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万見
- EMDB-50657: Helical reconstruction of human TIRAP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50657
タイトルHelical reconstruction of human TIRAP
マップデータ
試料
  • 複合体: Helical Filament of TIRAP
    • タンパク質・ペプチド: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
キーワードFilament / TIR-domain / TLR-signalling / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / myeloid cell differentiation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / positive regulation of B cell proliferation / signaling adaptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-12 production / protein kinase C binding / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-interleukin 1 receptor domain-containing adaptor protein, Tirap / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Schaefer JH / Piehler J / Moeller A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Helical reconstruction of human TIRAP
著者: Schaefer JH / Piehler J / Moeller A
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 277.2 Å		0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 277.2 Å		0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 277.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.271
最小 - 最大-1.1064181 - 2.1955225
平均 (標準偏差)0.0041974033 (±0.053483635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 277.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50657_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50657_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50657_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical Filament of TIRAP

全体名称: Helical Filament of TIRAP
要素
  • 複合体: Helical Filament of TIRAP
    • タンパク質・ペプチド: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

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超分子 #1: Helical Filament of TIRAP

超分子名称: Helical Filament of TIRAP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

分子名称: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.738143 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGEQKLISE EDLSSGENLY FQGHMASSTS LPAPGSRPKK PLGKMADWFR QTLLKKPKKR PNSPESTSSD ASQPTSQDS PLPPSLSSVT SPSLPPTHAS DSGSSRWSKD YDVCVCHSEE DLVAAQDLVS YLEGSTASLR CFLQLRDATP G GAIVSELC ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGEQKLISE EDLSSGENLY FQGHMASSTS LPAPGSRPKK PLGKMADWFR QTLLKKPKKR PNSPESTSSD ASQPTSQDS PLPPSLSSVT SPSLPPTHAS DSGSSRWSKD YDVCVCHSEE DLVAAQDLVS YLEGSTASLR CFLQLRDATP G GAIVSELC QALSSSHCRV LLITPGFLQD PWCKYQMLQA LTEAPGAEGC TIPLLSGLSR AAYPPELRFM YYVDGRGPDG GF RQVKEAV MRYLQTLS

UniProtKB: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -176 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 432673
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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