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万見
- EMDB-50514: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50514
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo - unswiveled conformation
マップデータPrimary map sharpened
試料
  • 複合体: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB
    • DNA: DNA (17-MER)
キーワードRNA polymerase / sigma factor / SigB / stress response / -10 promoter element / promoter recognition / tuberculosis / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding ...RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / response to hypoxia / protein dimerization activity / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 ...Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigB / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Brodolin K
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE44-0020-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0025 フランス
Instruct-ERIC Center (Strasbourg Centre)19348 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Single-stranded DNA drives σ subunit loading onto mycobacterial RNA polymerase to unlock initiation-competent conformations.
著者: Rishi Kishore Vishwakarma / Nils Marechal / Zakia Morichaud / Mickaël Blaise / Emmanuel Margeat / Konstantin Brodolin /
要旨: Initiation of transcription requires the formation of the "open" promoter complex (RPo). For this, the σ subunit of bacterial RNA polymerase (RNAP) binds to the nontemplate strand of the -10 element ...Initiation of transcription requires the formation of the "open" promoter complex (RPo). For this, the σ subunit of bacterial RNA polymerase (RNAP) binds to the nontemplate strand of the -10 element sequence of promoters and nucleates DNA unwinding. This is accompanied by a cascade of conformational changes on RNAP, the exact mechanics of which remains elusive. Here, using single-molecule Förster resonance energy transfer and cryo-electron microscopy, we explored the conformational landscape of RNAP from the human pathogen Mycobacterium tuberculosis upon binding to a single-stranded DNA (ssDNA) fragment that includes the -10 element sequence (-10 ssDNA). We found that like the transcription activator RNAP-binding protein A, -10 ssDNA induced σ subunit loading onto the DNA/RNA channels of RNAP. This triggered RNAP clamp closure and unswiveling that are required for RPo formation and RNA synthesis initiation. Our results reveal a mechanism of ssDNA-guided RNAP maturation and identify the σ subunit as a regulator of RNAP conformational dynamics.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50514.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.3644579 - 0.64879936
平均 (標準偏差)0.0033665837 (±0.021943972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 310.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Raw map

ファイルemd_50514_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_50514_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_50514_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo

全体名称: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
要素
  • 複合体: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB
    • DNA: DNA (17-MER)

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超分子 #1: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo

超分子名称: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 406 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP VLKVTYKVDA TRVEQRTDFD KLILDVETKN SISPRDALAS AGKTLVELFG LARELNVEAE GIEIGPSPAE ADHIASFALP IDDLDLTVRS YNCLKREGVH TVGELVARTE SDLLDIRNFG QKSIDEVKIK LHQLGLSLKD SPPSFDPSEV AGYDVATGTW STEGAYDEQD YAETEQL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEED EPVTMYLRKQ GPGEVTAGDI VPPAGVTVHN PGMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNRASGAEIG RIPVDSIYSP VLKVTYKVDA TRVEQRTDFD KLILDVETKN SISPRDALAS AGKTLVELFG LARELNVEAE GIEIGPSPAE ADHIASFALP IDDLDLTVRS YNCLKREGVH TVGELVARTE SDLLDIRNFG QKSIDEVKIK LHQLGLSLKD SPPSFDPSEV AGYDVATGTW STEGAYDEQD YAETEQL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYELS PIEDFSGSMS LSFSDPRFDD VKAPVDECKD KDMTYAAPLF VTAEFINNNT GEIKSQTVFM GDFPMMTEKG TFIINGTERV ...文字列:
MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYELS PIEDFSGSMS LSFSDPRFDD VKAPVDECKD KDMTYAAPLF VTAEFINNNT GEIKSQTVFM GDFPMMTEKG TFIINGTERV VVSQLVRSPG VYFDETIDKS TDKTLHSVKV IPSRGAWLEF DVDKRDTVGV RIDRKRRQPV TVLLKALGWT SEQIVERFGF SEIMRSTLEK DNTVGTDEAL LDIYRKLRPG EPPTKESAQT LLENLFFKEK RYDLARVGRY KVNKKLGLHV GEPITSSTLT EEDVVATIEY LVRLHEGQTT MTVPGGVEVP VETDDIDHFG NRRLRTVGEL IQNQIRVGMS RMERVVRERM TTQDVEAITP QTLINIRPVV AAIKEFFGTS QLSQFMDQNN PLSGLTHKRR LSALGPGGLS RERAGLEVRD VHPSHYGRMC PIETPEGPNI GLIGSLSVYA RVNPFGFIET PYRKVVDGVV SDEIVYLTAD EEDRHVVAQA NSPIDADGRF VEPRVLVRRK AGEVEYVPSS EVDYMDVSPR QMVSVATAMI PFLEHDDANR ALMGANMQRQ AVPLVRSEAP LVGTGMELRA AIDAGDVVVA EESGVIEEVS ADYITVMHDN GTRRTYRMRK FARSNHGTCA NQCPIVDAGD RVEAGQVIAD GPCTDDGEMA LGKNLLVAIM PWEGHNYEDA IILSNRLVEE DVLTSIHIEE HEIDARDTKL GAEEITRDIP NISDEVLADL DERGIVRIGA EVRDGDILVG KVTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGES GKVIGIRVFS REDEDELPAG VNELVRVYVA QKRKISDGDK LAGRHGNKGV IGKILPVEDM PFLADGTPVD IILNTHGVPR RMNIGQILET HLGWCAHSGW KVDAAKGVPD WAARLPDELL EAQPNAIVST PVFDGAQEAE LQGLLSCTLP NRDGDVLVDA DGKAMLFDGR SGEPFPYPVT VGYMYIMKLH HLVDDKIHAR STGPYSMITQ QPLGGKAQFG GQRFGEMECW AMQAYGAAYT LQELLTIKSD DTVGRVKVYE AIVKGENIPE PGIPESFKVL LKELQSLCLN VEVLSSDGAA IELREGEDED LERAAANLGI NLSRNESASV EDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQEK PLSIALREIH ADLLEHTEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #6: RNA polymerase sigma factor SigB

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLGE NRKRDLAAVV RDGEAARRHL LEANLRLVVS LAKRYTGRGM PLLDLIQEGN LGLIRAMEKF DYTKGFKFST YATWWIRQAI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLGE NRKRDLAAVV RDGEAARRHL LEANLRLVVS LAKRYTGRGM PLLDLIQEGN LGLIRAMEKF DYTKGFKFST YATWWIRQAI TRGMADQSRT IRLPVHLVEQ VNKLARIKRE MHQHLGREAT DEELAAESGI PIDKINDLLE HSRDPVSLDM PVGSEEEAPL GDFIEDAEAM SAENAVIAEL LHTDIRSVLA TLDEREHQVI RLRFGLDDGQ PRTLDQIGKL FGLSRERVRQ IERDVMSKLR HGERADRLRS YAS

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigB

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分子 #7: DNA (17-MER)

分子名称: DNA (17-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TGCGTATAAT GTGTGGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol

詳細: 8 mM CHAPSO added before vitrificaion
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9202 / 平均露光時間: 1.997 sec. / 平均電子線量: 55.735 e/Å2 / 詳細: images were collected in super-resolution mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 695496
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 36319
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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