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- EMDB-50643: HEV ORF2 protein in complex with Fabs Es1.114 and Es5.127 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50643
タイトルHEV ORF2 protein in complex with Fabs Es1.114 and Es5.127
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of the monoclonal antibodies Es5.127 and Es1.114
    • タンパク質・ペプチド: Secreted protein ORF2
    • タンパク質・ペプチド: human IgG antibody Es5.127 - Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human IgG antibody Es5.127 - Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human IgG antibody Es1.114 - Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Himan IgG antibody Es1.114 - Fab light chain
キーワードHepatitis E virus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell Golgi apparatus / host cell surface / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Baquero E / Molinos L / Mouquet H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HEV ORF2 protein in complex with Fabs Es1.114 and Es5.127
著者: Molinos L / Baquero E / Mouquet H
履歴
登録2024年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.6274306 - 2.4130654
平均 (標準偏差)-0.00002465632 (±0.057222318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50643_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50643_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of...

全体名称: Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of the monoclonal antibodies Es5.127 and Es1.114
要素
  • 複合体: Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of the monoclonal antibodies Es5.127 and Es1.114
    • タンパク質・ペプチド: Secreted protein ORF2
    • タンパク質・ペプチド: human IgG antibody Es5.127 - Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Human IgG antibody Es5.127 - Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Human IgG antibody Es1.114 - Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Himan IgG antibody Es1.114 - Fab light chain

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超分子 #1: Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of...

超分子名称: Ternary complex of the HEV ORF2 protein with the Fab fragments of the monoclonal antibodies Es5.127 and Es1.114
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Secreted protein ORF2

分子名称: Secreted protein ORF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
分子量理論値: 52.886715 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DSRGAILRRQ YNLSTSPLTS SVASGTNLVL YAAPLNPLLP LQDGTNTHIM ATEASNYAQY RVVRATIRYR PLVPNAVGGY AISISFWPQ TTTTPTSVDM NSITSTDVRI LVQPGIASEL VIPSERLHYR NQGWRSVETT GVAEEEATSG LVMLCIHGSP V NSYTNTPY ...文字列:
DSRGAILRRQ YNLSTSPLTS SVASGTNLVL YAAPLNPLLP LQDGTNTHIM ATEASNYAQY RVVRATIRYR PLVPNAVGGY AISISFWPQ TTTTPTSVDM NSITSTDVRI LVQPGIASEL VIPSERLHYR NQGWRSVETT GVAEEEATSG LVMLCIHGSP V NSYTNTPY TGALGLLDFA LELEFRNLTP GNTNTRVSRY TSTARHRLRR GADGTAELTT TAATRFMKDL HFTGTNGVGE VG RGIALTL FNLADTLLGG LPTELISSAG GQLFYSRPVV SANGEPTVKL YTSVENAQQD KGITIPHDID LGDSRVVIQD YDN QHEQDR PTPSPAPSRP FSVLRANDVL WLSLTAAEYD QTTYGSSTNP MYVSDTVTFV NVATGAQAVA RSLDWSKVTL DGRP LTTIQ QYSKTFYVLP LRGKLSFWEA STTKAGYPYN YNTTASDQIL IENAAGHRVA ISTYTTSLGA GPTSISAVGV LHHHH HHHH HH

UniProtKB: Pro-secreted protein ORF2

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分子 #2: human IgG antibody Es5.127 - Fab heavy chain

分子名称: human IgG antibody Es5.127 - Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.675801 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYRSG YSFSSYWIGW VRQRPGKGLE WMGIIQPGDS DTTYSPSFQG QVTISADKSI NTAYLQWSS LKASDTAIYY CARVRGSLKV PAAVPFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYRSG YSFSSYWIGW VRQRPGKGLE WMGIIQPGDS DTTYSPSFQG QVTISADKSI NTAYLQWSS LKASDTAIYY CARVRGSLKV PAAVPFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKTHHHH HH

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分子 #3: Human IgG antibody Es5.127 - Fab light chain

分子名称: Human IgG antibody Es5.127 - Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.76216 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG NNYVSWYQQF PGIAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEADYYC GTWDSSLSDV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG NNYVSWYQQF PGIAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEADYYC GTWDSSLSDV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #4: Human IgG antibody Es1.114 - Fab heavy chain

分子名称: Human IgG antibody Es1.114 - Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.4564 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLVESGGGL VKPGGSLRLS CAASGFIFSD YYLSWIRQAP GKGLEWIAYI SSGGSTIYYA GSVKGRFTIS RDDARNSLYL QMNSLRVED TAVYYCAREP TYHDFGSGYY TGFDYWGQGA LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
VQLVESGGGL VKPGGSLRLS CAASGFIFSD YYLSWIRQAP GKGLEWIAYI SSGGSTIYYA GSVKGRFTIS RDDARNSLYL QMNSLRVED TAVYYCAREP TYHDFGSGYY TGFDYWGQGA LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DKTHHHHHH

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分子 #5: Himan IgG antibody Es1.114 - Fab light chain

分子名称: Himan IgG antibody Es1.114 - Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.466975 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PSSLSASIGD RVTITCRASQ SVSVYLNWYQ QKPGKVPKLL IYAASSLQSG VPSRFSGSGS GTDFTLTISS LQPEDFATYY CQQSYNLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列:
PSSLSASIGD RVTITCRASQ SVSVYLNWYQ QKPGKVPKLL IYAASSLQSG VPSRFSGSGS GTDFTLTISS LQPEDFATYY CQQSYNLFT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207869
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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