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- EMDB-50861: Cryo-EM structure of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50861
タイトルCryo-EM structure of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1
マップデータMap of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1 (sharpened)
試料
  • 複合体: FimDHGFAnC complex
    • タンパク質・ペプチド: Chaperone protein FimC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane usher protein FimD
    • タンパク質・ペプチド: Protein FimF
    • タンパク質・ペプチド: Protein FimG
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
キーワードchaperone / usher / pilus / tip / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / : ...fimbrial usher porin activity / pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / : / protein folding chaperone / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. ...Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein FimF / Protein FimG / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Outer membrane usher protein FimD / Chaperone protein FimC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bachmann P / Afanasyev P / Boehringer D / Glockshuber R
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_201234 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1
著者: Bachmann P / Afanasyev P / Boehringer D / Glockshuber R
履歴
登録2024年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50861.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50861.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1 (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.776 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.776 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.776 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-2.2412355 - 2.9625201
平均 (標準偏差)-0.00042229975 (±0.04322722)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 331.776 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip...

ファイルemd_50861_additional_1.map
注釈Map of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1 (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A of the type 1 chaperone-usher pilus...

ファイルemd_50861_half_map_1.map
注釈Half-map A of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of the type 1 chaperone-usher pilus...

ファイルemd_50861_half_map_2.map
注釈Half-map B of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FimDHGFAnC complex

全体名称: FimDHGFAnC complex
要素
  • 複合体: FimDHGFAnC complex
    • タンパク質・ペプチド: Chaperone protein FimC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane usher protein FimD
    • タンパク質・ペプチド: Protein FimF
    • タンパク質・ペプチド: Protein FimG
    • タンパク質・ペプチド: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

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超分子 #1: FimDHGFAnC complex

超分子名称: FimDHGFAnC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Chaperone protein FimC

分子名称: Chaperone protein FimC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.885229 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGVALGATRV IYPAGQKQEQ LAVTNNDENS TYLIQSWVEN ADGVKDGRFI VTPPLFAMKG KKENTLRILD ATNNQLPQDR ESLFWMNVK AIPSMDKSKL TENTLQLAII SRIKLYYRPA KLALPPDQAA EKLRFRRSAN SLTLINPTPY YLTVTELNAG T RVLENALV ...文字列:
MGVALGATRV IYPAGQKQEQ LAVTNNDENS TYLIQSWVEN ADGVKDGRFI VTPPLFAMKG KKENTLRILD ATNNQLPQDR ESLFWMNVK AIPSMDKSKL TENTLQLAII SRIKLYYRPA KLALPPDQAA EKLRFRRSAN SLTLINPTPY YLTVTELNAG T RVLENALV PPMGESTVKL PSDAGSNITY RTINDYGALT PKMTGVME

UniProtKB: Chaperone protein FimC

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分子 #2: Outer membrane usher protein FimD

分子名称: Outer membrane usher protein FimD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 93.092805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DLYFNPRFLA DDPQAVADLS RFENGQELPP GTYRVDIYLN NGYMATRDVT FNTGDSEQGI VPCLTRAQLA SMGLNTASVA GMNLLADDA CVPLTTMVQD ATAHLDVGQQ RLNLTIPQAF MSNRARGYIP PELWDPGINA GLLNYNFSGN SVQNRIGGNS H YAYLNLQS ...文字列:
DLYFNPRFLA DDPQAVADLS RFENGQELPP GTYRVDIYLN NGYMATRDVT FNTGDSEQGI VPCLTRAQLA SMGLNTASVA GMNLLADDA CVPLTTMVQD ATAHLDVGQQ RLNLTIPQAF MSNRARGYIP PELWDPGINA GLLNYNFSGN SVQNRIGGNS H YAYLNLQS GLNIGAWRLR DNTTWSYNSS DRSSGSKNKW QHINTWLERD IIPLRSRLTL GDGYTQGDIF DGINFRGAQL AS DDNMLPD SQRGFAPVIH GIARGTAQVT IKQNGYDIYN STVPPGPFTI NDIYAAGNSG DLQVTIKEAD GSTQIFTVPY SSV PLLQRE GHTRYSITAG EYRSGNAQQE KPRFFQSTLL HGLPAGWTIY GGTQLADRYR AFNFGIGKNM GALGALSVDM TQAN STLPD DSQHDGQSVR FLYNKSLNES GTNIQLVGYR YSTSGYFNFA DTTYSRMNGY NIETQDGVIQ VKPKFTDYYN LAYNK RGKL QLTVTQQLGR TSTLYLSGSH QTYWGTSNVD EQFQAGLNTA FEDINWTLSY SLTKNAWQKG RDQMLALNVN IPFSHW LRS DSKSQWRHAS ASYSMSHDLN GRMTNLAGVY GTLLEDNNLS YSVQTGYAGG GDGNSGSTGY ATLNYRGGYG NANIGYS HS DDIKQLYYGV SGGVLAHANG VTLGQPLNDT VVLVKAPGAK DAKVENQTGV RTDWRGYAVL PYATEYRENR VALDTNTL A DNVDLDNAVA NVVPTRGAIV RAEFKARVGI KLLMTLTHNN KPLPFGAMVT SESSQSSGIV ADNGQVYLSG MPLAGKVQV KWGEEENAHC VANYQLPPES QQQLLTQLSA ECRLVPRGSW SHPQFEK

UniProtKB: Outer membrane usher protein FimD

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分子 #3: Protein FimF

分子名称: Protein FimF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.177095 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ADSTITIRGY VRDNGCSVAA ESTNFTVDLM ENAAKQFNNI GATTPVVPFR ILLSPCGNAV SAVKVGFTGV ADSHNANLLA LENTVSAAS GLGIQLLNEQ QNQIPLNAPS SALSWTTLTP GKPNTLNFYA RLMATQVPVT AGHINATATF TLEYQ

UniProtKB: Protein FimF

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分子 #4: Protein FimG

分子名称: Protein FimG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.864227 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ADVTITVNGK VVAKPCTVST TNATVDLGDL YSFSLMSAGA ASAWHDVALE LTNCPVGTSR VTASFSGAAD STGYYKNQGT AQNIQLELQ DDSGNTLNTG ATKTVQVDDS SQSAHFPLQV RALTVNGGAT QGTIQAVISI TYTYS

UniProtKB: Protein FimG

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分子 #5: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

分子名称: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.081314 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FACKTANGTA IPIGGGSANV YVNLAPVVNV GQNLVVDLST QIFCHNDYPE TITDYVTLQR GSAYGGVLSN FSGTVKYSGS SYPFPTTSE TPRVVYNSRT DKPWPVALYL TPVSSAGGVA IKAGSLIAVL ILRQTNNYNS DDFQFVWNIY ANNDVVVPTG G CDVSARDV ...文字列:
FACKTANGTA IPIGGGSANV YVNLAPVVNV GQNLVVDLST QIFCHNDYPE TITDYVTLQR GSAYGGVLSN FSGTVKYSGS SYPFPTTSE TPRVVYNSRT DKPWPVALYL TPVSSAGGVA IKAGSLIAVL ILRQTNNYNS DDFQFVWNIY ANNDVVVPTG G CDVSARDV TVTLPDYPGS VPIPLTVYCA KSQNLGYYLS GTTADAGNSI FTNTASFSPA QGVGVQLTRN GTIIPANNTV SL GAVGTSA VSLGLTANYA RTGGQVTAGN VQSIIGVTFV YQ

UniProtKB: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 242477
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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