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- EMDB-50284: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50284
タイトルCryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Neuroligin-2
    • タンパク質・ペプチド: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein
    • タンパク質・ペプチド: Megabody25
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGABA / Neurotransmission / Ternary complex / Inhibitory synapse / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly ...regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / cell-cell junction maintenance / presynaptic membrane assembly / neurexin family protein binding / postsynaptic specialization / presynapse assembly / thigmotaxis / neuron cell-cell adhesion / insulin metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / inhibitory synapse / benzodiazepine receptor activity / ribbon synapse / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / protein localization to synapse / GABA receptor binding / dopaminergic synapse / hard palate development / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / cellular response to histamine / glycinergic synapse / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / protein localization to cell surface / positive regulation of synapse assembly / Neurexins and neuroligins / response to anesthetic / neuromuscular process controlling balance / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / positive regulation of protein localization to synapse / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of dendritic spine development / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / chloride channel activity / motor behavior / adult behavior / locomotory exploration behavior / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / cochlea development / excitatory synapse / social behavior / regulation of presynapse assembly / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / chloride channel complex / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / sensory perception of pain / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / dendritic shaft / post-embryonic development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / sensory perception of sound / synapse organization / cell-cell adhesion / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / memory / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / cell surface / signal transduction / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B ...Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / Neuroligin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kasaragod VB / Aricescu AR
資金援助 英国, European Union, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF137-2019European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGABAARComp-897707European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_EX_MR/T046279/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01-GM135550 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NeuroNex 2014862 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
著者: Kasaragod VB / Aricescu AR
履歴
登録2024年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 381.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 464 pix.
= 338.256 Å		0.73 Å/pix.
x 464 pix.
= 338.256 Å		0.73 Å/pix.
x 464 pix.
= 338.256 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3608979 - 0.8295445
平均 (標準偏差)0.002038974 (±0.020804906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464464464
Spacing464464464
セルA=B=C: 338.25598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50284_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocessed map

ファイルemd_50284_additional_1.map
注釈Postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the halfmaps

ファイルemd_50284_half_map_1.map
注釈One of the halfmaps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the halfmaps

ファイルemd_50284_half_map_2.map
注釈One of the halfmaps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) recepto...

全体名称: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
要素
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Neuroligin-2
    • タンパク質・ペプチド: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein
    • タンパク質・ペプチド: Megabody25
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) recepto...

超分子名称: CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 400 KDa

+
分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.11673 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DPGNMSFVKE TVDKLLKGYD IRLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWV PDTYFLNDKK SFVHGVTVKN RMIRLHPDGT VLYGLRITTT AACMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD I EFYWRGGD ...文字列:
DPGNMSFVKE TVDKLLKGYD IRLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWV PDTYFLNDKK SFVHGVTVKN RMIRLHPDGT VLYGLRITTT AACMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD I EFYWRGGD KAVTGVERIE LPQFSIVEHR LVSRNVVFAT GAYPRLSLSF RLKRNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NY DASAARV ALGITTVLTM TTINTHLRET LPKIPYVKAI DMYLMGCFVF VFLALLEYAF VNYIFFGRGP QRQKKLAEKT AKA KNDRSK SESNRVDAHG NILLTSLEVH NEMNEVSGGI GDTRNSAISF DNSGIQYRKQ SMPREGHGRF LGDRSLPHKK THLR RRSSQ LKIKIPDLTD VNAIDRWSRI VFPFTFSLFN LVYWLYYV

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

+
分子 #2: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

分子名称: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.324938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KVPEGDVTVI LNNLLEGYDN KLRPDIGVKP TLIHTDMYVN SIGPVNAINM EYTIDIFFAQ TWYDRRLKFN STIKVLRLNS NMVGKIWIP DTFFRNSKKA DAHWITTPNR MLRIWNDGRV LYTLRLTIDA ECQLQLHNFP MDEHSCPLEF SSYGYPREEI V YQWKRSSV ...文字列:
KVPEGDVTVI LNNLLEGYDN KLRPDIGVKP TLIHTDMYVN SIGPVNAINM EYTIDIFFAQ TWYDRRLKFN STIKVLRLNS NMVGKIWIP DTFFRNSKKA DAHWITTPNR MLRIWNDGRV LYTLRLTIDA ECQLQLHNFP MDEHSCPLEF SSYGYPREEI V YQWKRSSV EVGDTRSWRL YQFSFVGLRN TTEVVKTTSG DYVVMSVYFD LSRRMGYFTI QTYIPCTLIV VLSWVSFWIN KD AVPARTS LGITTVLTMT TLSTIARKSL PKVSYVTAMD LFVSVCFIFV FSALVEYGTL HYFVSNRKPS KDKDKKKKNP APT IDIRPR SATIQMNNAT HLQERDEEYG YECLDGKDCA SFF(P1L)(P1L)FED(P1L)R TGAWRHGRIH IRIAKMDSYA RI FFPTAFC LFNLVYWVSY LYLG

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

+
分子 #3: Neuroligin-2

分子名称: Neuroligin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.614107 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DSRDYSTELS VTVAVGASLL FLNILAFAAL YYK

UniProtKB: Neuroligin-2

+
分子 #4: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein

分子名称: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.503236 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RNSRAIGVLW AIFTICFAII NVVVFIQPYW VGDSVSTPKP GYFGLFHYCV GSGLAGRELT CRGSFTDFST IPSSAFKAAA FFVLLSMVL ILGCITCFSL FFFCNTATVY KICAWMQLLA ALCLVLGCMI FPDGWDAETI RDMCGAKTGK YSLGDCSVRW A YILAIIGI LNALILSFLA FVLGNRQTD

UniProtKB: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein

+
分子 #5: Megabody25

分子名称: Megabody25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 56.300629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列:
QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNTYEQL SR LLTNDNG TNSKTSAQAI NQAVNNLNER AKTLAGGTTN SPAYQATLLA LRSVLGLWNS MGYAVICGGY TKSPGENNQK DFH YTDENG NGTTINCGGS TNSNGTHSYN GTNTLKADKN VSLSIEQYEK IHEAYQILSK ALKQAGLAPL NSKGEKLEAH VTTS KYGSL RLSCAASGHT FNYPIMGWFR QAPGKEREFV GAISWSGGST SYADSVKDRF TISRDNAKNT VYLEMNNLKP EDTAV YYCA AKGRYSGGLY YPTNYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA

+
分子 #11: HEXANE

分子名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: HEX
分子量理論値: 86.175 Da
Chemical component information

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

+
分子 #12: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID

分子名称: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: EPE
分子量理論値: 238.305 Da
Chemical component information

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

+
分子 #13: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

+
分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #15: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
15.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: 15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Current: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22699 / 平均電子線量: 45.28 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 165000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2569820
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.40) / 使用した粒子像数: 30273
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.40)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.40)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qnb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 20 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5
得られたモデル

PDB-9faw:
CryoEM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, HEPES and Megabody25, in a desensitised state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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