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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50415 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of 80S ribosomes in S. cerevisiae under acute glucose starvation | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of 80S ribosomes in S. cerevisiae under acute glucose starvation | |||||||||
試料 |
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キーワード | Globular protein / translation / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | S.cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Spindler MC / Mahamid J | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Polysome collapse and RNA condensation fluidize the cytoplasm. 著者: Ying Xie / Tong Shu / Tiewei Liu / Marie-Christin Spindler / Julia Mahamid / Glen M Hocky / David Gresham / Liam J Holt / 要旨: The cell interior is packed with macromolecules of mesoscale size, and this crowded milieu significantly influences cellular physiology. Cellular stress responses almost universally lead to ...The cell interior is packed with macromolecules of mesoscale size, and this crowded milieu significantly influences cellular physiology. Cellular stress responses almost universally lead to inhibition of translation, resulting in polysome collapse and release of mRNA. The released mRNA molecules condense with RNA-binding proteins to form ribonucleoprotein (RNP) condensates known as processing bodies and stress granules. Here, we show that polysome collapse and condensation of RNA transiently fluidize the cytoplasm, and coarse-grained molecular dynamic simulations support this as a minimal mechanism for the observed biophysical changes. Increased mesoscale diffusivity correlates with the efficient formation of quality control bodies (Q-bodies), membraneless organelles that compartmentalize misfolded peptides during stress. Synthetic, light-induced RNA condensation also fluidizes the cytoplasm. Together, our study reveals a functional role for stress-induced translation inhibition and formation of RNP condensates in modulating the physical properties of the cytoplasm to enable efficient response of cells to stress conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50415.map.gz | 19.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50415-v30.xml emd-50415.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50415_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50415.png | 60.6 KB | ||
マスクデータ | emd_50415_msk_1.map | 20.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-50415.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_50415_half_map_1.map.gz emd_50415_half_map_2.map.gz | 10.6 MB 10.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50415 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50415 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50415_validation.pdf.gz | 856.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50415_full_validation.pdf.gz | 856.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50415_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50415_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50415 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50415 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of 80S ribosomes in S. cerevisiae under acute glucose starvation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_50415_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half map of subtomogram average of 80S...
ファイル | emd_50415_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half map of subtomogram average of 80S ribosomes in S. cerevisiae under acute glucose starvation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-focused ion beam milled lamellae of S.cerevisiae cells under...
全体 | 名称: Cryo-focused ion beam milled lamellae of S.cerevisiae cells under acute glucose starvation |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-focused ion beam milled lamellae of S.cerevisiae cells under...
超分子 | 名称: Cryo-focused ion beam milled lamellae of S.cerevisiae cells under acute glucose starvation タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: S.cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.11792 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 26000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |