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万見
- EMDB-50553: Methylthio-alkane reductase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50553
タイトルMethylthio-alkane reductase complex
マップデータsharpened main map
試料
  • 複合体: Methylthio-alkane reductase complex
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase iron protein
  • リガンド: FeFe cofactor
  • リガンド: FE(8)-S(7) CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードMethylthioethanol / dimethyl sulfide / ethylmethyl sulfide / methanethiol / ethylene / methane / ethane / metalloenzyme / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : ...: / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogenase iron protein / Nitrogenase / Nitrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Lago-Maciel A / Zarzycki J / Prinz S / Reif-Trauttmansdorff T / Rebelein JG
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)446841743 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
Max Planck SocietyIMPRS - Principles of microbial life ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of the methylthio-alkane reductase from the nitrogenase family
著者: Lago-Maciel A / Soares J / Zarzycki J / Prinz S / Reif-Trattmansdorff T / Schuller JM / Paczia N / Pierik AJ / Rebelein JG
履歴
登録2024年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 380 pix.
= 318.06 Å		0.84 Å/pix.
x 380 pix.
= 318.06 Å		0.84 Å/pix.
x 380 pix.
= 318.06 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.75
最小 - 最大-19.061373 - 40.229908000000002
平均 (標準偏差)0.000877918 (±1.0002756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 318.06 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_50553_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_50553_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Methylthio-alkane reductase complex

全体名称: Methylthio-alkane reductase complex
要素
  • 複合体: Methylthio-alkane reductase complex
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase iron protein
  • リガンド: FeFe cofactor
  • リガンド: FE(8)-S(7) CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Methylthio-alkane reductase complex

超分子名称: Methylthio-alkane reductase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: 1:1 complex of catalytic core and reductase dimer
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 280 KDa

+
分子 #1: Nitrogenase

分子名称: Nitrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nitrogenase
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 57.560164 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
配列文字列: MPINLKTSVV ESREQRLGTI IAWDGKASDL SKESAYARSE GCGSACGAKA RRVCEMRSPF SQGSVCSEQM VECQAGNVRG AVLVQHSPI GCGAGQVIYN SIFRNGLAIR GLPVENLHLI STNLRERDMV YGGLDKLERT IRDAWERHHP QAIFIATSCP T AIIGDDIE ...文字列:
MPINLKTSVV ESREQRLGTI IAWDGKASDL SKESAYARSE GCGSACGAKA RRVCEMRSPF SQGSVCSEQM VECQAGNVRG AVLVQHSPI GCGAGQVIYN SIFRNGLAIR GLPVENLHLI STNLRERDMV YGGLDKLERT IRDAWERHHP QAIFIATSCP T AIIGDDIE SVASQLEAEF GIPVIPLHCE GFKSKHWSTG FDATQHGILR QIVRKNPERK QEDLVNVINL WGSDVFGPML GE LGLRVNY VVDLATVEDL AQMSEAAATV GFCYTLSTYM AAALEQEFGV PEVKAPMPYG FAGTDAWLRE IARVTHREEQ AEA YIAREH ARVKPQLEAL REKLKGIKGF VSTGSAYAHG MIQVLRELGV TVDGSLVFHH DPVYDSQDPR QDSLAHLVDN YGDV GHFSV GNRQQFQFYG LLQRVKPDFI IIRHNGLAPL ASRLGIPAIP LGDEHIAVGY QGILNLGESI LDVLAHRKFH EDIAA HVRL PYRQDWLARD PFDLARQSAG QPRRPAEWSH PQFEK

UniProtKB: Nitrogenase

+
分子 #2: Nitrogenase

分子名称: Nitrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nitrogenase
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 50.856289 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
配列文字列: MPDAESRSQV TAKAAPPPAP KTNSIEQVRY ICSIGAMHSA SAIPRVIPIT HCGPGCADKQ FMNVAFYNGF QGGGYGGGAV VPSTNATER EVVFGGAERL DELIGASLQV LDADLFVVLT GCIPDLVGDD IGSVVGPYQK RGVPIVYAET GGFRGNNFTG H ELVTKAII ...文字列:
MPDAESRSQV TAKAAPPPAP KTNSIEQVRY ICSIGAMHSA SAIPRVIPIT HCGPGCADKQ FMNVAFYNGF QGGGYGGGAV VPSTNATER EVVFGGAERL DELIGASLQV LDADLFVVLT GCIPDLVGDD IGSVVGPYQK RGVPIVYAET GGFRGNNFTG H ELVTKAII DQFVGDYDAE RDGAREPHTV NVWSLLPYHN TFWRGDLTEI KRLLEGIGLK VNILFGPQSA GVAEWKAIPR AG FNLVLSP WLGLDTARHL DRKYGQPTLH RPIIPIGAKE TGAFLREVAA FAGLDSAVVE AFITAEEAVY YRYLEDFTDF YAE YWWGLP AKFAVIGDSA YNLALTKFLV NQLGLIPGLQ IITDNPPEEV REDIRAHYHA IADDVATDVS FEEDSYTIHQ KIRA TDFGH KAPILFGTTW ERDLAKELKG AIVEVGFPAS YEVVLSRSYL GYRGALTLLE KIYTTTVSAS A

UniProtKB: Nitrogenase

+
分子 #3: Nitrogenase iron protein

分子名称: Nitrogenase iron protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nitrogenase
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 31.914785 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
配列文字列: MHHHHHHAKS PKQIAIYGKG GIGKSTTTSN ISAALAEAGY KVMQFGCDPK SDSTNTLRGG DYIPSVLDLL RENARVDAHE AIFQGFGGI YCVEAGGPAP GVGCAGRGII TAVELLKQQN VFEELDLDYV IFDVLGDVVC GGFAVPIREG IAEHVFTVSS S DFMAIYAA ...文字列:
MHHHHHHAKS PKQIAIYGKG GIGKSTTTSN ISAALAEAGY KVMQFGCDPK SDSTNTLRGG DYIPSVLDLL RENARVDAHE AIFQGFGGI YCVEAGGPAP GVGCAGRGII TAVELLKQQN VFEELDLDYV IFDVLGDVVC GGFAVPIREG IAEHVFTVSS S DFMAIYAA NNLFKGIQKY SNAGGALLGG VIANSINTDF HRDIIDDFVA RTQTQVVQYV PRSLTVTQAE LQGRTTIEAA PE SAQAEIY RTLARSIADH TDSKVPTPLN AQELRDWSAS WANQLIEIER ASQPIPALAS

UniProtKB: Nitrogenase iron protein

+
分子 #4: FeFe cofactor

分子名称: FeFe cofactor / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: S5Q
分子量理論値: 747.356 Da
Chemical component information

ChemComp-S5Q:
FeFe cofactor

+
分子 #5: FE(8)-S(7) CLUSTER

分子名称: FE(8)-S(7) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CLF
分子量理論値: 671.215 Da
Chemical component information

ChemComp-CLF:
FE(8)-S(7) CLUSTER

+
分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE

+
分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 116370
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類クラス数: 25 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9fmg:
Methylthio-alkane reductase complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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