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万見
- EMDB-50521: Tail of emppty Haloferax tailed virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50521
タイトルTail of emppty Haloferax tailed virus 1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
    • タンパク質・ペプチド: SPP1 gp17-like tail completion protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate to tube adapter protein gp41
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードArcheal virus / portal / tail / VIRUS
機能・相同性HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector / Tail tube protein / SPP1 gp17-like tail completion protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Zhang D / Daum B / Isupov MN / McLaren M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus
著者: Zhang D / Daum B / Isupov MN / McLaren M / Oksanen H / Quax TEF / Schwarzer S / Gold VAM
履歴
登録2024年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.171 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0062
最小 - 最大-0.030950965 - 0.0727372
平均 (標準偏差)0.00012584006 (±0.0020537633)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 899.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Haloferax tailed virus 1

全体名称: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
    • タンパク質・ペプチド: SPP1 gp17-like tail completion protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate to tube adapter protein gp41
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Haloferax tailed virus 1

超分子名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 2507575 / 生物種: Haloferax tailed virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Haloferax gibbonsii (古細菌)

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分子 #1: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

分子名称: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 15.585868 KDa
配列文字列:
MPDPSIDEVS KSDWDALTTQ EQDDIISQVE NLSSTGWVNT SRERKAEAIR SAIAERDTLY SGNMSRLPTL DGDAEYFTLY LSAHKIQLF EGGEAQSESG EGGSVSYSTG GGGEKDLQKT RYGRMALEYV WEDNSIAALR TY

UniProtKB: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

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分子 #2: SPP1 gp17-like tail completion protein

分子名称: SPP1 gp17-like tail completion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 17.458789 KDa
配列文字列:
MATTSASHHV QAIIDLLEAA PDADWTPTQT PTVKRYWDDA QSERGPGADM PAILYVWSPT TSSLDRFSMD GDVFDQNDSI EVQAWSFDE TEVEQLQGDI VQILSEYLDD NEVQTPYSDV APTGTNDFRE QTPARTTGHY IMSVEVETRG LSETAKNA

UniProtKB: SPP1 gp17-like tail completion protein

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分子 #3: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 66 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 17.177463 KDa
配列文字列:
MATSPEGIWS NSGALTFEDP ADDSEILFAG VRDVTITPAY EHAELYTIDS TFRDEVKRYE HNVNVEITYA KFSLEFAQEW LGGPGATAT ASQDDSDPMK FNLENVTPSA SGGFERTTAV ENVVFPELPL DSATYGEYEE YSLTGSGRSV TNLADTSGV

UniProtKB: Tail tube protein

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分子 #4: Baseplate to tube adapter protein gp41

分子名称: Baseplate to tube adapter protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 30.425914 KDa
配列文字列: MVDATLSRGG TSVDIPLVEE GGEILLSSTF GKPEVNVRKS GGSLNPRVID SWSGLQTFQL VGKLYDYSTS HQLADLVKTA STTPLELQI PQDAYPDTVT VAPAAGQASA LTLEYPAGRK DLVDVSLSLT RVDPNSVRGV GDQQATTPTT TGTGPVEVTA G GTTVQLPS ...文字列:
MVDATLSRGG TSVDIPLVEE GGEILLSSTF GKPEVNVRKS GGSLNPRVID SWSGLQTFQL VGKLYDYSTS HQLADLVKTA STTPLELQI PQDAYPDTVT VAPAAGQASA LTLEYPAGRK DLVDVSLSLT RVDPNSVRGV GDQQATTPTT TGTGPVEVTA G GTTVQLPS SGLSVERTVG RPNDAVRRVP RQADPRYEVK AKVTNDVFTF SFETLDNIPA TLNALTDNVF REQLGRDGVT LD FNGLLGL GSVKAIPVGS SPFRQVHQAG RGWVTVPTLE FRRIYSNE

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 54.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6580
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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