[日本語] English
万見
- EMDB-5039: Cryo-EM reconstruction of the giant Mimivirus using C5 symmetry -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5039
タイトルCryo-EM reconstruction of the giant Mimivirus using C5 symmetry
マップデータThis is a volume map of Mimivirus reconstrument averaged by C5 symmetry
試料
  • 試料: Mimivirus
  • ウイルス: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
キーワードMimivirus / Acanthamoeba polyphaga / cryo-electron microscope / atomic force microscope / fiber / digestion / starfish-shaped feature / 5-fold symmetry / nucleocapsid / major capsid protein / capsomer arrangement
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 65.0 Å
データ登録者Xiao C / Kuznetsov YG / Sun S / Hafenstein SL / Kostyuchenko VA / Chipman PR / Suzan-Monti M / Raoult D / McPherson A / Rossmann MG
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2009
タイトル: Structural studies of the giant mimivirus.
著者: Chuan Xiao / Yurii G Kuznetsov / Siyang Sun / Susan L Hafenstein / Victor A Kostyuchenko / Paul R Chipman / Marie Suzan-Monti / Didier Raoult / Alexander McPherson / Michael G Rossmann /
要旨: Mimivirus is the largest known virus whose genome and physical size are comparable to some small bacteria, blurring the boundary between a virus and a cell. Structural studies of Mimivirus have been ...Mimivirus is the largest known virus whose genome and physical size are comparable to some small bacteria, blurring the boundary between a virus and a cell. Structural studies of Mimivirus have been difficult because of its size and long surface fibers. Here we report the use of enzymatic digestions to remove the surface fibers of Mimivirus in order to expose the surface of the viral capsid. Cryo-electron microscopy (cryoEM) and atomic force microscopy were able to show that the 20 icosahedral faces of Mimivirus capsids have hexagonal arrays of depressions. Each depression is surrounded by six trimeric capsomers that are similar in structure to those in many other large, icosahedral double-stranded DNA viruses. Whereas in most viruses these capsomers are hexagonally close-packed with the same orientation in each face, in Mimivirus there are vacancies at the systematic depressions with neighboring capsomers differing in orientation by 60 degrees . The previously observed starfish-shaped feature is well-resolved and found to be on each virus particle and is associated with a special pentameric vertex. The arms of the starfish fit into the gaps between the five faces surrounding the unique vertex, acting as a seal. Furthermore, the enveloped nucleocapsid is accurately positioned and oriented within the capsid with a concave surface facing the unique vertex. Thus, the starfish-shaped feature and the organization of the nucleocapsid might regulate the delivery of the genome to the host. The structure of Mimivirus, as well as the various fiber components observed in the virus, suggests that the Mimivirus genome includes genes derived from both eukaryotic and prokaryotic organisms. The three-dimensional cryoEM reconstruction reported here is of a virus with a volume that is one order of magnitude larger than any previously reported molecular assembly studied at a resolution of equal to or better than 65 Angstroms.
履歴
登録2008年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年5月5日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2011年9月23日-
現状2011年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5039_1.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5039.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a volume map of Mimivirus reconstrument averaged by C5 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
15.88 Å/pix.
x 432 pix.
= 6858. Å		15.88 Å/pix.
x 432 pix.
= 6858. Å		15.88 Å/pix.
x 432 pix.
= 6858. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.875 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 2700.0 / ムービー #1: 3000
最小 - 最大-2301.139999999999873 - 4785.079999999999927
平均 (標準偏差)-579.495999999999981 (±1759.369999999999891)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 6858 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z15.87515.87515.875
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6858.0006858.0006858.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-20-28-19
NX/NY/NZ415638
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-216-216-216
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-2301.1364785.077-579.496

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Mimivirus

全体名称: Mimivirus (ウイルス)
要素
  • 試料: Mimivirus
  • ウイルス: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Mimivirus

超分子名称: Mimivirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

-
超分子 #1: Acanthamoeba polyphaga mimivirus

超分子名称: Acanthamoeba polyphaga mimivirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Mimivirus / NCBI-ID: 212035 / 生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Mimivirus
宿主生物種: Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ) / 別称: PROTOZOA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Mimivirus capsid / 直径: 5000 Å

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS (137 mM NaCl, 10 mM Phosphate, 2.7 mM KCl)
グリッド詳細: 200 Copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: REICHERT-JUNG PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Reichert plunger. Using Quantifoil S7 slash 2 grid
手法: Blot for 1 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 98,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 38.1 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: 6.35 um scanned then bined 6 times to 38.1 um / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 24423 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.505 µm / 倍率（公称値）: 24000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 65.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 30919

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る