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- EMDB-50712: CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with THIP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50712
タイトルCryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with THIP
マップデータ
試料
  • 複合体: human rho1 GABAA receptor
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1
  • リガンド: 4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードIon channel / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / intracellular vesicle / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / GABA-ergic synapse ...GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / intracellular vesicle / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / protein domain specific binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, Rho / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, Rho1 / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, Rho / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, Rho1 / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Fan C / Howard RJ / Lindahl E
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2019-02433 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of Rho1 GABAA receptors with antagonist and agonist drugs
著者: Fan C / Cowgill J / Howard RJ / Lindahl E
履歴
登録2024年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50712.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 420 pix.
= 282.45 Å		0.67 Å/pix.
x 420 pix.
= 282.45 Å		0.67 Å/pix.
x 420 pix.
= 282.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.8859303 - 1.5598775
平均 (標準偏差)0.0015320127 (±0.039337333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 282.45 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50712_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50712_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human rho1 GABAA receptor

全体名称: human rho1 GABAA receptor
要素
  • 複合体: human rho1 GABAA receptor
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1
  • リガンド: 4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: N-OCTANE
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: human rho1 GABAA receptor

超分子名称: human rho1 GABAA receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.95023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLAVPNMRFG IFLLWWGWVL ATESRMHWPG REVHEMSKKG RPQRQRREVH EDAHKQVSPI LRRSPDITKS PLTKSEQLLR IDDHDFSMR PGFGGPAIPV GVDVQVESLD SISEVDMDFT MTLYLRHYWK DERLSFPSTN NLSMTFDGRL VKKIWVPDMF F VHSKRSFI ...文字列:
MLAVPNMRFG IFLLWWGWVL ATESRMHWPG REVHEMSKKG RPQRQRREVH EDAHKQVSPI LRRSPDITKS PLTKSEQLLR IDDHDFSMR PGFGGPAIPV GVDVQVESLD SISEVDMDFT MTLYLRHYWK DERLSFPSTN NLSMTFDGRL VKKIWVPDMF F VHSKRSFI HDTTTDNVML RVQPDGKVLY SLRVTVTAMC NMDFSRFPLD TQTCSLEIES YAYTEDDLML YWKKGNDSLK TD ERISLSQ FLIQEFHTTT KLAFYSSTGW YNRLYINFTL RRHIFFFLLQ TYFPATLMVM LSWVSFWIDR RAVPARVPLG ITT VLTMST IITGVNASMP RVSYIKAVDI YLWVSFVFVF LSVLEYAAVN YLTTVQERKE QKLREKLPCT SGLPPPRTAM LDGN YSDGE VNDLDNYMPE NGEKPDRMMV QLTLASERSS PQRKSQRSSY VSMRIDTHAI DKYSRIIFPA AYILFNLIYW SIFS

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1

+
分子 #2: 4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one

分子名称: 4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: EI7
分子量理論値: 140.14 Da
Chemical component information

ChemComp-EI7:
4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one / THIP / alkaloid*YM

+
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #4: HEXANE

分子名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: HEX
分子量理論値: 86.175 Da
Chemical component information

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

+
分子 #5: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

+
分子 #6: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

+
分子 #7: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

+
分子 #8: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 335 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 135764
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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