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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Rea1 D2915A-R2976A-D3042A mutant ATP conformation I | |||||||||
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![]() | AAA+ protein / ribosome maturation / TRANSLOCASE | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
![]() | Busselez J / Schmidt H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nucleotide independent as well as ATP-hydrolysis driven steps of Rea1 Linker remodelling drive the removal of assembly factors from pre-ribosomal particles 著者: Busselez J / Koenig G / Dominique C / Klos T / Velayudhan D / Sosnowski P / Marechal N / Crucifix C / Gizardin-Fredon H / Cianferani S / Benjamin A / Henry Y / Henras A / Schmidt H | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 748.7 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 76.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 3.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 535.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 534.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.44 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50816_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50816_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Rea1 monomer
全体 | 名称: Rea1 monomer |
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要素 |
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-超分子 #1: Rea1 monomer
超分子 | 名称: Rea1 monomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 300000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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