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- EMDB-50329: Single particle cryo-EM maps of AcrB V612F monomer classes in DDM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50329
タイトルSingle particle cryo-EM maps of AcrB V612F monomer classes in DDM
マップデータMonomer class 1
試料
  • 複合体: Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードDrug efflux / RND transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lazarova M / Boernsen C / Frangakis A / Pos KM
資金援助 スイス, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation3100A0_118402 スイス
German Research Foundation (DFG)SFB807-P18 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1507-P3 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG-EXC115 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Single particle cryo-EM maps of AcrB V612F monomer classes in DDM
著者: Lazarova M / Boernsen C / Frangakis A / Pos KM
履歴
登録2024年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Monomer class 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.016201353 - 0.040730603
平均 (標準偏差)0.00010370307 (±0.0015435135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Monomer class 3

ファイルemd_50329_additional_1.map
注釈Monomer class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Monomer class 2

ファイルemd_50329_additional_2.map
注釈Monomer class 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Monomer class 1 half map

ファイルemd_50329_half_map_1.map
注釈Monomer class 1 half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Monomer class 1 half map

ファイルemd_50329_half_map_2.map
注釈Monomer class 1 half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB

全体名称: Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB
要素
  • 複合体: Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB

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超分子 #1: Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB

超分子名称: Trimeric multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 344 KDa

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分子 #1: Multidrug efflux pump subunit AcrB

分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNM NGIDNLMYMS SNSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP Q EVQQQGVS VEKSSSSFLM VVGVINTDGT MTQEDISDYV AANMKDAISR ...文字列:
MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNM NGIDNLMYMS SNSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP Q EVQQQGVS VEKSSSSFLM VVGVINTDGT MTQEDISDYV AANMKDAISR TSGVGDVQLF GS QYAMRIW MNPNELNKFQ LTPVDVITAI KAQNAQVAAG QLGGTPPVKG QQLNASIIAQ TRL TSTEEF GKILLKVNQD GSRVLLRDVA KIELGGENYD IIAEFNGQPA SGLGIKLATG ANAL DTAAA IRAELAKMEP FFPSGLKIVY PYDTTPFVKI SIHEVVKTLV EAIILVFLVM YLFLQ NFRA TLIPTIAVPV VLLGTFAVLA AFGFSINTLT MFGMVLAIGL LVDDAIVVVE NVERVM AEE GLPPKEATRK SMGQIQGALV GIAMVLSAVF VPMAFFGGST GAIYRQFSIT IVSAMAL SV LVALILTPAL CATMLKPIAK GDHGEGKKGF FGWFNRMFEK STHHYTDSVG GILRSTGR Y LVLYLIIVVG MAYLFVRLPS SFLPDEDQGV FMTMVQLPAG ATQERTQKVL NEVTHYYLT KEKNNVESVF AFNGFGFAGR GQNTGIAFVS LKDWADRPGE ENKVEAITMR ATRAFSQIKD AMVFAFNLP AIVELGTATG FDFELIDQAG LGHEKLTQAR NQLLAEAAKH PDMLTSVRPN G LEDTPQFK IDIDQEKAQA LGVSINDINT TLGAAWGGSY VNDFIDRGRV KKVYVMSEAK YR MLPDDIG DWYVRAADGQ MVPFSAFSSS RWEYGSPRLE RYNGLPSMEI LGQAAPGKST GEA MELMEQ LASKLPTGVG YDWTGMSYQE RLSGNQAPSL YAISLIVVFL CLAALYESWS IPFS VMLVV PLGVIGALLA ATFRGLTNDV YFQVGLLTTI GLSAKNAILI VEFAKDLMDK EGKGL IEAT LDAVRMRLRP ILMTSLAFIL GVMPLVISTG AGSGAQNAVG TGVMGGMVTA TVLAIF FVP VFFVVVRRRF SRKNEDIEHS HTVDHHLEHH HHHH

UniProtKB: Multidrug efflux pump subunit AcrB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1482 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 359904
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49427
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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