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- EMDB-50752: CIII2/CIV respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50752
タイトルCIII2/CIV respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis with lansoprazole sulfide
マップデータ
試料
  • 複合体: The respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 19種
キーワードRESPIRATORY SUPERCOMPLEX / MEMBRANE PROTEIN / ACTINOBACTERIA / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / electron transport coupled proton transport / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / electron transport coupled proton transport / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 ...Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / LpqE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kovalova T / Krol S / Gamiz-Hernandez A / Sjostrand D / Kaila V / Brzezinski P / Hogbom M
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2019.0043 スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Inhibition mechanism of potential antituberculosis compound lansoprazole sulfide.
著者: Terezia Kovalova / Sylwia Król / Ana P Gamiz-Hernandez / Dan Sjöstrand / Ville R I Kaila / Peter Brzezinski / Martin Högbom /
要旨: Tuberculosis is one of the most common causes of death worldwide, with a rapid emergence of multi-drug-resistant strains underscoring the need for new antituberculosis drugs. Recent studies indicate ...Tuberculosis is one of the most common causes of death worldwide, with a rapid emergence of multi-drug-resistant strains underscoring the need for new antituberculosis drugs. Recent studies indicate that lansoprazole-a known gastric proton pump inhibitor and its intracellular metabolite, lansoprazole sulfide (LPZS)-are potential antituberculosis compounds. Yet, their inhibitory mechanism and site of action still remain unknown. Here, we combine biochemical, computational, and structural approaches to probe the interaction of LPZS with the respiratory chain supercomplex IIIIV of , a close homolog of supercomplex. We show that LPZS binds to the Q cavity of the mycobacterial supercomplex, inhibiting the quinol substrate oxidation process and the activity of the enzyme. We solve high-resolution (2.6 Å) cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the supercomplex with bound LPZS that together with microsecond molecular dynamics simulations, directed mutagenesis, and functional assays reveal key interactions that stabilize the inhibitor, but also how mutations can lead to the emergence of drug resistance. Our combined findings reveal an inhibitory mechanism of LPZS and provide a structural basis for drug development against tuberculosis.
履歴
登録2024年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50752.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 540 pix.
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x 540 pix.
= 447.12 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
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表面レベル登録者による: 0.176
最小 - 最大-0.6281697 - 1.165533
平均 (標準偏差)-0.00024766402 (±0.032719005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 447.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50752_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50752_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The respiratory supercomplex

全体名称: The respiratory supercomplex
要素
  • 複合体: The respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Probable cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome-c oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
    • タンパク質・ペプチド: LpqE protein
    • タンパク質・ペプチド: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: acyl-phosphatidyl-myo-inositol dimannoside (AcPIM2)
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: Lansoprazole sulfide
  • リガンド: TRIDECANE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: water

+
超分子 #1: The respiratory supercomplex

超分子名称: The respiratory supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

+
分子 #1: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 29.109945 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MHHHHHHMGS MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSL IGTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG D VARGGDLF ...文字列:
MHHHHHHMGS MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSL IGTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG D VARGGDLF RLNCASCHNF TGKGGALSSG KYAPDLGDAN PAQIYTAMLT GPQNMPKFSD RQLTPDEKRD IVAYVRESAE TP SYGGYGL GGFGPAPEGM AMWIIGMVAA IGVAMWIGSR A

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #2: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 44.869395 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MDRIASMSQD SPDIKGTDAP GQTGVPGQPT DAELAEMSRE ELVKLGGKID GVETIFKEPR WPVPGTKAEK RTERLVAYWL MLGGLSGLA LLLVFLFWPW EYQPFGSEGE FLYSLATPLY GLTFGLSILS IGIGAVLFQK KFIPEEISVQ DRHDGRSPEV H RKTVAANL ...文字列:
MDRIASMSQD SPDIKGTDAP GQTGVPGQPT DAELAEMSRE ELVKLGGKID GVETIFKEPR WPVPGTKAEK RTERLVAYWL MLGGLSGLA LLLVFLFWPW EYQPFGSEGE FLYSLATPLY GLTFGLSILS IGIGAVLFQK KFIPEEISVQ DRHDGRSPEV H RKTVAANL TDALEGSTLK RRKVIGLSLG IGLGAFGAGT LVAFIGGLIK NPWKPVVPTA EGKKAVLWTS GWTPRFKGET IY LARATGR PGESPFVKMR PEDIDAGGME TVFPWRESDG DGTTVESEHK LTEIAMGVRN PVMLIRIKPA DMHRVIKRKG QES FNFGEL FAYTKVCSHL GCPSSLYEQQ TYRILCPCHQ SQFDALEFAK PIFGPAARAL AQLPITIDED GYLVANGDFV EPVG PAFWE RKS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

