPATDTATIK TSETSATTVK PAIEASKSYV PSEDEEEDEE EEEEEDDYGE LITDEVENGI NQVLDAIKN NKTDKLLDPK VKFFEDPESA AAKLANREGK HKPIYLKDYH RMNILSGDAL KEDDEEYEHA TVDGKQSFVS Q QREEKTQL LNEIKSAFSD EENEESSGDE DDGFLKKKEP STKKEGKNLP DPTVNEENFL EEFVNQQAWI PKKGDKVISL DL NNNEEDD EEFEDAAEKF ENAYNFRYED PNAAEIISYA RSQATLRRSD DSSRRRKREE KRKIKEQIKA EKETALQKKK TKK LNKLTD ILEQLTKEYG AEINADMVKK ITDTLLKNDF KEEEWDNVVA ELFNEEFYQQ EGKPTWNEDD EIMGDFYADA DGDD QTEEG EVEKEQKEED EEEGPKRKKS KKEEKLQKKK EKRKVNELVE NALEQNKLAL IEEVEKEEEE RKSRSRTKEE QDLKF RYRE VSPESFGLTA REIFAADDTD LNEFIGLKKF APYRSKELRA KDKRKVMKAR RLREWRKKTF KNENGLAPVE AEAGEK DED TILIPVEKAS KSKHKRGHSH KHKGHQKK

UniProtKB: Protein KRI1

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.059945 KDa
配列文字列:
MGRMHSAGKG ISSSAIPYSR NAPAWFKLSS ESVIEQIVKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQARVITGNK IMRILKSNGL APEIPEDLY YLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVAVLPPNW KYESATASAL VN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S14-A

分子名称: 40S ribosomal protein S14-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.562655 KDa
配列文字列:
MSNVVQARDN SQVFGVARIY ASFNDTFVHV TDLSGKETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH VKIRATGGT RTKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11A

+
分子 #11: rRNA-processing protein UTP23

分子名称: rRNA-processing protein UTP23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.859338 KDa
配列文字列: MRQKRAKSYR KQLLVYSHTF KFREPYQVLV DNQLVLECNN SNFNLPSGLK RTLQADVKVM ITQCCIQALY ETRNDGAINL AKQFERRRC NHSFKDPKSP AECIESVVNI SGANKHRYVV ASQDIDLRRK LRTVPGVPLI HLTRSVMVME PLSTASAKAS K ITEEQKLY ...文字列:
MRQKRAKSYR KQLLVYSHTF KFREPYQVLV DNQLVLECNN SNFNLPSGLK RTLQADVKVM ITQCCIQALY ETRNDGAINL AKQFERRRC NHSFKDPKSP AECIESVVNI SGANKHRYVV ASQDIDLRRK LRTVPGVPLI HLTRSVMVME PLSTASAKAS K ITEEQKLY KGLNDPNIEK LQESGDGSGK ESITKKRKLG PKAPNPLSVK KKKKVNSPSD EVKDKEDTSK EKKKRRRRKH KS NTNVPVS NGTTAAQ

UniProtKB: rRNA-processing protein UTP23

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 46.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67293
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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