[日本語] English
万見
- EMDB-50413: Cryo-EM structure of Legionella effector SdeC (3D flexible refinement) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50413
タイトルCryo-EM structure of Legionella effector SdeC (3D flexible refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: SdeC
    • タンパク質・ペプチド: SdeC
キーワードPhospho-ribose ubiquitination / mono-ADP ribosyl transferase / Phosphodiesterase / deubiquitinase / TOXIN
機能・相同性SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deubiquitination / SdeC
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Weng T-H / Misra M / Chen W / Safarian S / Kudryashev M / Dikic I
資金援助European Union, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)742720European Union
German Research Foundation (DFG)253130777 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BAR-like C-terminal domain of Legionella SidE family is crucial for its membrane localization and secretion
著者: Misra M / Mukherjee R / Bhattacharya A / Chen W / Weng T-H / van Ek L / Cristiani A / Li C / Mohammed A / Liu Y / Pomirska J / Vidov A / Heden van Noort G / Bhaskara R / Svergun D / Gavin AC ...著者: Misra M / Mukherjee R / Bhattacharya A / Chen W / Weng T-H / van Ek L / Cristiani A / Li C / Mohammed A / Liu Y / Pomirska J / Vidov A / Heden van Noort G / Bhaskara R / Svergun D / Gavin AC / Safarian S / Kudryashev M / Luo Z-Q / Dikic I
履歴
登録2024年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_50413.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 301.56 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 301.56 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 301.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0075
最小 - 最大-0.027821116 - 0.051419266
平均 (標準偏差)0.00004630286 (±0.0008259448)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 301.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50413_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50413_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SdeC

全体名称: SdeC
要素
  • 複合体: SdeC
    • タンパク質・ペプチド: SdeC

-
超分子 #1: SdeC

超分子名称: SdeC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 199 KDa

-
分子 #1: SdeC

分子名称: SdeC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 199.470812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM ...文字列:
MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM CLDAFPKLVC FKKRIEAIPQ IDKYLKSSKY IAWPLQGWQA TFGGGDHPPK SDLEVLFQGP LGSMPKYVEG VE LTQEGMH AIFARMGHGD ITSGSIYNGV PTIDTEALNR QGFMPVLTGV GPRRDSGHWI MLIKGPGNQY FLFDPLGKTS GEG YKNTLL AQLPIASTLS VIPNEPGLNK GLCGYWVASV GLKARSELSK DNPPNLETLG QITTDAMKDE LTDNGYLKIT GWLK AVADK FPEGDPQPDA KALRQTTEKD LHIEIPSPVS PIKDTAPKEV STKPTAPQVA PKHSLDSKLL ENDDDVLDTI KYVHK EYLG KPYPGPLKNP KAPEEGRLPP NEGPDRGPHG LAHTVRTMAC AEVMIEEARK AQLRGETLGK AKNGQTLADV TPEELK KIL IAQAFFVVGR DDERSGYDDV HKRNFYAEYH EKSEQAFRKY VEDNKLIGKI FKDQKEVDFY AAIILDKNHE WDATPAH IL INQGHMVDLM RTKAPAEVAL ERTYNTLKGT VGSKGAEVVL KAHRDFFFAT GAVVPLVNPE AIDDPSRGGP YENPYSGE K FVIVDDKVPA SKKDLPKAVN RDYKLKDNER FLTIKEYYAF PDVQQTYPGY KTRLEASSYY FPTPFAGECE QNPAKCLGA IQKARSKLQT DAIKNGFQSS SEKERRQPNM DEIAAARIIQ QIMANPDCIH DDHVLINGQK LEEKFFRDLL AKCDMAVVGS LLNDTDIKN IDTLMRHEKN TEFHSTDPKA VPVKIGDAWE NRIRTKGGDV TQMKHDLIFL MQNDAWYFSR VNAIAQNRDK G SNFKEVLF TTLMTPLTNK SLIDTSHVPA PKKLYRGLNL PQEFTNKLIN QSNAIIANTE NTLFTDLSAE AFKQIKLNDF SQ MSGKTCA STTKNMKLLT DIWGSNVIFE MLDPDGLLHP KQVGTHMAGS EDEFSVYLPE DVALVPTKVT LEGKTDTGED RYI FTLVAV KSPDFIPRHE SGYAVEPFMK MQKEKVTQAL DAIEKDKDSY NIDEQLKSLR TEMVRQAKLP LREGVFDRLS HRLS LETSD NKISPERRDF LNQHVIPVLQ ECHIALRAND MDMMQKALAK FPTDKQWSAF KSGEAVRAKA QMDVLKQQIE KKIML QTQI IPALTECGEA LDKQNVTEAL QALNKLPAEK EIGKVKTIGQ ELRGQIVGVK QELTGNLEPL QRATTTPIVQ DAEKIK VRY ETLLTDVTKR VTDFEKIKPA NLDGYNKAIA DLNNIQQELN LLRNEKIRMH TDKDKAVDFS DIEALDKRLQ DVQSKLP TQ LLEQTSKDVA KLAKMPEKIT FNDIKSMTSK MNNYLETLEL IRNDRIKKHA GSTDPLDMSD LDGLKGQLQT YNQSMADI L LRAAKSSLDK IKDPATFEKE SPYIKQCFDH LAELEKTLDD SDKGRKQKED FTAYKSALMD KQEKAYPEML QLQYKSEAL IMQLRDICKI HHDNLAEARR VRLQQLDSQG GGLLGGLWAV TNTIGLTTDN VNIEKMQIRM KEQTLRAFKT ELTNDKLNTD QVIAFLAKG SPSELQEALG ISKENAEQLH GLLKQLEIKT ASTDKLQEIE KLIDEVSTKI GKEPVKQDHT ITIDEEESDD I RYGF

UniProtKB: SdeC

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1489769
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: 3dflex
詳細: The final refinement was done using cryoSPARC 3DFlex with an outer solvent mask that includes the whole protein.
使用した粒子像数: 149762
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9fgm:
Cryo-EM structure of Legionella effector SdeC (3D flexible refinement)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る