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- EMDB-5034: Structure of a type IV secretion system core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5034
タイトルStructure of a type IV secretion system core complex
マップデータvolume
試料
  • 試料: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 of trypsin for 2 hours at room temperature.
  • タンパク質・ペプチド: traF
  • タンパク質・ペプチド: traO
  • タンパク質・ペプチド: traN
キーワードbacterial secretion / type IV secretion / vir / tra
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Fronzes R / Schafer E / Wang L / Saibil H / Orlova E / Waksman G
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex.
著者: Rémi Fronzes / Eva Schäfer / Luchun Wang / Helen R Saibil / Elena V Orlova / Gabriel Waksman /
要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance ...Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance genes. We report the 15 angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of the core complex of a T4SS. The core complex is composed of three proteins, each present in 14 copies and forming a approximately 1.1-megadalton two-chambered, double membrane-spanning channel. The structure is double-walled, with each component apparently spanning a large part of the channel. The complex is open on the cytoplasmic side and constricted on the extracellular side. Overall, the T4SS core complex structure is different in both architecture and composition from the other known double membrane-spanning secretion system that has been structurally characterized.
履歴
登録2008年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年11月18日-
マップ公開2009年4月15日-
更新2009年4月15日-
現状2009年4月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5034_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å		2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å		2.22 Å/pix.
x 160 pix.
= 355.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0108 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.183967 - 0.239721
平均 (標準偏差)0.000159712 (±0.0105097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.222.222.22
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.200355.200355.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1840.2400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 o...

全体名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 of trypsin for 2 hours at room temperature.
要素
  • 試料: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 of trypsin for 2 hours at room temperature.
  • タンパク質・ペプチド: traF
  • タンパク質・ペプチド: traO
  • タンパク質・ペプチド: traN

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超分子 #1000: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 o...

超分子名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 Digested with 2mg ml-1 of trypsin for 2 hours at room temperature.
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 3
分子量実験値: 602 KDa / 理論値: 500 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: traF

分子名称: traF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: traF / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: inner membrane
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c

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分子 #2: traO

分子名称: traO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: traO / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c

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分子 #3: traN

分子名称: traN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: traN / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 5 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCL, 200 mM NaCl, 10 mM LDAO
グリッド詳細: lacey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: OTHER / 手法: blot 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
詳細4000x4000 CCD
日付2008年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 60 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 66000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping, each CCD image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 詳細: final map were calculated from 200 class averages. / 使用した粒子像数: 1557
最終 2次元分類クラス数: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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