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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5031 | |||||||||
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タイトル | Structure of a type IV secretion system core complex | |||||||||
マップデータ | volume | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial secretion / type IV secretion / vir / tra | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Fronzes R / Schafer E / Wang L / Saibil H / Orlova E / Waksman G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex. 著者: Rémi Fronzes / Eva Schäfer / Luchun Wang / Helen R Saibil / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / 要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance ...Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance genes. We report the 15 angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of the core complex of a T4SS. The core complex is composed of three proteins, each present in 14 copies and forming a approximately 1.1-megadalton two-chambered, double membrane-spanning channel. The structure is double-walled, with each component apparently spanning a large part of the channel. The complex is open on the cytoplasmic side and constricted on the extracellular side. Overall, the T4SS core complex structure is different in both architecture and composition from the other known double membrane-spanning secretion system that has been structurally characterized. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5031.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5031-v30.xml emd-5031.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5031_1.png | 266.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5031 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5031_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5031_full_validation.pdf.gz | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5031_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5031 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | volume | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2222 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : traN/traO/traF complex encoded by pKM101
全体 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 |
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要素 |
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-超分子 #1000: traN/traO/traF complex encoded by pKM101
超分子 | 名称: traN/traO/traF complex encoded by pKM101 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 14 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.05 MDa / 手法: gel filtration |
-分子 #1: traF
分子 | 名称: traF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: traF / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: inner membrane |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
-分子 #2: traO
分子 | 名称: traO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: traO / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
-分子 #3: traN
分子 | 名称: traN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: traN / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 株: BL21 / 細胞: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 5 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK-IBA3c |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCL, 200 mM NaCl, 10 mM LDAO |
グリッド | 詳細: lacey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 92 K / 装置: OTHER / 手法: blot 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 95 K |
詳細 | 4000x4000 CCD |
日付 | 2008年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 420 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 66000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping, each CCD image |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 詳細: final map were calculated from 3051 particles / 使用した粒子像数: 3051 |
最終 2次元分類 | クラス数: 800 |