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- EMDB-50273: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50273
タイトルCryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
マップデータUnsharpened map from Refine3D
試料
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 12種
キーワードGABA / Neurotransmission / Synaptic capture complex / Inhibitory synapse / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly ...regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / cell-cell junction maintenance / presynaptic membrane assembly / neurexin family protein binding / postsynaptic specialization / presynapse assembly / thigmotaxis / neuron cell-cell adhesion / insulin metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / inhibitory synapse / benzodiazepine receptor activity / ribbon synapse / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / protein localization to synapse / GABA receptor binding / dopaminergic synapse / hard palate development / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / cellular response to histamine / glycinergic synapse / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / protein localization to cell surface / positive regulation of synapse assembly / Neurexins and neuroligins / response to anesthetic / neuromuscular process controlling balance / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / positive regulation of protein localization to synapse / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of dendritic spine development / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / chloride channel activity / motor behavior / adult behavior / locomotory exploration behavior / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / cochlea development / excitatory synapse / social behavior / regulation of presynapse assembly / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / chloride channel complex / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / sensory perception of pain / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / dendritic shaft / post-embryonic development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / sensory perception of sound / synapse organization / cell-cell adhesion / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / positive regulation of insulin secretion / memory / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / synapse / cell surface / signal transduction / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : ...Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / Neuroligin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kasaragod VB / Aricescu AR
資金援助 英国, European Union, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF137-2019European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGABAARComp-897707European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_EX_MR/T046279/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01-GM135550 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NeuroNex 2014862 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
著者: Kasaragod VB / Aricescu AR
履歴
登録2024年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50273.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map from Refine3D
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 296 pix.
= 234.719 Å		0.79 Å/pix.
x 296 pix.
= 234.719 Å		0.79 Å/pix.
x 296 pix.
= 234.719 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79297 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.024040772 - 0.05798771
平均 (標準偏差)0.0002444395 (±0.0026692792)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 234.71912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50273_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocessed map

ファイルemd_50273_additional_1.map
注釈Postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the halfmaps

ファイルemd_50273_half_map_1.map
注釈One of the halfmaps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the halfmaps

ファイルemd_50273_half_map_2.map
注釈One of the halfmaps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) r...

全体名称: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
要素
  • 複合体: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Neuroligin-2
    • タンパク質・ペプチド: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein
    • タンパク質・ペプチド: Megabody38
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: HEXADECANE
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) r...

超分子名称: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 300 KDa

+
分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.053117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DNTTVFTRIL DRLLDGYDNR LRPGLGERVT EVKTDIFVTS FGPVSDHDME YTIDVFFRQS WKDERLKFKG PMTVLRLNNL MASKIWTPD TFFHNGKKSV AHNMTMPNKL LRITEDGTLL YTMRLTVRAE CPMHLEDFPM DAHACPLKFG SYAYTRAEVV Y EWTREPAR ...文字列:
DNTTVFTRIL DRLLDGYDNR LRPGLGERVT EVKTDIFVTS FGPVSDHDME YTIDVFFRQS WKDERLKFKG PMTVLRLNNL MASKIWTPD TFFHNGKKSV AHNMTMPNKL LRITEDGTLL YTMRLTVRAE CPMHLEDFPM DAHACPLKFG SYAYTRAEVV Y EWTREPAR SVVVAEDGSR LNQYDLLGQT VDSGIVQSST GEYVVMTTHF HLKRKIGYFV IQTYLPCIMT VILSQVSFWL NR ESVPART VFGVTTVLTM TTLSISARNS LPKVAYATAM DWFIAVCYAF VFSALIEFAT VNYFTKRGYA WDGKSVVPEK PKK VKDPLI KKNNTYAPTA TSYTPNLARG DPGLATIAKS ATIEPKEVKP ETKPPEPKKT FNSVSKIDRL SRIAFPLLFG IFNL VYWAT YLNREPQL

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

+
分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.904527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GNMSFVKETV DKLLKGYDIR LRPDFGGPPV CVGMNIDIAS IDMVSEVNMD YTLTMYFQQY WRDKRLAYSG IPLNLTLDNR VADQLWVPD TYFLNDKKSF VHGVTVKNRM IRLHPDGTVL YGLRITTTAA CMMDLRRYPL DEQNCTLEIE SYGYTTDDIE F YWRGGDKA ...文字列:
GNMSFVKETV DKLLKGYDIR LRPDFGGPPV CVGMNIDIAS IDMVSEVNMD YTLTMYFQQY WRDKRLAYSG IPLNLTLDNR VADQLWVPD TYFLNDKKSF VHGVTVKNRM IRLHPDGTVL YGLRITTTAA CMMDLRRYPL DEQNCTLEIE SYGYTTDDIE F YWRGGDKA VTGVERIELP QFSIVEHRLV SRNVVFATGA YPRLSLSFRL KRNIGYFILQ TYMPSILITI LSWVSFWINY DA SAARVAL GITTVLTMTT INTHLRETLP KIPYVKAIDM YLMGCFVFVF LALLEYAFVN YIFFGRGPQR QKKLAEKTAK AKN DRSKSE SNRVDAHGNI LLTSLEVHNE MNEVSGGIGD TRNSAISFDN SGIQYRKQSM PREGHGRFLG DRSLPHKKTH LRRR SSQLK IKIPDLTDVN AIDRWSRIVF PFTFSLFNLV YWLYYV

