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万見
- EMDB-50491: Perkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2 map in an in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50491
タイトルPerkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2 map in an intermediate state
マップデータ
試料
  • 複合体: respiratory supercomplex
キーワードRespiratory supercomplex / CII2CIII2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / electron transfer activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / electron transfer activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / protein serine/threonine kinase activity / heme binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF6827) / Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...: / Domain of unknown function (DUF6827) / Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Aurora kinase / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Ubiquitin, putative / Peptidase M14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Merozoite surface protein, putative ...Uncharacterized protein / Ubiquitin, putative / Peptidase M14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Merozoite surface protein, putative / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.8 kDa protein, putative / DUF6827 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Aurora kinase / Uncharacterized protein / GINS subunit domain-containing protein / Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Perkinsus marinus (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wu F / Amunts A
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2 map in an intermediate state
著者: Wu F / Amunts A
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0203
最小 - 最大-0.08349416 - 0.21426584
平均 (標準偏差)0.00018084323 (±0.003264853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 423.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : respiratory supercomplex

全体名称: respiratory supercomplex
要素
  • 複合体: respiratory supercomplex

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超分子 #1: respiratory supercomplex

超分子名称: respiratory supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Perkinsus marinus (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137612
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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