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- EMDB-50932: CryoEM structure of PmcTnsC-dsDNA-AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50932
タイトルCryoEM structure of PmcTnsC-dsDNA-AMPPNP
マップデータ
試料
  • 複合体: TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: AAA+ ATPase domain-containing protein
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードAAA+ ATPase / CRISPR / Tn7-like transposon / CAST / transposase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性: / AAA domain / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Finocchio G / Chanez C / Querques I / Speichert KJ / Jinek M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis of TnsC oligomerization and transposase recruitment in type I-B CRISPR-associated transposons.
著者: Giada Finocchio / Irma Querques / Christelle Chanez / Katarzyna J Speichert / Martin Jinek /
要旨: CRISPR-associated transposon (CAST) systems employ CRISPR-Cas systems as RNA-directed targeting modules for site-specific transposon DNA insertion. Among them, type I CASTs rely on the coordinated ...CRISPR-associated transposon (CAST) systems employ CRISPR-Cas systems as RNA-directed targeting modules for site-specific transposon DNA insertion. Among them, type I CASTs rely on the coordinated action of the guide RNA-bound Cascade complex and the transposon proteins TniQ, TnsC, and TnsAB. The interaction between the transposase TnsAB and the ATPase TnsC is crucial for transposition activity, yet the underlying molecular details have remained elusive. Here, we investigate the type I-B CAST system from Peltigera membranacea cyanobiont. Cryo-electron microscopic structures of TnsC and its complex with the C-terminal region of TnsAB reveal that TnsC forms a heptameric ring that recruits TnsAB by interacting with its C-terminal tail. In vitro binding assays indicate that TnsAB exclusively interacts with the TnsC heptamer without inducing its disassembly, in contrast to type V-K CAST systems. Mutational analysis of key structural features corroborates the significance of TnsC multimerization and TnsB interaction for transposon activity in vivo. Altogether, these findings offer detailed structural and functional insights into the molecular mechanism of type I-B CAST, with the aim of facilitating their development as genome engineering tools.
履歴
登録2024年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50932.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 312. Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 312. Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0338
最小 - 最大-0.085614 - 0.22083068
平均 (標準偏差)0.00021412643 (±0.0074314997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50932_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50932_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP

全体名称: TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP
要素
  • 複合体: TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: AAA+ ATPase domain-containing protein
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP

超分子名称: TnsC heptameric ring bound to a dsDNA and AMPPNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)

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分子 #1: AAA+ ATPase domain-containing protein

分子名称: AAA+ ATPase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
分子量理論値: 43.794191 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMTKSTGF PLELLTRPAT ERLAYFENYT VAHPRLKEVY EILMRTIAEP AGASFIFVYG ASGVGKTTLR LRVEQKLTEL ALPKLESDR ARVPVVGIEA IAPESRYFNW KEYYTRALIT LEEPLIDHKF DYGVRGISRD NFGKINVESK VVAPALRRAL E NALIHRHP ...文字列:
SNAMTKSTGF PLELLTRPAT ERLAYFENYT VAHPRLKEVY EILMRTIAEP AGASFIFVYG ASGVGKTTLR LRVEQKLTEL ALPKLESDR ARVPVVGIEA IAPESRYFNW KEYYTRALIT LEEPLIDHKF DYGVRGISRD NFGKINVESK VVAPALRRAL E NALIHRHP DVFFVDEAQH FGKVASGYKL QDQLDCLKSL ANMTGILHCL LGTYELLTFR NLSGQLSRRS VDIHFRRYCA DS PEDVQAF KSVLLTFQQH LPLAETPNLV DHWEYFYERT LGCIGTLKDW LKRVLSDALD REATTITLKD LQKRALSVAQ CQK MFKEIQ EGERQLSETE ADVQNLRSAL GLGAKPIVLP EETPKTTRPP GKVGKRKPKR DPIGVQQDVS

UniProtKB: ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein

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分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.898191 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)

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分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.898191 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.172 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Model generated with AlphaFold2 ColabFold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18357
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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