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

+
分子 #3: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

分子名称: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.870398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDVTVILNNL LEGYDNKLRP DIGVKPTLIH TDMYVNSIGP VNAINMEYTI DIFFAQTWYD RRLKFNSTIK VLRLNSNMVG KIWIPDTFF RNSKKADAHW ITTPNRMLRI WNDGRVLYTL RLTIDAECQL QLHNFPMDEH SCPLEFSSYG YPREEIVYQW K RSSVEVGD ...文字列:
GDVTVILNNL LEGYDNKLRP DIGVKPTLIH TDMYVNSIGP VNAINMEYTI DIFFAQTWYD RRLKFNSTIK VLRLNSNMVG KIWIPDTFF RNSKKADAHW ITTPNRMLRI WNDGRVLYTL RLTIDAECQL QLHNFPMDEH SCPLEFSSYG YPREEIVYQW K RSSVEVGD TRSWRLYQFS FVGLRNTTEV VKTTSGDYVV MSVYFDLSRR MGYFTIQTYI PCTLIVVLSW VSFWINKDAV PA RTSLGIT TVLTMTTLST IARKSLPKVS YVTAMDLFVS VCFIFVFSAL VEYGTLHYFV SNRKPSKDKD KKKKNPAPTI DIR PRSATI QMNNATHLQE RDEEYGYECL DGKDCASFF(P1L) (P1L)FED(P1L)RTGAW RHGRIHIRIA KMDSYARIFF PT AFCLFNL VYWVSYLYLG

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

+
分子 #4: Neuroligin-2

分子名称: Neuroligin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.614107 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DSRDYSTELS VTVAVGASLL FLNILAFAAL YYK

UniProtKB: Neuroligin-2

+
分子 #5: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein

分子名称: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.366189 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YHEHYMRNSR AIGVLWAIFT ICFAIINVVV FIQPYWVGDS VSTPKPGYFG LFHYCVGSGL AGRELTCRGS FTDFSTIPSS AFKAAAFFV LLSMVLILGC ITCFSLFFFC NTATVYKICA WMQLLAALCL VLGCMIFPDG WDAETIRDMC GAKTGKYSLG D CSVRWAYI ...文字列:
YHEHYMRNSR AIGVLWAIFT ICFAIINVVV FIQPYWVGDS VSTPKPGYFG LFHYCVGSGL AGRELTCRGS FTDFSTIPSS AFKAAAFFV LLSMVLILGC ITCFSLFFFC NTATVYKICA WMQLLAALCL VLGCMIFPDG WDAETIRDMC GAKTGKYSLG D CSVRWAYI LAIIGILNAL ILSFLAFVLG NRQTD

UniProtKB: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein

+
分子 #6: Megabody38

分子名称: Megabody38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: This megabody is a chimeric protein designed and constructed based on a circular permutation of a nanobody (raised against GABA(A) receptor subunits, in Llama) and Helicobacter pylori ...詳細: This megabody is a chimeric protein designed and constructed based on a circular permutation of a nanobody (raised against GABA(A) receptor subunits, in Llama) and Helicobacter pylori protein, HopQ (Uniprot Id: B5Z8H1).
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 57.784301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列:
QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNPFRAS GG GSGGGGS GKLSDTYEQL SRLLTNDNGT NSKTSAQAIN QAVNNLNERA KTLAGGTTNS PAYQATLLAL RSVLGLWNSM GYA VICGGY TKSPGENNQK DFHYTDENGN GTTINCGGST NSNGTHSYNG TNTLKADKNV SLSIEQYEKI HEAYQILSKA LKQA GLAPL NSKGEKLEAH VTTSKYGSLR VSCAASGRTF TTYIMAWFRQ APGKEREFLA AMDQGRIQYY GDSVRGRFTI SRDYA KNSV DLQLDGLRPE DTAVYYCAAG AGFWGLRTAS SYHYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

+
分子 #12: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

+
分子 #13: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

+
分子 #14: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 12 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

+
分子 #15: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: PX2
分子量理論値: 535.671 Da
Chemical component information

ChemComp-PX2:
1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

+
分子 #16: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

分子名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: ABU
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA

+
分子 #17: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #18: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

+
分子 #19: HEXANE

分子名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 7 / 式: HEX
分子量理論値: 86.175 Da
Chemical component information

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

+
分子 #20: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 5 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #21: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: OLC
分子量理論値: 356.54 Da
Chemical component information

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

+
分子 #22: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #23: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 104 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
15.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: 15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Current : 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22046 / 平均電子線量: 46.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2151332
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 49871
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6huo


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5
得られたモデル

PDB-9faj:
CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2, GABA and Megabody38, in a desensitised state (StateD1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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