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万見
- EMDB-5048: CLIC2-RyR1 interaction and structural characterization by cryo-el... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5048
タイトルCLIC2-RyR1 interaction and structural characterization by cryo-electron microscopy
マップデータThis is an image of a surface rendered side view of RyR1-CLIC2 complex
試料
  • 試料: Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular channel 2 complex
  • 細胞器官・細胞要素: sarcoplasmic reticulum
キーワードCa2+-release channel / Ca2+ signaling / Chloride intracellular channel 2 / cryo-electron microscopy / ryanodine receptor
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Meng X / Wang G / Viero C / Wang Q / Mi W / Su X / Wagenknecht T / Williams A / Liu Z / Yin C-C
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: CLIC2-RyR1 interaction and structural characterization by cryo-electron microscopy.
著者: Xing Meng / Guoliang Wang / Cedric Viero / Qiongling Wang / Wei Mi / Xiao-Dong Su / Terence Wagenknecht / Alan J Williams / Zheng Liu / Chang-Cheng Yin /
要旨: Chloride intracellular channel 2 (CLIC2), a newly discovered small protein distantly related to the glutathione transferase (GST) structural family, is highly expressed in cardiac and skeletal ...Chloride intracellular channel 2 (CLIC2), a newly discovered small protein distantly related to the glutathione transferase (GST) structural family, is highly expressed in cardiac and skeletal muscle, although its physiological function in these tissues has not been established. In the present study, [3H]ryanodine binding, Ca2+ efflux from skeletal sarcoplasmic reticulum (SR) vesicles, single channel recording, and cryo-electron microscopy were employed to investigate whether CLIC2 can interact with skeletal ryanodine receptor (RyR1) and modulate its channel activity. We found that: (1) CLIC2 facilitated [3H]ryanodine binding to skeletal SR and purified RyR1, by increasing the binding affinity of ryanodine for its receptor without significantly changing the apparent maximal binding capacity; (2) CLIC2 reduced the maximal Ca2+ efflux rate from skeletal SR vesicles; (3) CLIC2 decreased the open probability of RyR1 channel, through increasing the mean closed time of the channel; (4) CLIC2 bound to a region between domains 5 and 6 in the clamp-shaped region of RyR1; (5) and in the same clamp region, domains 9 and 10 became separated after CLIC2 binding, indicating CLIC2 induced a conformational change of RyR1. These data suggest that CLIC2 can interact with RyR1 and modulate its channel activity. We propose that CLIC2 functions as an intrinsic stabilizer of the closed state of RyR channels.
履歴
登録2009年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月9日-
マップ公開2009年4月15日-
更新2009年4月15日-
現状2009年4月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00029063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00029063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5048_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered side view of RyR1-CLIC2 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.52 Å
密度
表面レベル1: 0.00041 / ムービー #1: 0.0002906
最小 - 最大-0.000770187 - 0.00310774
平均 (標準偏差)0.0000264358 (±0.00018949)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ105105105
Spacing105105105
セルA=B=C: 579.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.525.525.52
M x/y/z105105105
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z579.600579.600579.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-20-28-19
NX/NY/NZ415638
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS105105105
D min/max/mean-0.0010.0030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular cha...

全体名称: Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular channel 2 complex
要素
  • 試料: Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular channel 2 complex
  • 細胞器官・細胞要素: sarcoplasmic reticulum

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超分子 #1000: Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular cha...

超分子名称: Skeletal muscle ryanodine receptor and chloride intracellular channel 2 complex
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Four CLIC2 molecules binds to one homotetramer of RyR1
Number unique components: 2
分子量実験値: 565 KDa / 理論値: 565 KDa / 手法: Sequencing

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超分子 #1: sarcoplasmic reticulum

超分子名称: sarcoplasmic reticulum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: SR / コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 別称: rabbit / 組織: skeletal muscle / Organelle: sarcoplasmic reticulum / 細胞中の位置: sarcoplasmic reticulum membrane
分子量実験値: 2.3 MDa / 理論値: 2.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Na-MOPS, pH7.4, 200 mM NaCl, 2.0 mM EGTA, 0.5% CHAPS, 2 mM DTT, and 2.0 ug/ml leupeptin
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 258 / 平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Oxford CT3500 / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 15889
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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