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万見
- EMDB-50233: Cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing mitocho... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50233
タイトルCryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing mitochondria with filament arrays
マップデータ
試料
  • 細胞: cryo FIB-milled meiotic yeast cells
キーワードmeiosis / cell cycle / mitochondria / cryoET / protein filaments
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wettstein R / Hugener J / Gillet L / Hernandez-Armenta Y / Henggeler A / Xu J / Van Gerwen J / Wollweber F / Arter M / Aebersold R ...Wettstein R / Hugener J / Gillet L / Hernandez-Armenta Y / Henggeler A / Xu J / Van Gerwen J / Wollweber F / Arter M / Aebersold R / Beltrao P / Pilhofer M / Matos J
資金援助 スイス, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation176108 スイス
European Research Council (ERC)101002629European Union
ETH Zurich31 17-2 スイス
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: Waves of regulated protein expression and phosphorylation rewire the proteome to drive gametogenesis in budding yeast.
著者: Rahel Wettstein / Jannik Hugener / Ludovic Gillet / Yi Hernández-Armenta / Adrian Henggeler / Jingwei Xu / Julian van Gerwen / Florian Wollweber / Meret Arter / Ruedi Aebersold / Pedro ...著者: Rahel Wettstein / Jannik Hugener / Ludovic Gillet / Yi Hernández-Armenta / Adrian Henggeler / Jingwei Xu / Julian van Gerwen / Florian Wollweber / Meret Arter / Ruedi Aebersold / Pedro Beltrao / Martin Pilhofer / Joao Matos /
要旨: Sexually reproducing eukaryotes employ a developmentally regulated cell division program-meiosis-to generate haploid gametes from diploid germ cells. To understand how gametes arise, we generated a ...Sexually reproducing eukaryotes employ a developmentally regulated cell division program-meiosis-to generate haploid gametes from diploid germ cells. To understand how gametes arise, we generated a proteomic census encompassing the entire meiotic program of budding yeast. We found that concerted waves of protein expression and phosphorylation modify nearly all cellular pathways to support meiotic entry, meiotic progression, and gamete morphogenesis. Leveraging this comprehensive resource, we pinpointed dynamic changes in mitochondrial components and showed that phosphorylation of the FF-ATP synthase complex is required for efficient gametogenesis. Furthermore, using cryoET as an orthogonal approach to visualize mitochondria, we uncovered highly ordered filament arrays of Ald4, a conserved aldehyde dehydrogenase that is highly expressed and phosphorylated during meiosis. Notably, phosphorylation-resistant mutants failed to accumulate filaments, suggesting that phosphorylation regulates context-specific Ald4 polymerization. Overall, this proteomic census constitutes a broad resource to guide the exploration of the unique sequence of events underpinning gametogenesis.
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
18.28 Å/pix.
x 330 pix.
= 6032.4 Å		18.28 Å/pix.
x 1440 pix.
= 26323.201 Å		18.28 Å/pix.
x 1024 pix.
= 18718.721 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 18.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-244.595460000000003 - 331.625429999999994
平均 (標準偏差)-0.000000001112365 (±25.408411000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ14401024330
Spacing10241440330
セルA: 18718.72 Å / B: 26323.201 Å / C: 6032.4004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cryo FIB-milled meiotic yeast cells

全体名称: cryo FIB-milled meiotic yeast cells
要素
  • 細胞: cryo FIB-milled meiotic yeast cells

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超分子 #1: cryo FIB-milled meiotic yeast cells

超分子名称: cryo FIB-milled meiotic yeast cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SK1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 1500 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Crossbeam 550 FIB-1567 SEM. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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