[日本語] English
万見
- EMDB-50624: LGTV TP21. Langat virus, strain TP21 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50624
タイトルLGTV TP21. Langat virus, strain TP21
マップデータSharpened with deepEMchancer.
試料
  • ウイルス: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードFlavivirus / Langat virus / recombinant virus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Bisikalo K / Rosendal E
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2018-05851 スウェーデン
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The influence of the pre-membrane and envelope proteins on structure, pathogenicity and tropism of tick-borne encephalitis virus
著者: Rosendal E / Bisikalo K / Willekens SM / Lindgren M / Holoubek J / Svoboda P / Lappalainen A / Konighofer E / Mirgorodskaya E / Norden R / Morini F / Rosenbaum W / Ruzek D / Ahlgren U / ...著者: Rosendal E / Bisikalo K / Willekens SM / Lindgren M / Holoubek J / Svoboda P / Lappalainen A / Konighofer E / Mirgorodskaya E / Norden R / Morini F / Rosenbaum W / Ruzek D / Ahlgren U / Anastasina M / Merits A / Butcher SJ / Nilsson E / Overby AK
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_50624.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened with deepEMchancer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 756 pix.
= 733.32 Å		0.97 Å/pix.
x 756 pix.
= 733.32 Å		0.97 Å/pix.
x 756 pix.
= 733.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.1125385 - 1.9267309
平均 (標準偏差)0.004932732 (±0.047419827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ756756756
Spacing756756756
セルA=B=C: 733.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50624_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50624_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Langat virus (strain TP21)

全体名称: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

-
超分子 #1: Langat virus (strain TP21)

超分子名称: Langat virus (strain TP21) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 31638 / 生物種: Langat virus (strain TP21) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3

-
分子 #1: Envelope protein E

分子名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
分子量理論値: 53.574301 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SRCTHLENRD FVTGVQGTTR LTLVLELGGC VTVTADGKPS LDVWLDSIYQ ESPAQTREYC LHAKLTGTKV AARCPTMGPA TLPEEHQSG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVTCVKF TCEDKKKATG HVYDVNKITY TIKVEPHTGE FVAANETHSG R KSASFTVS ...文字列:
SRCTHLENRD FVTGVQGTTR LTLVLELGGC VTVTADGKPS LDVWLDSIYQ ESPAQTREYC LHAKLTGTKV AARCPTMGPA TLPEEHQSG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVTCVKF TCEDKKKATG HVYDVNKITY TIKVEPHTGE FVAANETHSG R KSASFTVS SEKTILTLGD YGDVSLLCRV ASGVDLAQTV VLALDKTHEH LPTAWQVHRD WFNDLALPWK HDGAEAWNEA GR LVEFGTP HAVKMDVFNL GDQTGVLLKS LAGVPVASIE GTKYHLKSGH VTCEVGLEKL KMKGLTYTVC DKTKFTWKRA PTD SGHDTV VMEVGFSGTR PCRIPVRAVA HGVPEVNVAM LITPNPTMEN NGGGFIEMQL PPGDNIIYVG DLNHQWFQKG SSIG RVLQK TRKGIERLTV LGEHAWDFGS VGGVMTSIGR AMHTVLGGAF NTLLGGVGFL PKILLGVAMA WLGLNMRNPT LSMGF LLSG GLVLAMTLGV GA

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #2: Small envelope protein M

分子名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
分子量理論値: 8.249828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VLIPSHAQRD LTGRGHQWLE GEAVKAHLTR VEGWVWKNKL FTLSLVMVAW LMVDGLLPRI LIVVVALALA PAYA

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #4: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: VP-SFM growth medium, supplemented with rapamycin and glutamate.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1430 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 150000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 15306
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Cryosparc Ab-Initio
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 12857
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 6000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9foj:
LGTV TP21. Langat virus, strain TP21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る