EMDB-50347: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-50347

タイトル

Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state

マップデータ

Unsharpened map

試料

複合体: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state
- タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
リガンド: HISTAMINE

キーワード

GABA / neurotransmission / gating cycle / time-resolved cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / postsynaptic specialization membrane / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / roof of mouth development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Mihaylov DB / Malinauskas T / Aricescu AR

資金援助

英国,

米国, 6件

Organization	Grant number	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/15	英国
Cancer Research UK	DRCRPG-May23/100002	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/L009609/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_EX_MR/T046279/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01-GM135550	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	NeuroNex 2014862	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state
著者: Mihaylov DB / Malinauskas T / Aricescu AR

履歴

登録	2024年5月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月11日	-
マップ公開	2025年6月11日	-
更新	2025年6月11日	-
現状	2025年6月11日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_50347.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_50347.map.gz	27.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-50347-v30.xml emd-50347.xml	23.5 KB 23.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_50347_fsc.xml	7.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_50347.png	107.1 KB
マスクデータ	emd_50347_msk_1.map	35.3 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-50347.cif.gz	7.1 KB
その他	emd_50347_additional_1.map.gz emd_50347_half_map_1.map.gz emd_50347_half_map_2.map.gz	3.9 MB 27.2 MB 27.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50347	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_50347_validation.pdf.gz	1007.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_50347_full_validation.pdf.gz	1007.3 KB	表示
XML形式データ	emd_50347_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_50347_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50347	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ff0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_50347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Unsharpened map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å	1.24 Å/pix. x 210 pix. = 260.383 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.23992 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.006
最小 - 最大	-0.026882187 - 0.06113131
平均 (標準偏差)	0.0000027858657 (±0.0023157618)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_50347_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map

ファイル

emd_50347_additional_1.map

注釈

Sharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: One of the half maps

ファイル

emd_50347_half_map_1.map

注釈

One of the half maps

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: One of the half maps

ファイル

emd_50347_half_map_2.map

注釈

One of the half maps

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in comp...

全体	名称: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state
要素	複合体: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose リガンド: HISTAMINE

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in comp...

超分子	名称: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 250 KDa

-
分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子	名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 39.217297 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: NDPGNMSFVK ETVDKLLKGY DIRLRPDFGG PPVCVGMNID IASIDMVSEV NMDYTLTMYF QQYWRDKRLA YSGIPLNLTL DNRVADQLW VPDTYFLNDK KSFVHGVTVK NRMIRLHPDG TVLYGLRITT TAACMMDLRR YPLDEQNCTL EIESYGYTTD D IEFYWRGG ...文字列: NDPGNMSFVK ETVDKLLKGY DIRLRPDFGG PPVCVGMNID IASIDMVSEV NMDYTLTMYF QQYWRDKRLA YSGIPLNLTL DNRVADQLW VPDTYFLNDK KSFVHGVTVK NRMIRLHPDG TVLYGLRITT TAACMMDLRR YPLDEQNCTL EIESYGYTTD D IEFYWRGG DKAVTGVERI ELPQFSIVEH RLVSRNVVFA TGAYPRLSLS FRLKRNIGYF ILQTYMPSIL ITILSWVSFW IN YDASAAR VALGITTVLT MTTINTHLRE TLPKIPYVKA IDMYLMGCFV FVFLALLEYA FVNYIFFSQP ARAAAIDRWS RIV FPFTFS LFNLVYWLYY VN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子	名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量	理論値: 221.208 Da
Chemical component information	ChemComp-NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #5: HISTAMINE

分子	名称: HISTAMINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: HSM
分子量	理論値: 111.145 Da
Chemical component information	ChemComp-HSM: HISTAMINE / ヒスタミン / 神経伝達物質, ホルモン*YM

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

1 mg/mL

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
137.0 mM	NaCl	sodium chloride
2.7 mM	KCl	potassium chloride
4.3 mM	Na₂HPO	Disodium phosphate

詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 4.3 mM Na2HPO

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: current: 30mA

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20757 / 平均露光時間: 6.43 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.4 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 8401972
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21000
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 7a5v Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5
得られたモデル	PDB-9ff0: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in complex with HSM in the short-lived asymmetric open state

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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