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万見
- EMDB-50640: Corynebacterium glutamicum PS2 S-layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50640
タイトルCorynebacterium glutamicum PS2 S-layer
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein
    • タンパク質・ペプチド: PS2 - Corynebacterium glutamicum S-layer protein
キーワードS-layer protein / 2D-lattice / hexagonal lattice / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性membrane / PS2
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.87 Å
データ登録者Isbilir B / Bharat TAM
資金援助 英国, フランス, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MRC MC_UP_1201/31 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0074/2021 フランス
Wellcome Trust225317/Z/22/Z 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)YIPEuropean Union
Leverhulme TrustPhilip Leverhulme Prize 英国
The Lister Institute of Preventive MedicineLister Prize 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Punctuated and continuous structural diversity of S-layers across the prokaryotic tree of life
著者: Johnston E / Isbilir B / Alva V / Bharat TAM / Doye JPK
履歴
登録2024年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50640.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 494.4 Å		3.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 494.4 Å		3.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 494.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0934
最小 - 最大-0.2717295 - 0.6483061
平均 (標準偏差)0.0015018218 (±0.03477807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 494.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_50640_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50640_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50640_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein

全体名称: Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein
    • タンパク質・ペプチド: PS2 - Corynebacterium glutamicum S-layer protein

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超分子 #1: Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein

超分子名称: Structure of Hexagonally Packed PS2 Protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 株: ATCC13058 / 細胞中の位置: extracellular
分子量理論値: 54 KDa

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分子 #1: PS2 - Corynebacterium glutamicum S-layer protein

分子名称: PS2 - Corynebacterium glutamicum S-layer protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
配列文字列: MFNNRIRTAA LAGAIAISTA ASGVAIPAFA QETGTYNNTG GFNDADGSTI QPAPAVDHSE AELRDATDA TGNYLAAFQS GDIEAIVGAY IDVGVDGFDP SEEAIFKAFE AARDEATQQL A FSAETITK TRESVAYALK VDQEATEAYL AYRNALRGAA TSINPLIDAA ...文字列:
MFNNRIRTAA LAGAIAISTA ASGVAIPAFA QETGTYNNTG GFNDADGSTI QPAPAVDHSE AELRDATDA TGNYLAAFQS GDIEAIVGAY IDVGVDGFDP SEEAIFKAFE AARDEATQQL A FSAETITK TRESVAYALK VDQEATEAYL AYRNALRGAA TSINPLIDAA NAANRTDGSE IE IYDNIFL ASDVFTDGPL LLPAYRELVA LQTEVNEDLE WLGEFAIDND ADNYVQRYHI PAV EALKAE IDARLEAIEP HRADSAEKNR LAQKSDVLVR QLFLERATAQ RDTLRIVEAI FATA TRYVE LYESDENINV ENKTLREHYF ALFPTLFGAA SFNVGVLNTA DDAAIDYYLV WDTDL ETND EDAAYAEEKR EFALLTYAKI FINGQWQEKV KYVQNLDDGA RAEAARIEAE RLADEA YRA EQLRIAQEAA DAQKAIADAL AKEAENNNNS GGDNSSDDKG TGSSDIGSWG PFAAIAA II AAIAAIFPFL SGIVKF

UniProtKB: PS2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride

詳細: 50 mM HEPES pH=7.5, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Absorption for 20 sec and blotted for 2.5 sec with blot force -5..
詳細Purified Surface Layer of Corynebacterium glutamicum composed of PS2 protein

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31 / 平均露光時間: 3.28 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3763
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 539
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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