EMDB-50384: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-50384

タイトル

Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state

マップデータ

Unsharpened map

試料

複合体: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state
- タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
- タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

キーワード

GABA / neurotransmission / gating cycle / time-resolved cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Mihaylov DB / Malinauskas T / Aricescu AR

資金援助

英国,

米国, 6件

Organization	Grant number	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/15	英国
Cancer Research UK	DRCRPG-May23/100002	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/L009609/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_EX_MR/T046279/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01-GM135550	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	NeuroNex 2014862	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state
著者: Mihaylov DB / Malinauskas T / Aricescu AR

履歴

登録	2024年5月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月4日	-
マップ公開	2025年6月4日	-
更新	2025年6月4日	-
現状	2025年6月4日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_50384.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_50384.map.gz	16.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-50384-v30.xml emd-50384.xml	25.8 KB 25.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_50384_fsc.xml	7.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_50384.png	84 KB
マスクデータ	emd_50384_msk_1.map	35.3 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-50384.cif.gz	7.5 KB
その他	emd_50384_additional_1.map.gz emd_50384_half_map_1.map.gz emd_50384_half_map_2.map.gz	4.3 MB 32.3 MB 32.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50384 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50384	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_50384_validation.pdf.gz	887 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_50384_full_validation.pdf.gz	886.6 KB	表示
XML形式データ	emd_50384_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_50384_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50384 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50384	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fg4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_50384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Unsharpened map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.23992 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-0.6354932 - 1.8658178
平均 (標準偏差)	-0.010874011 (±0.09366348)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_50384_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map

ファイル

emd_50384_additional_1.map

注釈

Sharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: One of the half maps

ファイル

emd_50384_half_map_1.map

注釈

One of the half maps

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: One of the half maps

ファイル

emd_50384_half_map_2.map

注釈

One of the half maps

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor...

全体	名称: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state
要素	複合体: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

全体

名称: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state

要素

複合体: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state
- タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
- タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor...

超分子	名称: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 250 KDa

-
分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

分子	名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 52.916602 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYGDYK DDDDKQPSLQ DELKDNTTVF TRILDRLLDG YDNRLRPGLG ERVTEVKTDI FVTSFGPVS DHDMEYTIDV FFRQSWKDER LKFKGPMTVL RLNNLMASKI WTPDTFFHNG KKSVAHNMTM PNKLLRITED G TLLYTMRL ...文字列: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYGDYK DDDDKQPSLQ DELKDNTTVF TRILDRLLDG YDNRLRPGLG ERVTEVKTDI FVTSFGPVS DHDMEYTIDV FFRQSWKDER LKFKGPMTVL RLNNLMASKI WTPDTFFHNG KKSVAHNMTM PNKLLRITED G TLLYTMRL TVRAECPMHL EDFPMDAHAC PLKFGSYAYT RAEVVYEWTR EPARSVVVAE DGSRLNQYDL LGQTVDSGIV QS STGEYVV MTTHFHLKRK IGYFVIQTYL PCIMTVILSQ VSFWLNRESV PARTVFGVTT VLTMTTLSIS ARNSLPKVAY ATA MDWFIA VCYAFVFSAL IEFATVNYFT KRGYAWDGKS VVPEKPKKVK DPLIKKNNTY APTATSYTPN LARGDPGLAT IAKS ATIEP KEVKPETKPP EPKKTFNSVS KIDRLSRIAF PLLFGIFNLV YWATYLNREP QLKAPTPHQ UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

-
分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子	名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 54.444578 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MCSGLLELLL PIWLSWTLGT RGSEPRSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY ...文字列: MCSGLLELLL PIWLSWTLGT RGSEPRSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQFSIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LK RNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TINTHLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLA LLEYAF VNYIFFGRGP QRQKKLAEKT AKAKNDRSKS ESNRVDAHGN ILLTSLEVHN EMNEVSGGIG DTRNSAISFD NSGI QYRKQ SMPREGHGRF LGDRSLPHKK THLRRRSSQL KIKIPDLTDV NAIDRWSRIV FPFTFSLFNL VYWLYYVN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

-
分子 #5: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子	名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PIO
分子量	理論値: 746.566 Da
Chemical component information	ChemComp-PIO: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

1 mg/mL

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
137.0 mM	NaCl	sodium chloride
2.7 mM	KCl	potassium chloride
4.3 mM	Na₂HPO	Disodium phosphate

詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 4.3 mM Na2HPO

グリッド

モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: current: 30mA

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13533 / 平均露光時間: 6.43 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.4 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 3141198
CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 52000
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6huk Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5
得られたモデル	PDB-9fg4: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor in the long-lived symmetric resting state

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3 GABA(A) receptor...

-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

-分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

-分子 #5: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

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