[日本語] English
万見
- EMDB-50744: Closed conformation of the pentameric ligand-gated ion channel, D... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50744
タイトルClosed conformation of the pentameric ligand-gated ion channel, DeCLIC at pH 5 with 10 mM Ca2+
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC
    • タンパク質・ペプチド: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードPentameric ligand-gated ion channel / bacterial ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfacinum sp. (バクテリア) / Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rovsnik U / Anden O / Lycksell M / Delarue M / Howard RJ / Lindahl E
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of pH-modulated closed and open states in a pentameric ligand-gated ion channel
著者: Rovsnik U / Anden O / Lycksell M / Delarue M / Howard RJ / Lindahl E
履歴
登録2024年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_50744.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.595 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8617 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3
最小 - 最大-17.640219999999999 - 27.334585000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000002171 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.5952 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_50744_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC

全体名称: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC
    • タンパク質・ペプチド: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC

超分子名称: Pentameric ligan-gated ion channel DeCLIC / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Desulfacinum sp. (バクテリア)

-
分子 #1: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containi...

分子名称: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
分子量理論値: 67.891492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TEGRVQHFTG YIEDGRGIFY SLPDMKQGDI IYASMQNTGG NLDPLVGIMA EEIDPAVSLG QVLEKALASE NDLISELTAV ADRIFLGWD DDGGKGYSAS LEFTIPRDGT YHIFAGSTIT NQRLDKFQPT YTTGSFQLIL GLNAPQVISG EGEPEGEVFA S LASLEIKP ...文字列:
TEGRVQHFTG YIEDGRGIFY SLPDMKQGDI IYASMQNTGG NLDPLVGIMA EEIDPAVSLG QVLEKALASE NDLISELTAV ADRIFLGWD DDGGKGYSAS LEFTIPRDGT YHIFAGSTIT NQRLDKFQPT YTTGSFQLIL GLNAPQVISG EGEPEGEVFA S LASLEIKP EAHVQELEIR LDKDTRYLTQ HTRNLQPGDT FHALVEPIGE APLPRLRLTD SGGKPLAFGL IDQPGESVEL NY TCDQDIC ELVVHVDGTD GQKDSGEAVY RLLVGINAPN LRESGQTPVG SSVFLESDLV TVGLAVDQIV GVDQRSENFS VVG TLKLSW HDPKLGFSPD QCGCTVKSFE DASIRAVAGE INLPLPSFSF YNQQGNRWSQ NQVIFVTPDG RASYFERFTV TLQA PDFDF LAYPFDRQKF SIKVDLAVPT NMFIFNEIER FQQVVGDQLG EEEWVVTSYS QEITEVPFER GSTNSRFTTT LLVKR NLEY YILRIFVPLF LIISVSWVIF FLKDYGRQLE VASGNLLVFV AFNFTISGDL PRLGYLTVLD RFMIVSFCLT AIVVLI SVC QKRLGAVGKQ AVAAQIDTWV LVIYPLVYSL YIIWVYLRFF TDHIGW

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: CaCl2 / 構成要素 - 名称: Calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 26259 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 43.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5000000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 22000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る