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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50818 | |||||||||
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タイトル | Rea1 D2915A-R2976A-D3042A mutant ATP conformation III | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | AAA+ protein / ribosome maturation / TRANSLOCASE | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Busselez J / Schmidt H | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nucleotide independent as well as ATP-hydrolysis driven steps of Rea1 Linker remodelling drive the removal of assembly factors from pre-ribosomal particles 著者: Busselez J / Koenig G / Dominique C / Klos T / Velayudhan D / Sosnowski P / Marechal N / Crucifix C / Gizardin-Fredon H / Cianferani S / Benjamin A / Henry Y / Henras A / Schmidt H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50818.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50818-v30.xml emd-50818.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_50818.png | 58.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50818.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_50818_half_map_1.map.gz emd_50818_half_map_2.map.gz | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50818 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50818_validation.pdf.gz | 596.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50818_full_validation.pdf.gz | 596.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50818_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50818_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50818_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50818_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rea1 monomer
全体 | 名称: Rea1 monomer |
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要素 |
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-超分子 #1: Rea1 monomer
超分子 | 名称: Rea1 monomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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