+
分子 #3: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 61.514281 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG ...文字列:
MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG TGIRAALSGI TMGIPVIGTW MHWALFGGDF PGEILIPRLY ALHILLIPGI ILALIGAHLA LVWFQKHTQF PG PGRTETN VVGVRVMPVF AVKSGAFFAM ITGVLGLMGG LLTINPIWNL GPYKPSQVSA GSQPDFYMMW TDGLIRLWPA WEF YPFGHT IPQGVWVAVG MGLVFALLIA YPFIEKKVTG DDAHHNLLQR PRDVPVRTAI GSMAIALYLL LTFACMNDII ALKF HISLN ATTWIGRIGM VVLPAIVYFV AYRWAISLQR SDREVLEHGV ETGIIKRLPH GAYVELHQPL GPVDEHGHPI PLEYA GAPL PKRMNKLGSG GAPGTGSFLF PDPAVEHEAL TEAAHASEHK SLTALKEHQD RIHGNGETNG HHKLDYKDDD DK

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #4: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 11.329909 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MSSTQDRSQL DPEEQPVANT EVERHTGVDV EDVPSAEWGW SHMPIGVMHI GGLLSAAFLL VMMRGNHVGH VEDWFLIGFA AVIVALVGR NWWLRRRGWI R

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #5: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 22.196883 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

UniProtKB: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 15.177424 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 64.162965 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG ...文字列:
MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG DLWIMGLAVG GLGTILGGVN MITTVVCMRA PGMTMFRMPI FTWNILVTSI LVLIAFPILT AALFGLAADR HL GAHIYDP ANGGVLLWQH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VSEIFPVFSR KPIFGYTTLI YATLAIAALS VAVWAHHMYA TGA VLLPFF SFMTFLIAVP TGIKFFNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFL ITFLLGGLSG VLLASPPLDF HVTDSYFVIA HFHY VLFGT IVFATYAGIY FWFPKMTGRL LDERLGKLHF WLTFIGFHTT FLVQHWLGDE GMPRRYADYL PTDGFTTLNV ISTVG AFIL GVSMLPFVWN VFKSWRYGEP VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMVERM RAEAHV GRA HHPELETADK SS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #8: cytochrome-c oxidase

分子名称: cytochrome-c oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 38.077465 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT ...文字列:
MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT SRPEGKDEHG IEKVGPIRGM TPEDRTYLNF DKIETLGTSS EIPVLVLPAG KRIEFVLNSA DVIHGFWVPE FL FKRDVLP EPKANNSDNV FQVSEIQQTG AFVGRCTEMC GTFHAMMNFE VRVVEPNDFK AYIDQRNAGK TNAEALAAIN QPP LAITTE PFESRRGELV PQASK

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 8.365549 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

分子名称: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 15.910971 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MASGDIATVA NAELDLPYGS ALTSSGRISA VTEPGELSVH YPFPTMDLVV LDDALKYGSR AAKARFAVYI GPLGADTAAT AREILANVP TPENAVLLAV SPDQRAIEVV YGADVKGRGI ESAAPLGVSA AAASFKEGNL IDGLISAVRV MSAGVSPA

UniProtKB: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

+
分子 #11: LpqE protein

分子名称: LpqE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 19.118969 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列:
MNRFSSRAGL AVCGLATAVA LTACSAGQIS QTTTQEPAVN GVNAQAGQVS LRNVHLRAPQ QTDYVEPGTT VELLFVAAND STEGSNKLK SITSDVGEVT LTGDSTVPAD GVLIVGEPDG QIQAVENAEA ADAVTAEVEL TKPITNGLLY DFTFTFEDGE T TVAVPISA GEQPRRPVPP AGPGSSEH

UniProtKB: LpqE protein

+
分子 #12: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

分子名称: Superoxide dismutase [Cu-Zn] / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 23.232375 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL ...文字列:
MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL VTTTDAFTAE DLLDGAKTAI IIHEKADNFA NIPPERYQQV NGAPGPDQTT MATGDAGSRV ACGVISAG

UniProtKB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

+
分子 #13: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #14: acyl-phosphatidyl-myo-inositol dimannoside (AcPIM2)

分子名称: acyl-phosphatidyl-myo-inositol dimannoside (AcPIM2) / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: WUO
分子量理論値: 1.415802 KDa

+
分子 #15: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #16: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #17: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 3 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

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分子 #18: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

分子名称: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: 7PH
分子量理論値: 564.732 Da
Chemical component information

ChemComp-7PH:
(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

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分子 #19: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S...

分子名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3- ...名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: IZL
分子量理論値: 1.677798 KDa
Chemical component information

ChemComp-IZL:
[(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate

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分子 #20: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #21: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 9 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #22: Lansoprazole sulfide

分子名称: Lansoprazole sulfide / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: A1IGA
分子量理論値: 353.362 Da

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分子 #23: TRIDECANE

分子名称: TRIDECANE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 5 / 式: TRD
分子量理論値: 184.361 Da
Chemical component information

ChemComp-TRD:
TRIDECANE / トリデカン

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分子 #24: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #25: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

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分子 #26: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 3 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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分子 #27: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #28: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

分子名称: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: 9XX
分子量理論値: 594.992 Da
Chemical component information

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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分子 #29: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #30: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #31: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 348 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100396
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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